小果教你解读WGCNA分析中的cluster dendrogram图谱
尔云间 一个专门做科研的团队
小伙伴们，大家好呀，很高兴和大家见面，最近看到有果粉提问关于WGCNA分析中的module_dendrogram图谱的问题，之前呢有写过关于WGCNA分析中的一些专业术语基础知识以及power，module-triats图谱解读的推文，如果有小伙伴需要，可直接在往期里面查找就可以了，今天呢我们来聊聊关于如何进行cluster dendrogram读图。
内容分为两部分：
一是介绍什么是cluster dendrogram
二是cluster dendrogram图解读。
走神的，还没有准备好的小伙伴快来看这吧。
一、介绍cluster dendrogram
cluster dendrogram：聚类树状图产生用于层次聚类的树状图(也称为聚类树)，树状图以图形的方式展示了观察结果在不同(不)相似程度上被分组在一起的信息。
二、解读cluster dendrogram图谱
1.在这里小果以tp35基因进行数据集的查询，首先我们进入到Genecard数据库的首页，在Search GeneCards中输入tp53基因名，也就是小果在下图中红色标出tp53基因的地方，然后点击放大镜进行搜索，达到数据查询的目的。
小伙伴看这个图的时候把这个图可以分为两部分看：上半部分是基因的层次聚类树状图，下半部分是基因模块，也就是网络模块。上下对应，可以看到距离较近的基因（聚类到同一条分支）被划分到了同一模块。其中上半部分的height称为高度轴，一般表示的表示观测值和/或簇之间的距离。在当前的树状图中，y轴代表的是簇之间距离度量的值。
如果小伙伴们看到上图中两个集群在高度�处合并，那么就表示这些簇之间的距离为�就是对y轴做垂线的值。小伙伴们再来看下图的下部分，Dynamic Module是动态的模块，与上面的height相对应，即不同的高对应不同的模块，就是用不同的颜色标记出来的部分，小伙伴可以看到在动态模块中的颜色比较丰富，模块比较多。Merged Module是合并后的模块，
如果小伙伴们仔细观察的话就会发现合并后的基因模块明显减少了，只有灰色、黑色和蓝色模块，也就说明聚类近的基因被划到了同一模块。
到这里呢，小果的分享就到此结束了，小伙伴有什么问题可以私信小果哦。
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