第1章 真新镇的小智
故事发生在小智从阿罗拉地区回到关都地区的半年之后，不喜欢此剧情和CP的请勿喷哦！
在关都地区的真新镇上有一位梦想要成为宝可梦大师的少年，他的名字叫做小智。在他成为宝可梦训练家的那天，他因为迟到而错过了关都地区最初的伙伴。唯一剩下的宝可梦是一只有问题的皮卡丘，所以他只好带走这只皮卡丘。
在经历过烈雀事件后小智和皮卡丘成为了好朋友，这也意味着他们的修行之旅正式开启。
小智先后在关都地区、橘子群岛、城都地区、丰缘地区、神奥地区、合众地区、卡洛斯地区旅行，后又在阿罗拉地区上学。
在修行的过程当中，小智结识了许多的伙伴。
这些伙伴分别是：来自关都地区的小霞、小刚、小建；来自丰缘地区的小遥、小胜；来自神奥地区的小光；来自合众地区的天桐、艾莉丝；来自卡洛斯地区的希特隆、柚丽嘉、莎莉娜；来自阿罗拉地区的卡奇、玛奥、水莲、莉莉艾、马玛内。
作为一名宝可梦训练家，小智在修行的途中也邂逅了各种各样的宝可梦。
在关都地区小智先后收服了绿毛虫、比比鸟、妙蛙种子、小火龙、杰尼龟、大钳蟹、臭臭泥、火暴猴、肯泰罗、长尾怪手。后来绿毛虫最终进化成巴大蝶、小火龙最终进化成喷火龙、大钳蟹进化成巨钳蟹、比比鸟进化成大比鸟。
在橘子群岛小智先后收服了拉普拉斯与卡比兽。
在城都地区小智先后收服了赫拉克罗斯、菊草叶、火球鼠、小锯鳄、猫头夜鹰、小小象。后来菊草叶进化成月桂叶、小小象进化成顿甲、火球鼠进化为火岩鼠。
在丰缘地区小智先后收服了傲骨燕、木守宫、龙虾小兵、煤炭龟、雪童子。后来傲骨燕进化成大王燕、雪童子进化成冰鬼护、木守宫最终进化成蜥蜴王。
在神奥地区小智先后收服了姆克儿、草苗龟、小火焰猴、天蝎、圆陆鲨。后来天蝎进化成天蝎王、姆克儿最终进化成姆克鹰、小火焰猴最终进化成烈焰猴、草苗龟最终进化成土台龟。
在合众地区小智先后收服了豆豆鸽、水水獭、暖暖猪、藤藤蛇、滑滑小子、虫宝包、蓝蟾蜍、石丸子、混混鳄。后来石丸子进化成地幔岩、豆豆鸽最终进化成高傲雉鸡、虫宝包最终进化成保姆虫、暖暖猪进化成炒炒猪、混混鳄进化成流氓鳄。
在卡洛斯地区小智先后收服了呱呱泡蛙、小箭雀、摔角鹰人、黏黏宝、嗡蝠。后来黏黏宝最终进化成黏美龙、小箭雀最终进化成烈箭鹰、呱呱泡蛙最终进化成甲贺忍蛙、嗡蝠进化成音波龙。
在阿罗拉地区小智先后收服了木木枭、岩狗狗、火斑喵、毒贝比、美录坦。后来岩狗狗进化成鬃岩狼人、美录坦进化成美录梅塔、火斑喵最终进化成炽焰咆哮虎。
有相遇就会有离别。每当小智结束一次修行时就和自己的伙伴分开，也会因为某些原因而放生、交换、借出自己的宝可梦。
小智因为自己的巴大蝶要与粉色巴大蝶一起越洋产卵而将其放生、因为扇斗想要将自己的火暴猴培养成P1冠军选手而将其交给扇斗、因为担心波波和比比鸟的安全而将自己的大比鸟留在常青森林、因为自己的拉普拉斯找到同伴而将其放生、因为杰尼龟军团需要自己的杰尼龟而将其交给君莎。
小智因为自己的长尾怪手喜欢华丽大赛而将其与小光的泳圈鼬进行了交换。
小智因为发现自己的黏美龙的愿望是留在家乡湿地而将其放生、因为基格尔德需要借助自己的甲贺忍蛙能够看到负能量核心的能力而将其交给基格尔德。
小智因为自己的毒贝比想要留在家乡究极空间而将其放生。
有离别就会有重逢。小刚、小霞、小建、小遥、小光都和小智再遇过。杰尼龟、黏美龙、进化后的毒贝比都曾回来帮助过小智完成重要的比赛。拉普拉斯与小智重游大海，并且联手击败了火箭队。
这一路走来，小智获得了不少的成就。
在关都地区小智先后得到了灰色徽章、蓝色徽章、橙色徽章、金色徽章、彩虹徽章、粉红徽章、深红徽章、绿色徽章，后来在关都联盟石英大会中取得了16强的成绩。
在橘子群岛小智先后得到了樱花徽章、白浪徽章、轮宝徽章、琉璃徽章，后来在橘子联盟中取得胜利，成为了名誉训练家。
在城都地区小智先后得到了飞翼徽章、昆虫徽章、常规徽章、幻影徽章、打击徽章、钢铁徽章、冰冻徽章、升龙徽章，后来在城都联盟白银大会中取得了8强的成绩。
在丰缘地区小智先后得到了岩石徽章、拳击徽章、电力徽章、烈焰徽章、天秤徽章、白羽徽章、心灵徽章、雨滴徽章，后来在丰缘联盟彩悠大会中取得了8强的成绩。
在神奥地区小智先后得到了石炭徽章、森林徽章、铺石徽章、湿地徽章、遗迹徽章、矿山徽章、冰河徽章、灯塔徽章，后来在神奥联盟铃兰大会中取得了4强的成绩。
在合众地区小智先后得到了三元徽章、基础徽章、甲虫徽章、伏特徽章、震动徽章、喷射徽章、冰柱徽章、毒性徽章，后来在合众联盟桧垣大会中取得了8强的成绩。
在卡洛斯地区小智先后得到了虫虫徽章、岩壁徽章、战斗徽章、植物徽章、电压徽章、妖精徽章、灵力徽章、冰山徽章，后来在卡洛斯联盟密阿雷大会中成为了亚军。
在阿罗拉地区小智在诸岛巡礼中的考验中先后得到了一般Z和草Z，在诸岛巡礼的大考验中先后得到了电Z、岩石Z、鬃岩狼人Z、钢Z，后来阿罗拉联盟玛纳罗大会中成为了冠军。
此外，小智在丰缘联盟彩悠大会结束后又去挑战了关都地区的对战开拓区，先后得到了知识象征、毅力象征、战术象征、运气象征、精神象征、能力象征、英勇象征，登入了对战开拓区的殿堂。
总有一天，真新镇的小智会实现他的梦想，成为宝可梦大师。
