和小果学习如何一键转换gtf和gff3文件
尔云间 一个专门做科研的团队
接触过基因组和转录组的小伙伴肯定对这两个格式不陌生吧，这是基因组的注释文件，但比较烦人的是有些时候需要gtf格式，有时候需要gff3格式，所以需要一个方法，可以在这两种格式之间相互转换。
先来了解一下这两种格式
Gff3全称General Feature Format Version 3
存储序列结构信息的一种数据格式。序列结构就是一个scaffold或者染色体上面每个位置都是什么序列元件。
GFF每一行代表一个序列元件（以#为开头的注释行除外），一行9列9个属性，必须tab分割，属性为空用“.”代替。
关于gtf文件
当前所广泛使用的GTF格式为第二版(GTF2)，它主要是用来描述基因的注释。GTF格式有两个硬标准：
根据所使用的软件的不同，feature types是必须注明的。
第9列必须以gene_id以及transcript_id开头。GTF文件的第9列同GFF文件不同，虽然同样是标签与值配对的情况，但标签与值之间以空格分开，且每个特征之后都要有分号;（包括最后一个特征）
转换的话需要在linux下进行，Cufflinks里面的工具gffread
#gff2gtf
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。
gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fa
gffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fa
gffread genome.gff3 -g genome.fa -w transcripts.fa
这几步就是可以根据基因组序列文件和基因组注释文件得到cds文件，蛋白序列和转录本序列。
最后提醒一下大家，在linux系统下运行软件，要么前面加上路径，要么把软件写进环境变量，否则是运行不了的哟。
好了，这就是今天的主要内容了，其实挺简单的，小伙伴们有什么问题就和小果讨论吧。
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