第5章 卡洛斯的危机（上）
故事发生在小智从阿罗拉地区回到关都地区的半年之后，不喜欢此剧情和CP的请勿喷哦！
这时，苏菲和小豆荚跑过来告诉大家密阿雷市又出现了上次大危机当中的巨型藤蔓，这让大家不禁猜测是闪焰队的余党在搞鬼。因为担心自己的家人，小智与希特隆提出要去寻找她们。
布拉塔诺叮嘱两人找到自己的家人后要尽快回到研究所，然后他要和艾岚一起调查巨型藤蔓出现的原因。至于其他人，则留在增加了防御系统的研究所。因为担心玛农会偷偷地跟过来，艾岚特意拜托苏菲与小豆荚看住她。
此刻，在密阿雷市的人类和宝可梦纷纷逃窜躲避巨型藤蔓的攻击，而花子与魔墙人偶也在他们的队伍当中。然而，在逃跑的过程中花子不小心摔倒崴到了脚，导致她无法再行动。为了保护花子的安全，魔墙人偶不停地使用屏障抵御巨型藤蔓的攻击。
面对不断进攻的巨型藤蔓，魔墙人偶渐渐地撑不住了。在这千钧一发之际，小智及时地赶到并让皮卡丘使用铁尾斩断巨型藤蔓。他将花子背起，接着带着皮卡丘和魔墙人偶回布拉塔诺研究所。
望着这些巨型藤蔓，小智忽然想起了基格尔德曾经说过的话，心里不禁猜测巨型藤蔓的出现并非是人为，而是由卡洛斯地区的负能量引发的。可是，巨型藤蔓为什么会大量地出现在密阿雷市？
当小智全家到达研究所时希特隆已经与利莫内将柚丽嘉护送到了这里，同时布拉塔诺和艾岚也回到了这里。布拉塔诺表示自己与艾岚搜寻了许久，但未见到任何像是闪焰队或者是其他可疑的人物。
这时，研究所的大门突然传来了阵阵的敲门声，而来者竟是大吾和翔太。原来两人本来还在调查巨石的下落，但从电视里看到密阿雷市再次出现巨型藤蔓后就急忙赶来了。这时，小智将心中的猜测告诉了大家，引起了大家的深思。
“各位，我觉得密阿雷市之所以会出现大量巨型藤蔓，这很有可能跟消失的巨石有关。我们都知道巨石本身就蕴藏着能量，而能量之间会相互吸引，所以此前巨石才会吸收玛农的哈力栗，并且以百刻市的日晷为目标。
既然如此，说不定负能量也是以巨石为目标，而巨型藤蔓大量地出现在密阿雷市，那就说明巨石就在密阿雷市。”大家认为大吾的分析颇有道理，于是决定分头去寻找巨石，阻止负能量与巨石相结合。
离开研究所后小智和皮卡丘一起去寻找巨石。因为巨型藤蔓不停地在攻击，所以皮卡丘不断地使用铁尾进行抵御。但皮卡丘的体力终归有限，慢慢地他没有力气使用招式了。小智见状将他抱住，并告诉他自己会注意避开巨型藤蔓的。
眼看小智将要遭到巨型藤蔓的攻击时一个熟悉的身影挡在他的面前，并使用居合劈斩断了这些巨型藤蔓。望着眼前这熟悉的身影，小智不禁眼含泪水叫出了他的名字—甲贺忍蛙。甲贺忍蛙也回过头看向小智，然后与他紧紧相拥。
“小智，好久不见了。”小智和甲贺忍蛙分开后Z1与Z2出现在了他们面前。小智看到Z1和Z2非常得激动，因为它们是解决危机的希望。Z1与Z2告诉小智这里的情况它们已经大致清楚了，现在最重要的是要找到巨石。
在寻找巨石的过程当中Z1和Z2告诉了小智关于负能量的事情。在3000年前的卡洛斯地区，国王AZ的花叶蒂因战争而亡。AZ为了复活她，牺牲了许多宝可梦的生命来制造最终兵器。
虽然花叶蒂复活了，但是AZ不肯原谅发动战争的双方，于是用最终兵器毁灭了一切。那些无辜惨死的灵魂产生了巨大的怨念，最后聚集到一起成为负能量。负能量依附于藤蔓而四处破坏，给卡洛斯地区带来了极大的灾难。
“后来我们将AZ的最终兵器毁掉，而负能量由我们的朋友哲尔尼亚斯封印在了卡洛斯地区的地底深处。但随着时间的推移，当初的封印力量越来越薄弱，导致部分的负能量冲破了封印。而这部分的负能量受到吸引而为遭到超级进化的能量控制的我们与巨石所用。”
Z1和Z2话音刚落所有的巨型藤蔓忽然都停止了攻击，紧接着又散发出了无数血红色的光线。小智他们顺着光线汇聚的方向看去，只见巨石漂浮在密阿雷市的上空。Z1与Z2相视了一眼，心想看来负能量已经全部冲破了封印。
巨石和负能量融合后形成了基格尔德完全体的模样，并且朝着百刻市的日晷前进。Z1与Z2告诉小智只要能攻击到负能量核心，负能量就会和巨石分离，届时它们再把负能量给完全清除掉。
“小智，因为只有你与甲贺忍蛙能看到负能量核心，所以找到其位置就拜托你们了。”说毕Z1和Z2吸收了基格尔德细胞转化为完全体的形态，然后去阻止巨石基格尔德继续朝着百刻市前进。
当小智赶到巨石基格尔德的附近时其他人也已经到了。在小智将Z1与Z2的话言简意赅地说出后大家注意到现在的巨石基格尔德所拥有的力量跟基格尔德不分上下，再加上它能够召唤巨型藤蔓，这恐怕对基格尔德相当不利。
布拉塔诺提议大家先掩护好小智让他到巨石基格尔德的身上去攻击负能量核心，接着再对付巨型藤蔓用来削减巨石基格尔德的攻防和保障基格尔德不会受到巨型藤蔓的干扰。布拉塔诺的提议得到了大家的同意，于是大家立刻开始执行。
大吾让巨金怪使用念力将小智送到巨石基格尔德的肩膀上，同时其他人让自己的宝可梦使用招式来对付巨型藤蔓为小智打掩护。到达巨石基格尔德的肩膀之后小智与甲贺忍蛙心灵相通，让甲贺忍蛙变为小智版甲贺忍蛙。
通过一番寻找小智和甲贺忍蛙在巨石基格尔德的上半身中间发现了负能量核心，他们能顺利地攻击到负能量核心吗？
