在超算平台上使用Gaussian计算分子静电势表面
废话：等某人回消息无果，八成又是一个月。闲来翻了翻之前写的教程，贴一个上来记录一下吧，等有时间了再把其他的贴上来。 静电势的概念及原理啥的略过。 1、结构优化+单点计算：略 2、将单点计算得到的
chk
文件转换为
fchk
文件：
formchk 321.chk
3、在计算静电势时我们一般至少需要得到
density.cub
和
ESP.cub
这两个文件，有时还需要得到
surfanalysis.pdb
文件来显示最大值点和最小值点。 3.1、调用高斯的
cubegen
程序生成
ESP.cub
文件： 查看Gaussian的安装路径： [xxx@login ~]$
which g16
/opt/pub/softwares/gaussian/g16a03/g16/g16
查看
cubegen
程序在不在家： [xxx@login ~]$
cd /opt/pub/softwares/gaussian/g16a03/g16/
[xxx@login g16]$
ls
编写脚本（
123.sh
），内容如下：
#!/bin/bash
#SBATCH -n 52
#SBATCH -N 1
#SBATCH -p standard
module load gaussian/16.A03
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$SLURM_JOB_ID
export PATH=/opt/pub/softwares/gaussian/g16a03/g16/:$PATH
cubegen 52 potential *.fchk ESP.cub -3
（注：
-4
表示精度为
Fine
，
-3
表示
Medium
，
-2
表示
Coarse
） 赋予脚本可执行权限：
chmod +x 123.sh
提交计算任务：
sbatch -n 52 -p standard 123.sh
任务结束会在原路径下生成
ESP.cub
文件 3.2、使用
Multiwfn
生成
density.cub
和
surfanalysis.pdb
文件： 首先保证
Multiwfn
安装正确 然后在
fchk
文件目录下输入以下内容生成
density.cub
文件：
Multiwfn
321.fchk
5
//计算格点数据
1
//计算电子密度
3
//高精度格点
2
//导出高斯型.cub 文件，density.cub 然后按以下操作继续生成
surfanalysis.pdb
文件：
0
//Return to main menu
12
//Quantitative analysis of molecular surface
0
//Start analysis now!
2
//Export surface extrema as surfanalysis.pdb in current folder 4、使用
VMD
程序画图： 略
