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过表达载体!无缝克隆引物设计就用TaKaRa,3分钟搞定一个方案!

2023-11-20 17:48 作者:科研根号三  | 我要投稿

以pEGFP-C1构建human p53 CDS过表达载体为例

1.与传统的酶切连接一致的,我们先获取插入片段以及载体的序列信息。

 

1)Nucleotide: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/

NCBI获取基因序列(fasta)

获取第一转录本CDS序列

经TA克隆的目标基因序列直接使用测序结果进入下一步

2)SnapGene:http://www.snapgene.com/resources/plasmid_files

SnapGene获取载体图谱序列

2.TaKaRa In-Fusion引物设计工具

在无缝克隆的过程中,最重要的就是需要设计一对合适的引物

1)打开TaKaRa官网:https://www.takarabiomed.com.cn/

选择解决方案,点击多能手In-Fusion的高级应用

2)页面底端选择In-Fusion工具箱

3)进入页面后,选择In-Fusion引物设计工具

4)引物设计:https://www.takarabio.com/learning-centers/cloning/in-fusion-cloning-tools

5)在左侧选择需要设置参数

①选择项目类型:克隆/突变

②输入载体序列

③选择载体线性化的方式,通常我们会选择酶切的线性化方式

选择酶切后会提示输入限制性内切酶

④输入插入片段

6)点击生成引物,新弹出的页面中会出现进行无缝克隆融合后的载体图谱,右侧是它的序列。

7)加载开放阅读框视图,检查目标序列与GFP标签是否融合

①找到GFP阅读框

②找到p53阅读框

③目标序列起始密码与GFP不同框

④融合域出现GFP终止密码,这是不允许的

因此说明,这个无缝克隆构建的方式,是没有将目标序列比较好的融合到载体中。

8)返回上个设置参数页面,将插入片段中与GFP标签不能同框多余的碱基A去除后,重复之前的引物筛选。

查读码框是否融合,目标基因读码框是否移位

我们可以看到,在同一个读码框下,GFP标签和目标序列完成了融合。

9)下拉后,可以看到用于执行克隆的引物序列

标黄部分指引物中所存在的序列

选择下载结果

10)解压下载结果

打开表格CSV格式文件

两条序列的信息、引物序列、TM值等等

就用TaKaRa网站,完成了引物设计。


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