cryosparc膜蛋白处理教程

整理自cryosparc官网，记录了需要更改默认值的设置。后续有变动再增补。

#后是个人经验，不一定准确。

Patch motion

Patch CTF 

默认不变

Blob pick调diameter 和 min separation dist

Extract：

  1.5-2 倍diameter挑

#关于diameter，下面取一个例子

某受体G蛋白复合物长134A

宽90A，那么颗粒半径按6.5nm

1.75*65/0.832=273

之前用的256或288都可以

 

2D：

  Force Max over poses/shifts关闭

  Number of iterations 提高，多于20  #在使用时发现，有时候较少轮次特征明显，一般用于低分辨数据或者较少类颗粒的分离，难以解析高分辨结构。

  Batch size 400

  Circular mask diameter，使用 #如上面例子，170或200都行，需要试

Mask：

 先设置soft padding width，使足够smooth,并且覆盖想要的区域，再设置threshold value and dilation radius 

mask不要太紧，不要相似于蛋白的二级结构。

Particle substraction

 极少数情况适用，极不推荐subtract micell(非常符合我的实践），一大一小两个rigid部分，subtract大的部分可以提高小的部分的分辨率，如果颗粒对齐的足够好，可以准确移去大亚基的信号。

Initial

Initial / maximum resolution设置9-7A

Non-uniform refinement

 Initial lowpass 这个填一个较小的数值，例如15，可以改善分辨率。

 Static masking，小蛋白动态mask差，用这个静态。

Local refinement

  mask必须softly padded，尤其是在切割密度时