生信高级图大赏之弦图

circRNA公众号全新栏目——生信高级图，旨在解读生信分析中那些看上去很高级的图。

一、介绍

基因功能富集分析之后，一般常规的展示方式是画条形图和气泡图，如下图1所示：

但是，这俩货不是重点！

今天的主角是另一种可供展示的图，这类图就像一根根弦搭起来一样，被称作“弦图”。

图2中登场的这个看起来错综复杂的圆形图就是弦图，是不是很酷炫？这种图是用R包GOplot中的GOChord函数画出来的。它可以方便直观地展示所选基因和通路（Term）之间的关系，以及基因的logFC变化。GOChord函数主要包含三个参数：data、gene、process，分别代表logFC、基因和通路，将这三个数据整理成一个二进制的关系矩阵即可进行绘制。当然，这个矩阵不仅可以按其要求自行构建，也可以使用其自带函数chord_dat来构建。像其他绘图功能一样GOChord为用户提供了许多参数来更改绘图布局，包括标签字体大小、标签之间的间距、logFC的色阶和色带颜色的调整等，我们可以根据自己的需求进行调整。

二、图解

最外圈右侧环：10 条GO biological process terms，每条term用一种颜色标识。

最外圈左侧环：基因列，渐变颜色表示基因差异表达倍数的变化。

内圈连线：基因和term之间的关联。

三、应用

作为个性化的生信分析图，弦图可以清晰地展示某条通路和基因之间的关联，因此可以用于转录组学研究中，同时也能应用于基因组、蛋白质组和代谢组等统计数据。

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