PLATON基操-提取CIF文件中的hkl和res文件
在之前的推文“提取CIF中的hkl和res文件”中介绍了“复制粘贴”“Olex2”[1]和“FinalCif”提取CIF中的hkl和res文件的方法,本文再来介绍一下使用PLATON[2]来提取CIF中hkl和res文件的方法。
PLATON的用户操作界面pwt以及PLATON可执行文件platon.exe可从“https://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/”下载,如图1所示。

pwt安装好之后,在pwt文件夹中双击pwt.exe打开pwt,如图2所示。

pwt打开后是一个处于桌面顶端的横条界面,如图3所示。

点击File下拉菜单中的Select Data File(图4)或者文件夹图标Select new data file(图5)以打开CIF文件。


在弹出的Select Molecular Coordinate File对话框中找到CIF文件,选中后,点击打开,如图6所示。

打开CIF文件后,pwt界面如图7所示,显示一些相关的基本信息。

点击Start下拉菜单中的Graphical Menu(图8)或者三角尺图标PLATON graphical Menu(图9)以打开PLATON主界面。


在PLATON主界面点击MISC-TOOLS栏最下面的cif2shelxl选项,如图10所示。

cif2shelxl运行结束后,PLATON - Dialog Window显示结果如图11所示,SHELXL.INS文件从CIF中.res提取,结果为2152655_sx.ins,而SHELXL.HKL文件从CIF中.hkl提取,结果为2152655_sx.hkl。

如图12所示,为PLATON执行cif2shelxl后得到的文件。

随后按照需要对产生的ins文件和hkl文件进行重命名(或不做更名)即可用于精修等。
上述CIF中,hkl文件以“_shelx_hkl_file”项目嵌入在CIF中,如图13所示。

如果是以loop循环数据嵌入CIF文件,如图14所示。

对图14所示CIF文件使用PLATON运行cif2shelxl,可得ins文件,但得到的hkl文件是空的,如图15所示。

不过该文件还是可以用Olex2(图16)或FinalCif(图17)提取正常的hkl文件和res文件。


使用SHELXL[3]进行精修,默认以“_shelx_hkl_file”项目将hkl文件嵌入在CIF中,因此SHELXL生成的CIF文件均可使用PLATON来提取嵌入其中的hkl文件和res文件(转为ins文件)。
当然,除了pwt之外,也可以通过Olex2、ShelXle[4]、WinGX[5]等调用PLATON来提取嵌入CIF中的hkl和res文件。
参考文献
[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
[2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek, A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure report valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIF validation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.
[3] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.
[4] Hübschle, C. B.; Sheldrick, G. M., Dittrich, B. ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. J. Appl. Cryst. 2011, 44, 1281–1284.
[5] Farrugia, L. J. WinGX and ORTEP for Windows: an update. J. Appl. Cryst. 2012 45, 849–854.