肠道菌群代谢产物短链脂肪酸SCFA--“丁酸代谢”生信思路！常规预后模型思路也能发纯生

肠道菌群是生物医学领域研究的热点方向之一，可以通过16S测序和宏基因组学探究关键的菌群，也可以利用公共数据进行分析。

肠道菌群与各个肿瘤的关系密切，而且肿瘤组织以及肿瘤细胞中都存在细菌， Science杂志还专门以封面文章报道了肿瘤中不仅有细菌，而且菌群还存在肿瘤特异性——不同的肿瘤样本，细菌的种类也有区分。该项报道还指出，肿瘤中的细菌大多数都位于细胞内，不仅是在肿瘤细胞内，在肿瘤中的免疫细胞内也发现细菌。虽然这些细菌对肿瘤的影响尚不完全清楚，但是细菌的存在却早已是研究事实。

除了研究菌群本身，还可以研究肠道菌群的代谢产物短链脂肪酸（SCFAs）（包括丁酸、丙酸等）。其中丁酸已被证明是抗各种癌症类型的潜在药物。

那么生信思路就来了，我们可以基于丁酸代谢相关基因进行分析！今天番茄君就分享一篇丁酸代谢的预后模型思路~

题目：结直肠癌丁酸代谢特征的研究，以指导临床治疗

发表时间：2023年3月

研究思路

从分子特征数据库(MSigDB)中获取348个丁酸代谢相关基因(BMRGs)。从TCGA和GEO数据库下载了CRC相关的转录组数据。然后用差异分析评估CRC中丁酸代谢相关基因的表达模式。通过单变量Cox回归和LASSO分析，构建基于差异表达BMRGs的预后模型。根据BMRGs的表达水平和系数，计算所有CRC样本的风险评分。利用高风险组和低风险组的差异表达基因，构建一个蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络来可视化蛋白质之间的相互作用。通过PPI网络的结果，从10个hub基因中筛选出4个差异表达的目标丁酸代谢相关基因。最后，对这些靶基因进行了临床相关分析、免疫细胞浸润分析和突变分析。

总结

这篇文章最大的亮点就是分析了丁酸代谢，整体思路是常规的预后模型思路，分析内容并不复杂，纯生信依然可以发表，可见选对分析方向的重要性。

而且代谢方向那么多，可以选择一些不那么内卷的方向（维甲酸代谢、丁酸代谢、NAD+代谢等等）进行分析。再开个脑洞，既然丁酸可以分析，那么其他的短链脂肪酸是否也可以复现此思路呢~~

如果你还苦恼于课题或分析没有思路，或者对代谢方向感兴趣的小伙伴快来联系番茄君吧！