【生信小工具】零代码分析基因之间的表达相关性（pearson和spearman）！

大家好，小云又来分享生信小工具喽~

今天小云分享一种相关性分析的小工具!

可以用零代码生信分析在线工具（网址：http://www.biocloudservice.com/home.html ）中的“基于表达信息挖掘与靶基因相关的基因”模块。

1. 分析原理？

在生信分析中，我们往往希望对我们关注的某一个基因进行下游功能的探索，然而，单个基因想要研究，大多数情况下只能是通过实验进行，通常会对该基因进行敲除或过表达后进行测序，从而和正常组进行比较，得到差异基因认为是受该基因影响的，但是这样做一是耗时耗力，而是得到的差异基因仍然是一堆，我们仍然不知道哪些基因和该基因密切相关。

皮尔森相关系数和斯皮尔曼相关系数为研究基因之间的表达相关性提供了很好的思路，因此本软件通过基于基因在各个样本中的表达矩阵，利用皮尔森相关系数和斯皮尔曼相关系数计算原理，分别获得各个基因与关注基因的相关性排名，通过给定的基因个数N，绘制相关性最强的TOPN 基因和关注基因的散点分布图，并标识出具体的相关系数和显著性p.value 值，从而为下游功能研究提供参考。

2. 具体操作步骤

（1）进入小工具页面后，可以使用说明、常见问题、输入数据模板等选项，点击页面中的”上传数据”。

（2）提示上传数据需要“文件名和格式要和示例数据一致”，可以根据”输入数据模板”整理数据，并上传。

（3）数据整理：点击”输入数据模板”进入以下页面，可以看到给出的模板，点击文件可以在线预览和下载。

（4）制作好数据后，点击“上传文件”，如图显示上传成功。

点击页面最下方的“返回程序主页面”。

输入”基因名字”和“相关基因个数”，点击“Submit”即可跳转到结果展示页面。

结果会输出一个表格csv 格式文件，一个pdf 格式的图片文件。可以在线预览，也可以直接下载全部结果。

3. 结果展示和解读

（1）FTL_cor.pdf

该图表示各个基因与关注基因的相关性散点图，纵轴名称是其它各个基因symbol，横轴名称为关注基因symbol，最上方P 值表示显著行p.value 值，r 值表示pearson 相关系数

（2）FTLother_gene_cor.csv

该表格表示各个基因和关注基因之间的相关系数及p.value 值，第二和第三列分别表示计算得到的各个基因和关注基因的pearson 相关系数和对应的显著性p.value 值，第四和第五列分别表示计算得到的各个基因和关注基因的spearman 相关系数和对应的显著性p.value 值，第六列为对应的基因symbol

总结

本软件通过基于基因在各个样本中的表达矩阵，利用皮尔森相关系数和斯皮尔曼相关系数计算原理，分别获得各个基因与关注基因的相关性排名，通过给定的基因个数N，绘制相关性最强的TOPN 基因和关注基因的散点分布图，并标识出具体的相关系数和显著性p.value 值。

设置参数少，用户只需要输入基因在所有样本中的表达值矩阵，并设置好感兴趣或关注的基因symbol 与预期得到的相关性最强的基因个数，软件将自行计算出矩阵中其它各个基因和关注基因之间的皮尔森相关系数和斯皮尔曼相关系数，并绘制与关注基因相关性最强的少数基因和关注基因的分布散点图。感兴趣的小伙伴赶紧动手用起来吧！