小云教你多种分子对接生成蛋白和小分子的2D相互作用图片
我们对于生成蛋白质和小分子的2D相互作用图片可以通过使用分子对接软件和可视化工具来完成。
首先获取蛋白质和小分子的结构数据，分子对接，结果分析和可视化。
以下是一些可视化工具的示例：
PyMOL：PyMOL是一种常用的分子可视化软件，可以加载蛋白质和小分子的结构数据，并生成高质量的2D相互作用图片。
VMD：VMD是用于生物分子可视化和分析的软件，支持加载蛋白质和小分子的结构，并生成交互式的2D相互作用图片。
Discovery Studio Visualizer：Discovery Studio Visualizer是一种功能强大的可视化工具，可以用于加载和分析蛋白质和小分子的结构，并生成各种类型的2D相互作用图片。
这些可视化工具通常提供多种选项和样式，可以根据需要选择不同的显示模式，如空间填充模型、球棍模型、表面模型等。此外，可以通过调整颜色、透明度和标签等参数，进一步定制和美化生成的2D相互作用图片。
需要注意的是，生成的2D相互作用图片是基于分子对接结果的可视化表示，可以帮助研究人员更好地理解蛋白质和小分子之间的相互作用。
在线工具可以帮助您生成蛋白质和小分子的2D相互作用图片。
以下是一些常用的在线工具：
3DLigandSite: 3DLigandSite是一个在线工具，可以根据蛋白质的结构预测结合位点，并生成蛋白质和小分子的2D相互作用图。它提供了直观的图像来显示蛋白质和小分子之间的相互作用。
SwissDock: SwissDock是一个在线的分子对接平台，可以进行蛋白质和小分子的分子对接，并提供可视化工具来展示相互作用位点和相互作用图。
Pymol Online Viewer: Pymol Online Viewer是一个在线版本的Pymol，可以加载蛋白质和小分子的结构数据，并生成2D相互作用图片。它提供了一些可定制的选项，如颜色、透明度和标签。
VMD Web Interface: VMD Web Interface是一个基于Web的VMD工具，可以加载蛋白质和小分子的结构，并生成交互式的2D相互作用图片。
在maestro中加载对接的复合物结构，先把非极性氢隐藏，蓝色的ππinteraction相互作用，黄色虚线代表的氢键作用，粉红色的离子键。
生成2D相互作用图片可以在右上角的找到2D sketcher，如果没有可以搜索。打开的2D相互作用图片，我们可以鼠标旋转，加亮，保存。
在线工具有protein-ligand interaction profiler，选择我们对接结果上传或者输入pdb id，运行分析，速度很快。
运行的结果可以看到用PLIP得到的3D相互作用图片
还有protein plus在线工具网站，上传对接结果文件pdb，go运行，可以看到可视化的结果。
点击create procket眼睛显示结合口袋的氨基酸残基。右侧有一系列功能，有结合口袋的，2d相互作用等功能。
我们点2D相互作用，可以输入配体文件ligands。
在discovery studio查看结合位点的情况下，可以点击Receptor ligand interactions->view interactions->ligand interactions
对文章中我们经常会看到一些2D图的位点结合情况，点击show 2D digram，放大2D图
要是想调整相应的格式样式， 我们可以点击空白处display style 自行把图做成不同的风格，一般把atom设置成stick，interaction中把作用距离show distance。然后左上角点file保存。
Discovery Studio提供了强大的分子可视化和分析工具，帮助你可视化和分析分子结构、配体和蛋白质相互作用等。你可以生成高质量的分子结构图、表面图和云图，并使用各种分析工具进行结构和性质分析。
这里还有小云收集的软件和在线服务器可以用一下链接：
PLIP: https://projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index
Proteins Plus: https://proteins.plus/
LigPlot+: https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/
Leview:http://www.pegase-biosciences.com/leview-ligand-environment-viewer/
以上就是小云给大家带来的多种分子对接生成蛋白和小分子的2D相互作用片展示。
云生信平台链接：http://www.biocloudservice.com/home.html。
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