小云带你简单确定分子对接口袋-对接盒子（二）
我们在确定分子对接盒子的位置和尺寸时，有一些在线工具可以帮助简化该过程。以下是一些常用的在线工具：
DOCK Blaster: DOCK Blaster是一个在线的分子对接平台，可以根据蛋白质的结构和小分子的信息自动预测对接盒子的位置和尺寸。您只需提供蛋白质的PDB文件和小分子的SMILES字符串或PDB文件，DOCK Blaster将自动生成对接盒子的边界。
SwissDock: SwissDock是一个在线的分子对接平台，它提供了一个交互式的对接盒子编辑器。您可以通过在SwissDock网站上上传蛋白质的PDB文件，并在编辑器中手动调整对接盒子的位置和尺寸。
HADDOCK: HADDOCK是一个在线的蛋白质-蛋白质和蛋白质-小分子对接平台。在HADDOCK中，您可以上传蛋白质和小分子的结构文件，并通过指定约束和距离限制来定义对接盒子。
DeepSite是一个用于确定分子对接位点的在线工具。它是基于深度学习的方法，可以自动预测蛋白质中潜在的结合位点。您可以通过上传蛋白质的结构文件（PDB格式），DeepSite会分析蛋白质的结构并预测出可能的结合位点。
DeepSite的预测结果以可视化方式呈现，显示潜在的结合位点及其置信度分数。这可以帮助研究人员快速确定对接盒子的位置，以便进行后续的分子对接实验或研究。
1、第三种情况就是如果要虚拟筛选，我们可以利用deepsite，找到预测结合位点的工具。左列是网站的工具，下面是近期的一些任务。
2、可以看到橙色就是预测出的结合口袋，与右侧的结合口袋的具体信息。如果我们要上传文件，点击choose file，submit，等待排队结束就开始计算。
3、如果小分子存在就会利用小分子来预测结合口袋，当没有小分子，就会检测蛋白所有的位置，通过算法打分。
4、对位置信息结果，我们就可以在adt进行设置盒子的中心位置了，盒子的大戏小就可以我们自己调节。
5、下面这个网站protein plus，ProteinsPlus 的是研究蛋白质结构，理解功能的关键。它们是从药物研究到生物催化等许多生物技术应用领域的重要资源。ProteinsPlus 专注于蛋白质与配体的相互作用。服务器支持处理蛋白质结构的初始步骤，即结构搜索、质量评估和预处理。此外，先进的选择，如蛋白质口袋检测，集合生成或金属配位预测的支持。预测结合位点，输入id，对蛋白表面的位点打分。
6、如果有ligand会提示，没有就会对蛋白全部进行分析，点击绿色小眼睛展示不同的口袋，还可以查看具体的信息，包括口袋有多少个氨基酸残基，序列号是多少，也可以下载这些信息。
7、我们下载这预测的7个口袋后缀ccp4，使用pymol打开，是一个盒子，下载命令行输出fetch 1iep，下载。
8、因为ccp4在adt无法打开，如果使用adt，我们可以打开下载的residue，pdb格式，分别用pymol和文本打开，在文本中可以看到残基序列号，打开adt挑选出这些残基。
9、当我们实验已经知道小分子与蛋白亲和，但不清楚位置在哪，我们设置较大的grid，如果不想进行预测口袋，可以直接把全部蛋白放在盒子里面，进行对接。
10、我们还可以查看1iep_desc.txt，包括各种信息，可以使用python批量对多个对接位点中需要的数据提取进行后续分析。
以上就是小云带你简单确定分子对接口袋的具体操作。
云生信平台链接：http://www.biocloudservice.com/home.html。
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