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PLATON基操-提取CIF文件中的hkl和res文件

2023-10-15 14:11 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

在之前的推文“提取CIF中的hkl和res文件”中介绍了“复制粘贴”“Olex2[1]和“FinalCif”提取CIF中的hkl和res文件的方法,本文再来介绍一下使用PLATON[2]来提取CIF中hkl和res文件的方法。

         

PLATON的用户操作界面pwt以及PLATON可执行文件platon.exe可从“https://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/”下载,如图1所示。

         

▲图1 pwt和platon.exe下载


         

pwt安装好之后,在pwt文件夹中双击pwt.exe打开pwt,如图2所示。

▲图2 pwt.exe


         

pwt打开后是一个处于桌面顶端的横条界面,如3所示。

▲图3 pwt主界面


         

点击File下拉菜单中的Select Data File图4)或者文件夹图标Select new data file5)以打开CIF文件。

▲图4 Select Data File选项


▲图5 Select new data file图标


         

在弹出的Select Molecular Coordinate File对话框中找到CIF文件,选中后,点击打开,如图6所示。

▲图6 Select Molecular Coordinate File对话框


         

打开CIF文件后,pwt界面如图7所示,显示一些相关的基本信息。

▲图7 打开CIF文件后的pwt界面


         

点击Start下拉菜单中的Graphical Menu8)或者三角尺图标PLATON graphical Menu9)以打开PLATON主界面。

▲图8 Graphical Menu选项


▲图9 PLATON graphical Menu图标


         

在PLATON主界面点击MISC-TOOLS栏最下面的cif2shelxl选项,如图10所示。

▲图10 cif2shelxl选项


         

cif2shelxl运行结束后,PLATON - Dialog Window显示结果如11所示,SHELXL.INS文件从CIF中.res提取,结果为2152655_sx.ins,而SHELXL.HKL文件从CIF中.hkl提取,结果为2152655_sx.hkl

▲图11 PLATON - Dialog Window


         

图12所示,为PLATON执行cif2shelxl后得到的文件。

▲图12 PLATON提取结果


         

随后按照需要对产生的ins文件和hkl文件进行重命名(或不做更名)即可用于精修等。

         

上述CIF中,hkl文件以“_shelx_hkl_file”项目嵌入在CIF中,如图13所示。

▲图13 以“_shelx_hkl_file”项目嵌入CIF中的hkl文件


         

如果是以loop循环数据嵌入CIF文件,如图14所示。

▲图14 loop循环数据形式的hkl数据


         

图14所示CIF文件使用PLATON运行cif2shelxl,可得ins文件,但得到的hkl文件是空的,如图15所示。

▲图15 空的hkl文件


         

不过该文件还是可以用Olex2图16)或FinalCif图17)提取正常的hkl文件和res文件。


▲图16 Olex2提取的hkl和res文件



▲图17 FinalCif提取的hkl和res文件


         

使用SHELXL[3]进行精修,默认以“_shelx_hkl_file”项目将hkl文件嵌入在CIF中,因此SHELXL生成的CIF文件均可使用PLATON来提取嵌入其中的hkl文件和res文件(转为ins文件)。

         

当然,除了pwt之外,也可以通过Olex2ShelXle[4]、WinGX[5]等调用PLATON来提取嵌入CIF中的hkl和res文件。

         

参考文献

[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 200942, 339–341.

[2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATONJApplCryst200336, 7–13. (b) Spek, A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst2009D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure report valid? InorgChimActa 2018470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIF validation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst2020E76, 1–11.

[3] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELXActa Cryst. 2008A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXLActa Cryst2015C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019A75, 50–62.

[4] Hübschle, C. B.; Sheldrick, G. M., Dittrich, B. ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. J. Appl. Cryst. 201144, 1281–1284.

[5] Farrugia, L. J. WinGX and ORTEP for Windows: an update. J. Appl. Cryst. 2012 45, 849–854.



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