N6-甲基腺苷 (m6A) 修饰在肿瘤发生中起重要作用。这些修饰调节 RNA，包括 mRNA 和 lncRNA。然而，人们对 m6A 相关 lncRNA 在头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 中的预后作用知之甚少。基于 LASSO Cox 回归、富集分析、单变量和多变量 Cox 回归分析、预后风险模型和共识聚类分析，我们分析了来自癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库的 HNSCC 样本数据中的 12 个 m6A 相关 lncRNA。我们在训练队列中发现了 12 个 m6A 相关的 lncRNA，并通过 Kaplan-Meier 和 Cox 回归分析在所有队列中验证了它们，揭示了它们在 HNSCC 中的独立预后价值。此外，进行了 ROC 分析，证实了该特征对 HNSCC 存活的强大预测能力。GSEA 和详细的免疫浸润分析揭示了与 m6A 相关的 lncRNA 相关的特定途径。在这项研究中，一种新的风险模型包括 12 个基因（SAP30L-AS1，AC022098.1、LINC01475、AC090587.2、AC008115.3、AC015911.3、AL122035.2、AC010226.1、AL513190.1、ZNF32-AS1、AL035587.1和AL031716.1）已建成。它可以准确预测 HNSCC 的结果，并可以为 HNSCC 患者提供新的治疗靶点。

结果

显示了 HNSCC 中 m6A 和 lncRNA 之间的共表达网络图。蓝色代表lncRNA，红色代表m6A。将 21 个 m6A 相关 lncRNA 映射到 HNSCC 样本的表达谱，以通过 CCP 工具进行一致的聚类，以便我们可以通过其不同的免疫表型将 HNSCC 样本分成不同的肿瘤簇。我们将 9 设置为最大簇数（图 1）。 2一个）。最稳定的结果将不同的肿瘤簇分为两个簇，如 CCP 分析所示，分别命名为簇 1 和簇 2（图 2）。 2公元前）。我们使用来自 TCGA 数据集的 487 个 HNSCC 样本作为训练组来研究 m6A 相关 lncRNA 簇的预后。训练组所有患者根据 m6A 相关 lncRNA 分为簇 1 和簇 2。免疫评分、基质评分和肿瘤纯度（估计评分）均根据 487 份 HNSCC 样本的基因表达谱数据通过 ESTIMATE 算法计算得出。然后，我们分析了不同 m6A 相关 lncRNA 簇中基质评分、免疫评分和肿瘤纯度（估计评分）的差异。集群 1 的免疫评分低于集群 2，基质评分高于集群 2（图 2）。 2E，P = 0.025；如图。 2D，P = 0.0019）。同样，Cluster 2 的肿瘤纯度也较低，没有统计学意义（图 2）。 2F，P = 0.66）。集群 1 的总生存期（OS）比集群 2 短，如 Kaplan-Meier 生存曲线所示（图 2）。 2G，P = 0.005）。集群 1 和集群 2 之间的 22 个肿瘤免疫细胞中的每一个的分化率由小提琴图显示。应用 Wilcoxon 秩和检验来确定显着性

不同m6A相关lncRNA簇中TME（肿瘤微环境）的组成和免疫细胞浸润比较

采用 CIBERSORT 方法估计了 487 个 HNSCC 样本的免疫细胞组成。此外，我们将结果标准化为细胞类型的相对比例。观察到7种免疫细胞的差异。在集群 1 中，免疫细胞类型的相对水平高于集群 2，例如 M0 巨噬细胞 (P = 0.0067)、活化肥大细胞 (P = 0.029) 和中性粒细胞 (P = 0.017)，与幼稚 B 细胞不同(P = 0.0026)、CD8 T 细胞 (P = 0.012)、滤泡辅助性 T 细胞 (P = 0.003) 和调节性 T 细胞 (Tregs) (P = 0.00012)，它们在集群 1 中较低

基因集富集分析

鉴于集群与 HNSCC 预后之间的相关性，我们在集群 1 和集群 2 之间进行了 GSEA。GSEA 显示，大多数新型 m6A 相关 lncRNA 预后特征在集群 2 组中呈正相关，包括亨廷顿病、帕金森病、嘧啶代谢、阿尔茨海默病、氧化磷酸化、剪接体、蛋白酶体、RNA降解、RNA聚合酶和核苷酸切除修复

风险模型和 m6A 相关 lncRNA 的预后分析

m6A相关lncRNA的分层分析

我们探讨了临床病理学特征与风险评分之间的关联。结果显示，HNSCC 患者具有集群 1、低免疫评分和 T3-4 期疾病（图 2）。 6B-D) 具有较高的风险评分，而风险评分与年龄或临床分期无关（图 2）。 6A，E)。我们进行了分层分析，以确认风险评分是否保留了预测不同亚组 OS 的能力。我们的研究结果表明，在 ≤ 65 岁或 > 65 岁的患者、G1-2 或 G3-4 患者和 M0 患者中，高危 HNSCC 患者的 OS 较差（图 1）。 6鳍）。此外，m6A 相关的 lncRNA 风险特征可以区分 N0 期 HNSCC 患者和 I-II 期疾病患者之间的生存差异（图 2）。 6J-M)。

风险评分和临床病理变量对 HNSCC 患者预后的影响

热图中显示了高风险和低风险组中 12 个选定的 m6A 相关 lncRNA 和临床病理学变量的表达。我们发现两组在免疫评分（P < 0.05）和集群（P < 0.05）方面存在显着差异（图1）。 7一个）。单因素分析发现年龄、风险评分和分期与 OS 显着相关（P < 0.05，图 2）。 7乙）。通过多变量分析观察到相同的结果（P < 0.05，图 2）。 7C）。这些结果表明，风险特征是 HNSCC 患者的风险因素，并且可以成为这些患者的独立预后生物标志物。

与免疫浸润相关的风险评分

Spearman相关分析结果的综合分析（图1）。 8A-O) 表明嗜酸性粒细胞、活化的树突细胞、活化的肥大细胞、M0 巨噬细胞、M2 巨噬细胞、静息 NK 细胞和静息 CD4 记忆 T 细胞与风险评分呈正相关，而幼稚 B 细胞、浆细胞、CD8 T细胞、活化的 CD4 记忆 T 细胞、调节性 T 细胞 (Tregs)、滤泡辅助 T 细胞、γ δ T 细胞和静息肥大细胞与风险评分呈负相关。