15天接收！4张图搞定6分+生信！转移、耐药+干细胞，只要分析角度选的好，超简单的分析

只有通路、生存分析和潜在药物筛选，

4张结果图就能发6分+生信？

如何做到的？

如果小云问你如何提高生信文章的分数？你可能多多少少会说出一些，比如增加创新性（选择热点方向、分析手段）、分析内容多等等。

当然也可以从分析的角度去创新，比如疾病的分组、临床问题切入。

（不知道如何找热点或创新升级的可以找小云，各种个性化分析思路等你来挑~）

小云今天要给你们分享的这篇文章，切入的角度是转移和耐药（ps：相关数据选得也很妙~），那又因为转移和耐药都与肿瘤干细胞相关，所以又巧妙的利用了肿瘤干细胞筛选关键基因。后续课题思路一并搞定，分析思路之巧妙，值得学习！

题目：肌动蛋白样蛋白6A表达与卵巢癌干细胞样特征及不良预后相关

杂志：International journal of molecular sciences

影响因子：6.208

发表时间：2023年1月

数据信息

研究思路

从GEO数据集中选择转移和耐药相关的差异表达基因(DEGs)。通过TCGA数据分析DEGs与卵巢癌预后的相关性，并预测其可能的途径和功能。筛选在肿瘤干细胞中差异表达的关键基因。分析关键基因ACTL6A表达与生存预后的相关性。筛选与ACTL6A相关的基因，并通过KEGG和基因集富集分析(GSEA)潜在功能。筛选靶向ACTL6A的潜在药物。

主要研究结果

1. 筛选转移和耐药相关的差异表达基因（DEGs）

分析GSE185833的腹膜转移组织和卵巢肿瘤组织之间的DEGs(图1A)。再分析GSE176246中耐药细胞系和非耐药细胞系之间的DEGs(图1B)。两者取交集得到了11个DEGs(图1C)，可能对化疗和转移有影响。

图1. 卵巢癌化疗耐药和转移相关的常见基因

2. ACTL6A表达与不良预后相关，且在肿瘤干细胞（CSCs）中上调

生存图即危险比(HR)热图显示了关键基因与卵巢癌总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)的关系(图2A)。因为恶性卵巢癌的耐药性和转移与CSCs有关，因此检测卵巢癌肿瘤干细胞中关键基因的表达，11个DEGs中，各有2个基因表达下调和上调(图2C)。生存分析表明，ACTL6A的高表达水平与卵巢癌患者、以及接受化疗的卵巢癌患者的不良预后相关(图2D-G)。

图2. ACTL6A高表达与OS和PFS预后较差相关

3. 卵巢癌中ACTL6A表达与细胞周期进展相关

利用LinkedOmics的LinkFinder分析ACTL6A的相关基因，与ACTL6A正相关基因多于负相关基因 (图3A-C)，对ACTL6A相关基因进行KEGG 分析和GSEA。发现这些基因主要参与细胞周期 (图3D-E)。参考细胞周期信号通路，确定了ACTL6A与特定红色基因的正相关关系(图3G)。

图3. 卵巢癌中与ACTL6A呈正相关的细胞周期基因多

4 靶向ACTL6A高表达卵巢癌的潜在药物

使用Q-omics分析寻找对高表达ACTL6A可能起治疗作用的强效药物。在30个卵巢腺癌细胞系中进行了药物反应和ACTL6A表达之间的关联分析，发现478种药物中有1种在ACTL6A低表达组与高表达组之间具有统计学意义（图4A）。ACTL6A高表达的15个卵巢癌细胞对CP734714的最佳反应具有较低的log (IC50)值(图4B)。CP734714的IC50与ACTL6A表达呈负相关（图4C），说明CP734714在ACTL6A高表达的情况下可作为一种治疗的选择。采用人蛋白图谱(HPA)分析，观察卵巢癌组织中ACTL6A蛋白的表达 (图4D)。

图4. CP724714作为高表达ACTL6A卵巢癌的治疗选择

总结

这篇文章的创新点就是切入角度选的好，选择了转移和耐药，而且既采用了组织样本的数据，又有细胞系的数据。得到转移和耐药相关的基因之后，作者还巧妙的利用了肿瘤干细胞进一步筛选关键基因。

针对关键基因进行了相关基因及通路的分析，还筛选了潜在的靶向药物，增加临床意义。而且连后续课题也一并搞定了，可以设计“药物靶向关键基因调控肿瘤干细胞影响化疗耐药和转移”的课题思路。

只要选对分析角度，简单的内容就能轻松发表了6分+，如此一举多得，值得借鉴~

如果你还苦恼于生信分析没有思路，或者嫌分析方法太过简单、太过老套，想要创新思路的，或者对耐药、转移或肿瘤干细胞等方向感兴趣的小伙伴快来联系小云吧！