【零代码生信分析小工具】第2波，依然是最火的免疫浸润分析工具——xCell，亲测好用！

【零代码生信分析小工具】二更喽~ ~

小云再阐述下做这个栏目的初衷：因为我们的粉丝朋友们可能有些还是生信刚入门选手，面对一些R语言可能会一头雾水（ps：小云也是从新手村走出来的，学习R语言也是觉得很难啊~），所以想设身处地的为新手朋友们分享一些零代码小工具，可以让大家能更快的上手分析！（ps：感觉对自己有用的小伙伴麻烦点个关注哦，小云会多多更新的！）

还是先介绍一下零代码小工具的分析网站——“云生信在线分析平台”，它包含200多个零代码分析小工具，只需上传数据，直接一键成图，超级适合生信小白使用哦。网址：http://www.biocloudservice.com/home.html ，分析平台开源、注册登录后可免费使用。

今天继续分享免疫浸润分析工具，生信里常用的免疫分析方法包括ssGSEA，xCell，MCP-counter，ESTIMATE、TIMER2、CIBERSORT和EPIC等等（这些方法的具体介绍布小谷之前也分享过，也推荐了ssGSEA分析小工具，感兴趣的小伙伴点击文末链接就可以观看啦！），第2波就跟着小云一起来学习xCell分析小工具吧！

p xCell小工具分析原理

xCell 作者整合了 FANTOM、ENCODE、Blueprint、GEO 数据库共 1822 个纯人类细胞型转录组，既包括 RNA-seq 也有 Array-based 数据，使用单样本 GSEA（ssGSEA）分析方法对每个样本进行评分，获得每个样本最可靠的特征集（gene signature），共生成了 489 个特征。然后建模评估样本表达谱与特征之间的关联。该工具件通过基于组织样本的基因表达谱，结合 R 语言中的 xCell 包，估算出各个组织样本的 64 中免疫细胞富集分数，以此来代表组织中免疫细胞的相对含量，通过结合不同样本表型，即可知道不同表型下是否存在组织免疫细胞浸润差异。用户只需要输入基因表达矩阵、样本的表型信息以及 64 种细胞所属的细胞亚群，软件将自行计算出各个样本组织中的不同免疫细胞的相对含量，同时结合样本分组绘制不同组别下免疫细胞浸润含量的表达分布小提琴图和热图。

p 操作方法

n Step 1 ：首先打开云生信在线分析平台，并登录使用。点击“计算 64 种免疫细胞相对含量及可视化”进入小工具页面：

n Step 2：进入小工具页面后，可以看到上传数据选项，点击进入后，提示上传数据需要“文件名和文件格式需要和示例数据一致”。回到工具页面可以根据左上角输入数据模板制作数据。

n Step 3：点击“输入数据模板”，进入以下页面，可以看到给出了3个数据模板，点击数据可以在线预览和下载。

输入数据-1：基因表达矩阵输入文件GSE57065_ExprMatrix.csv（基因为行，样本为列）

输入数据-2：样本表型文件group.txt

（两列，第一列为样本名称，样本顺序必须和基因表达矩阵的样本一致，第二列为对应的表型分组信息）

输入数据-3：免疫细胞所属细胞亚群文件 cell_type.txt

（表示各个免疫细胞所属的细胞亚群，共三列，第一列为细胞全称，第二列为细胞缩写，名字和 xCell 中内置的一致，第二列为细胞所属的亚群名称，该文件为固定文件，程序运行只需要将该文件拷贝过去，直接进行利用，不需要自己制作）

n Step 4：制作好数据后，在文件上传界面上传所有输入数据，点击提交。再返回到工具主页面点击“运行自有数据”即可跳转到结果展示页面。

Step 5：xCell免疫细胞浸润分析共得到12个结果，包括6图6表，每个结果都附带简单说明。可以在结果展示页面直接点击某个图进入预览页面，也可以直接下载使用

p 结果说明

n 相对浸润丰度热图 （Heatmap.pdf）：该图表示各个免疫细胞在各个样本中的相对浸润丰度热图，最上边不同颜色横条表示不同表型的样本，最左边不同颜色表示不同细胞亚群，图中的颜色从绿到黄红表示细胞含量从低到高。

n 各细胞亚群免疫细胞相对含量小提琴图 （Epithelial_Xcell_score.pdf、HSC_Xcell_score.pdf、Lymphoid_Xcell_score.pdf、Myeloid_Xcell_score.pdf、Stroma_Xcell_score.pdf）：这5个图分别表示 Epithelial 、HSC、Lymphoid、Myeloid和Stroma细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图，不同颜色表示不同的样本表型，并添加了显著性 p.value 值。

n 相对含量统计表 （xCell_score.csv）：该表显示64 种免疫细胞在各个样本中的相对含量。

n 各细胞亚群免疫细胞相对含量统计表（Epithelial_sig_cell.csv /Lymphoid_sig_cell.csv/Stroma_sig_cell.csv/HSC_sig_cell.csv/Myeloid_sig_cell.csv）：六个表格文件，分别表示 6 个细胞亚群中的各个细胞在两种表型中的含量，以及经过显著性检验后的 p.value 值。

p 结语

该小工具设置参数少，运行速度块，用户只需要输入基因表达矩阵、样本的表型信息以及 64 种细胞所属的细胞亚群，软件将自行计算出各个样本组织中的不同免疫细胞的相对含量，同时结合样本分组绘制不同组别下免疫细胞浸润含量的表达分布小提琴图和热图。非常适用于生信新手朋友，感兴趣的小伙伴赶快来尝试一波吧！后面还有更多小工具推荐，敬请期待哦！

小云之声

如果您的时间和精力有限或者缺乏相关经验，并且对生信分析和思路设计有所需要的话，“小云”非常乐意为您提供如下服务：免费思路评估、付费生信分析和方案设计以及实验项目实施等，有意向的小伙伴欢迎咨询布小谷哦！