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同一癌种,同样是铁死亡预后模型构建,3分与8分+差在哪里?只因多加了一小步分析筛选

2022-12-02 15:30 作者:尔云间  | 我要投稿


铁死亡生信到底卷不卷?

其实依小云之见呢,如果完全是老套路那就很卷,分析内容也不少但只能发个3分左右;如果在常规思路上有创新点(哪怕只是一小步创新,也有可能让你的文章上一个台阶)那就不是很卷,分析内容不需要多复杂也能发8分+

两者分析数据量差别不大,但文章分数差距很大,关键就在于思路上的一点点创新!(这是必杀技哦,赶快拿个小本本记下来)

说起来容易做起来难,很多人都是用老套路在原地打转,设计出创新点,突破那一小步也是很不容易的!


小云用实例告诉你,3分与8分+分析思路上的差距!同样都是肝癌,同样做铁死亡预后模型构建,只因加了一步甲基化分析筛选基因,文章level瞬间提升。其实8分+的这个文章整体分析内容还没3分那个丰富,也再次证明这一小步甲基化筛选创新点的杀伤力,赶快码起来,不局限于铁死亡,其他分析方向也适用!


3分+文章

题目:预测肝细胞癌患者预后、免疫反应和药物敏感性的新的铁死亡相关标志

杂志:Current Oncology(IF=3.109)

研究思路:数据来自TCGA、ICGC,GSE104580、CCLE和IMvigor210数据集,使用LASSO回归分析构建nFRGs。随后在低风险组和高风险组之间使用不同的R包进行涉及预后、分子功能、干细胞指数、体细胞突变、对免疫治疗的反应、TACE治疗的疗效和药物敏感性的分析(详见下图)


8分+文章


题目:肝细胞癌中四个铁死亡相关基因特征的开发和验证及其与免疫的相关性

杂志:Front. Immunol.(IF=8.786)

研究思路:使用TCGA数据库鉴定了43个差异表达的FRG,单因素回归分析得到11个与OS和PFS显著相关的FR-DEG,再利用UALCAN数据库评估11个FR-DEG的甲基化水平,筛选得到4个甲基化相关FR-DEG。针对这4个甲基化相关FR-DEG进行互作基因鉴定和互作网络构建,进行遗传变异分析并评估其对预后的影响,验证基因表达,构建预后模型并验证预测性能,进行GSEA富集分析和免疫浸润分析(详见下图)。



小结

这两篇文章对比下来,可以直观的发现3分+文章在模型构建后做的分析内容比较多(除了免疫浸润分析、功能富集分析还做了干性分析、突变分析和药敏性分析),也是很丰富了,但因为没有跳出预后模型构建的老路,再加上铁死亡类似文章的大量发表,导致只能发到3分。这也是生信热点爆发期过后的一个困境,想要突破重围就只能求创新,比如8分+文章里面加了一步甲基化分析筛选,得到甲基化相关FR-DEG再去做各种关联分析以及构建模型。这样做虽然分析上只加了一小步,但对于文章分数提升就是一大步,性价比超高,学起来吧!

选分析方向可以从最新发表文献入手,当然最便捷的方法当然还是持续关注小云公众号中的生信思路推荐,想定制创新性思路欢迎直接call小云。



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