Phyloregion manual （1）：简介、安装、africa

#方便自己回来复习的个人学习记录，仅供参考，如有错误，请多指正

phyloregion 是一个用于生物地理区域划分和宏观生态学研究的R包，该软件包快速高效，可以计算更多的标准指标，如系统发育多样性、系统发育地方性、进化独特性和全球濒危，以及β多样性。

这位老师的这篇推写的很棒https://mp.weixin.qq.com/s/h_TCAmwBFAK9_1i9JEKyFw

里面有比较好的讲解，但是里面的连接https://phyloregion.com/被撤回了，虽然找写推的老师要到了工作示例代码，但是由于自己太菜看不懂，所以滚去一行行先过一遍说明书。

说明书在CRAN上下来了

（下载连接：https://cran.r-project.org/web/packages/phyloregion/phyloregion.pdf）

然后就是基本上没r基础的菜鸡开始啃manual，感觉跟之前接触过的一只手数绰绰有余的那几个工具包完全不是一个级别的嘛，呜呜 好难

Depends R (>= 4.0.0)

描述里提到"phyloregion can run on any operating system (Mac, Linux, Windows or even high performance computing cluster) with R 3.6.0 (or higher) installed",我下的是Rstudio v4.1.2，加载包的时候会warning，问题不大。

安装phyloregion：

加载phyloregion包:

africa

描述：

该数据集包含了南部非洲木本植物物种的系统发育及其地理分布。该数据集来自一项研究，该研究绘制了非洲南部树木多样性热点地区的地图(Daru et al. 2015)。研究绘制了物种丰富度(SR)、系统发育多样性(PD)、系统发育地方性(PE)、物种加权地方性(CWE)和进化独特性与全球濒危(EDGE) 5种多样性热点类型。研究结果表明，非洲南部地区的树木多样性指数在空间上存在较大的不一致性，导致PD、SR、PE、CWE和EDGE在热点地区和当前保护区的不平等表现，这表明，要最大限度地保护非洲南部地区的树木多样性，需要考虑生物多样性的多个方面的综合方法。针对这个包，我们将数据集安排为四个组件:" comm "， " polyys "， " phylo "， " mat "， " IUCN "。

comm:这是50 × 50 km网格单元内各物种存在/消失的稀疏群落组成矩阵。稀疏矩阵是零项占比高的矩阵(Duff 1977)，其中只有非零项被存储并用于下游分析。

polys：这些是覆盖研究区域地理范围的网格，可以用fishnet模块生成。个人理解就是对研究区域栅格化后的区域信息（？）。

phylo:对应于系统发育树，该树是使用贝叶斯分析估计的1400个物种和1633 bp的叶绿体DNA序列来自于matK和rbcLa的组合，使用程序BEAST v.1.7.5假设一个不相关松弛分子时钟模型，以APG3为框架，用18个化石校正。就是研究区域内物种的系统发生关系信息。

mat：各网格间系统发生β多样性的距离矩阵。

IUCN：用EDGE模块分析进化独特性和全球濒危性的dataframe

示例：

到这里为止都还是我能很容易就能理解的内容，也就只是到这里为止了……