四、PPI网络

1.STRING（https://cn.string-db.org/）

（1）在左侧选择“Multiple proteins”，将药物与疾病靶点交集复制到“List Of Names”，“Organisms”选项中选择“Homo sapiens”，点击搜索。

（2）点击“CONTINUE”。

（3）点击Exports，点击“…as a high-resolution bitmap”后的download，下载图片。点击 “…as short tabular text output”后的download，下载TSV文件。

2.Cytoscape

（1）打开软件，点击“Import Network from File System”，选择下载的TSV文件，点击“打开”。

（2）点击“#node1”，选择“Source Node”。

（3）点击“node2”，选择“Target Node”，点击“OK”。

（4）点击“Apps”→“App Manager”，在搜索框中搜索“CytoNCA”，点击搜索出的“CytoNCA”，点击右下角“Install”安装。（图中为已安装，所以不显示Install）

（5）点击“Apps”→“CytoNCA”→“Open”，勾选“Betweenness（BC）”项目下“without weight”，点击“Analyze”。

（6）点击“Layout”→“Attribute Circle Layout”→“Betweenness”

（7）按住“Ctrl”，左键选中最下方开始，连线最密集的前10个节点，即Betweenness分析得分前10的节点。（如图中黄色节点）

（8）点击“Layout”→“Attribute Circle Layout”→“Selected Nodes Only”→“Betweenness”

（9）将选中的10个节点左键按住拖远一些。

（10）在空白处点一下左键，取消选中，按住“Ctrl”，左键框选右侧剩余节点。

（11）点击“Layout”→“Attribute Circle Layout”→“Selected Nodes Only”→“Betweenness”

（12）拖动节点至合适位置。

3.Cytoscape图像美化

（1）点击左侧“Style”，点击“Fill Color”右侧箭头，“Column”选择“Betweenness”，“Mapping Type”选择“Continuous Mapping”。

（2）双击色彩图，点击“None”，选择合适的颜色，点击“OK”，弹出的窗口点击“Yes”。

（3）点击“Shape”左侧方框，选择合适形状，点击“Apply”。

（4）点击“Height”右侧箭头，“Column”选择“Betweenness”，“Mapping Type”选择“Continuous Mapping”。

（5）双击梯度图，点击梯度图两侧倒三角，调整“Node Height”后的数值，按回车键，点击“OK”。

（6）“Width”调整同上。

（7）点击“Label Font Size”前的数字，调整到合适字体大小，点击“OK”。

（8）右下角定位调整到合适位置，点击“Export to File…”→“Export as Image…”，点击“Browse”，选择保存位置，输入文件名，点击“保存”，“Zoom（%）”调整到500%，点击“OK”，即可导出图片。