小云带你学生信之SRA文件的下载

SRA数据库：Sequence Read Archive，是NCBI网站下用于保存测序数据的数据库，大部分发表paper的测序数据都会上传至SRA数据库，SRA则会将原始数据压缩为.sra格式的文件方便大家下载。

ENA数据库：是欧洲生物信息研究所EBI旗下保存测序数据的数据库，与SRA功能类似，相较于SRA数据库只提供.sra格式的文件，ENA还支持直接下载fastq和bam，是生信小白入门的不二之选。

当我们在paper中获得测序数据的SRR号后，可以现在ENA数据库上搜索（ENA下载速度比SRA快不少），如果没有再去SRA上查询。

复现paper当然少不了将高通量测序数据down至本地服务器，目前从数据库down文件的方法主要有两种：其一为使用wget或者curl等命令从FTP上下载文件（一定要加上-c开启断点续传，别问为什么，谁明白down了一晚的文件不能用的苦），其二就是NCBI官网的sratoolkit工具中的prefetch，prefetch还支持SRR号下载，测序文件自动按照SRR号归档。当然，土豪也可以用浏览器、迅雷下载了再上传至服务器，下载速度也都不慢。

首先当然是NCBI SRA Toolkit，作为懒癌星人，不要跟我说什么源码变异、环境路径，没有什么是conda解决不了的，如果有，那就上bioconda。

当然该面对的问题还得面对，conda默认的sratools版本号太低，SRA数据库都该https了，sratools还是http，不过没关系，bioconda里的sratools2.10版本还能用，缝缝补补接着用吧，还能上源码咋滴。

接下来就是实操环节了，给朕上conda

无脑y，依赖什么的对于conda都是撒撒水啦。

接下来上实战，以SRP193866为例

Sratools默默开始工作了，当然，服务器也不能一直放着下载，爱妃还是去后台呆着吧

在最后加个&就能让命令后台候着了。

可以看到sratools自动生成SRR号文件夹，并将测序数据.sra下载至文件夹中。

好啦，今天就到这吧，欲知后事（sra2fastq）如何，欢迎关注小云，以免错过更新哟。