亮剑时刻 | 博奥晶典 CytAssist FFPE 空间转录组项目数据展示

2022年，空间组学迎来了新的风口，10x Genomics 公司继 Visium 空间组学技术推出后，再一次对技术进行了革新，CytAssist 空间转录组平台强势诞生。它不但可以解决传统 Visium 产品中 FFPE 样本在应用中的难点，而且拥有更好的数据表现。

下面我们来看一下博奥晶典 CytAssist FFPE 空间转录组的实测数据吧

注：*为 10x 官方数据；由于项目保密性，仅展示客户部分的实测数据信息。

可以看到，目前博奥晶典完成的 5 种样本类型的 CytAssist FFPE 空间转录组实验结果都非常优异：有 3 种组织类型的基因中位数在 8000 以上，Fraction Reads 和探针比对率都在 98% 以上，实测结果都展示出了该平台数据质量高、稳定性好的优点。与 10x 官方数据相比，博奥晶典的实测数据基本与官方一致，甚至有些样本数据有更好的表现。此外，从 Space Ranger 的分群结果来看，不同细胞类型能被精细地划分类群，且最终的分群结果能够与 H&E 染色的组织病理结构很好的匹配。
同时， CytAssist 空间转录组还在不断的向上兼容。2023年， CytAssist 平台已经开启了应用新鲜冷冻组织（FF）的新征程。目前该平台可以为人、鼠两个物种的新鲜冷冻样本提供全新的空间组学分析。

CytAssist FF 空间转录组流程及原理

CytAssist FF 空间转录组是基于探针捕获的原理，首先将新鲜冷冻组织切片贴到带正电荷的普通载玻片上，经过染色成像、甲醇固定、探针杂交后，再利用 CytAssist 仪器将普通玻片上 FF 组织切片的转录组信息转移到 10x Visium 基因表达捕获玻片上，从而获得组织的转录组数据。

CytAssist FF 空间转录组 VS Visium FF 空间转录组

01、优势总结

更优流程：

无需 TO 摸索，一步启动实验

更低质控：

RIN 值从≥7降为 RIN 值≥4.5，对样本要求更低

更多基因检出：

基于探针捕获原理，不受限于 polyA 捕获

更大捕获区域：

兼容 6.5*6.5mm²和 11*11mm² 两种组织大小，可灵活选择

更自由凑样：

一张芯片从四个点阵减少至两个点阵，不再担心凑样难的问题

更灵活选片：

聚焦感兴趣的区域再进行分析物转移，极大的避免了样本选片不合适造成的样本浪费

02、10x官方数据展示

注：该数据来源于 10x Genomics 官方网站

博奥晶典的 CytAssist 空间转录组平台已经可以实现人、鼠两个物种的新鲜冷冻组织和石蜡包埋组织的空间转录组实验，且拥有不俗的数据表现。目前博奥晶典已支持发表 8 篇空间组学文章，影响因子超 160 分，其中包括国内首篇 10x 空间组学高分文章（点击查看）。作为国内唯一一家同时获得 4 项 10x 平台测序服务官方认证的公司，博奥晶典将持续深耕空间组学领域，致力为科研工作者提供更全面，更优质的空间组学服务。

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