个人学习记录：bowtie2的下载安装与环境配置

（推荐使用conda管理生信软件，能省不少精力，完全没必要像下面这样折腾）

简单记录一下非conda下载安装bowtie2并配置环境

安装好VMware Workstation 并在虚拟机上安装Ubuntu

打开Terminal  打开桌面路径

wget从网络获取bowtie2最新版本（我个人学习的时候安装过2.2，现在安装好的是2.3.5.1，不过现在已经有2.4版本了，区别应该不会很大……）

下载完成后可以在桌面看到下好的压缩包“download”

解压，因为是zip文件，用unzip命令，解压得到文件夹

cd进去列一下可以看到bowtie2的运行脚本，解说文件，还有例子可以用来练习使用

bwa安装比较简单，直接make命令，但是bowtie2需要去配置环境

pwd查看当前路径，复制

我们需要将bowtie2的路径加到环境变量中去，让计算机能够找到这个命令在哪

将路径添加到 ~/.bashrc  ，可以先用cat看一眼

添加方法有两个，第一个是用vim编辑器编辑

回车执行后默认进入命令模式，按shift+g（大写G）光标移动到最下面，按 ' i ' 或 ' a ' 进入编辑模式，输入

export PATH=$PATH:"#(刚刚复制的bowtie2所在的路径）"

按esc转换到命令模式，按 ' ：' 进入末行 ' wq ' 保存退出（千万别打 ' ! ' ,强制退出运行挂起了），或者按 ' :x ' 。

vim编辑退出的时候容易出问题，操作失误可能导致整个环境变量变得不可用，到时候一个命令也用不了，全部显示“command ‘xx’ not found” 这时候就只能打gg了

所以推荐另一个方式，echo命令，直接在 .bashrc里面的最后一行加上

cat命令打开查看可以看到最下面有刚刚加进去的路径

重新登录或输入" source ~/.bashrc"就可以使用bowtie2了

conda下安装很简单  

下载安装好conda后，直接“ conda install  -y  bowtie2”，不用配置环境，很方便。

ps：计算机小白先是不理解什么是环境，接着用vim误操弄的所有命令全都用不了只好重装系统（至今不知道是啥原因只知道.bashrc很重要不能瞎改），总算是成功装载上了，各种参数完全不知道是啥意思，慢慢研究……

水平有限，问就是不会。