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它通过扫描给定目录中的可识别日志文件来生成一个 HTML 报告来汇总统计数据，比如说我们测序了很多个样本并生成了很多qc质量报告，这个时候，利用MultiQC将所有的报告合并能够让我们更轻松地查看结果。

这个小工具简单而实用，一定要掌握哦~下面和小果一起看看吧。

这里我们需要使用fastqc对cleandata进行质控，查看单个fastq的测序质量，再使用multiqc合并多个fastqc的结果。

使用fastqc进行质控的代码如下（小果分享过关于fastqc的具体使用方法哦，这里就直接放代码了）：

这里是对指定目录的所有后缀名为.gz的文件进行fastqc质控分析，并指定输出目录，注意使用的时候修改为自己的目录哦，结果是这样的：

可以看到每条reads都生成了一个html格式的报告，这么多样本和报告查看起来非常麻烦，这个时候就需要用multiqc来帮忙了。

没有这软件的话安装一下：

然后我们可以合并一下报告，同样注意修改代码中的路径哦：

##生成一个文件名称的列表方便批量操作

不出意外的话我们会看到生成一个总的报告：

和小果一起看看这个总的报告长什么样子吧：

是不是看起来简洁多了呢！

好啦，今天的内容暂时就到这里了，我们下期继续！

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