网络药理学常见问题汇总——作图问题

1.Cytoscape进行network analyzer分析后怎么显示网络有多少条边呀？

答：先带你左边“Network”,再点旁边相应的sheet,在右侧有显示一栏 node, edge这两个就分别是了。

 

2.调整了交集靶点之后，成分跟基因相连，基因又跟通路相连，出现了双份的基因是为什么？

答：主要要注意network,tape文件构建。因为在“药学生阿程”视频中介绍network文件主要成分对应的是它们各自的基因，但有些是不属于交集基因的，所以不属于交接基因这部分的，是要删除的（相应视频下评论也有讲解）。

 

3.做复方的时候，疾病-通路-靶点-成分-药物这个图，药物成分之间的重复值怎么处理？

答：在network里将重复的药物成分单独编号列出并加以说明，写文章的时候也要说明清楚。

 

4.做了一个中药方子，里面药物的有效成分有些是3个或者4个药共有的，这部分应该怎么处理？

答：可以考虑单独编号，图注说明几味药物共有成分（与3问题相识）

 

5.请问，怎么画KEGG pathway map图？KEGG的富集分析的条状图，气泡图？

答：根据hubgene去富集通路，关键基因在这个通路中所占的比例和p值。需要在KEGG数据库里面把靶基因输进去然后导出，或者用R中的pathview这个包去实现。如作富集分析条状图了解上下调关系，需要logfc值，用到芯片数据（GEO数据库），可用微生信或R语言制作。作通路做富集气泡图，需要用到用到如P值，Count数等值（对应数据可从Metascape或David数据库获得），也可以使用微生信进行绘图或R语言进行绘制。

 

6.网络文件如果多个中药，最后的只写总方和成分对应，还是分别每个中药和成分对应呢？

答：根据自己需求作图来调整。一般是每味中药和活性成分进行对应（药物成分靶点图、药物-疾病靶点-通路）。只写总方对应成分的话过于简单。

 

7.Cytoscape做出来的图不清晰？

答：图与交集基因的多少有关，图不清晰可能是因为交集基因太多的缘故。可以试着把基因靶点调成grid（方形）。调圆形的话尽量不要让太多的基因重合等。

 

8.Cytoscape做的图导出来后怎么继续修改？导出的连线上有字怎么删掉？

答：保存成cys格式，可以之后再点进去修改。导出的是图片格式的话，可以用PS修改。

 

9.想问一下Cytoscape导出的图片有曲线怎么解决？

答：没有去除重复线条，在edit里面点remove duplicate edges这个选项就可以去除了。还有注意Network文件的构建不要出现空格等情况。

 

10.做完KEGG富集分析了，根据P值由小到大排列，排面靠前的那些通路都和自己检索的疾病关系不大怎么办？

答：没关系，那是要做富集气泡图的操作，用于预测的。你需求是什么就按你需求来，就去找相关通路，做相关图。

 

12.KEGG通路依据P值展现的前20没几条与本疾病相关？通过David分析后的Pathway结果筛选前20条通路时，用P值来排序的时候应该怎么设定范围呀?

答：挑选出与疾病相关的通路再重新集合出来做一个图也行，达到你的目的，合理有据，自圆其说。还有不要完全依赖数据库的信息，数据库只是预测作为参考，具体还是实际试验验证的。

 

13.“疾病—通路—靶点—成分—药物网络构建”那一节的，如果type文件里面是药靶与疾病的交集基因，那network文件里面呢？网络文件里面的基因是每个成分及通路的所有基因，如果是这样，这样做出来的图导致会有多余的基因不懂?

答：多余的不在交集基因内的会删去。此问题和2问题类似。

 

14.如何在药物-靶点图中使药物成分大小按degree值区分，靶点大小保持一致呢？

答：可以根据degree值看一下，是degree值取中位数，还是将degree乘2后取中位数；按degree值来分可用cytoscape里的cytoCNA来弄，但靶点大小就保持不了一致了。

 

15.MeV热图软件在哪里下载呢？

答：Mev 软件官网下载 https://sourceforge.net/projects/mev-tm4/files/mev-tm4/，无需安装，解压后，双击 TMEV.exe 即可，但是需要在使用该软件之前安装 JAVA。

 

16.ppi网络图和药物-成分-疾病-靶点-通路图怎么分析？

答：这个没有固定的分析模板，可以参考一下英文的高分文献或者综合几篇中文核心文献总结一下。