系统进化树：对进化想象的否定

       另一个让进化论者深陷困境的事实是：种系生物学对不同生物类群之间的遗传学比较。这些比较的结果表明，被进化论者认为是“近亲”的动物类群在遗传上有很大的不同，而且从遗传学上看到，生物并不是从简单发展到复杂的，这使进化论的物种的“中间形式”的假说陷入了更大的困境。

       2000年发表在《美国国家科学院院刊》上的一篇文章称，DNA分析已经重新定义过去被认为是“中间型”的分类群：

       在动物种系进化树图中，曾经被认为是后生动物树底部的复杂等级的分类群正被转移到树上更高的位置。[1]

       说明这些复杂生物出现的更早。在同一篇文章中，进化论作者指出，由于新的基因发现，一些被认为是海绵、线虫和鞭毛虫等类群之间的“中间”分类群不再被认为是中间的，它们对构建这种进化的系谱已经“失去了希望”：

       新的基于分子的生物系统学有几个重要的含义。其中最重要的是海绵动物、线虫、鞭毛虫之间的“中间”分类群的消失，以及两栖动物或“熊类”的最后一个共同祖先的缺失。……由此推论，我们在通向熊类的进化树分枝上有一个很大的缺口。我们已经失去了在原始的进化推理中很常见的希望，即通过现存“原始”进化树的主线而不断增加进化树的复杂性的方法。[2]

       在2002年的一项对海藻种系的研究中，荷兰莱顿大学（Leiden University）的海藻专家德斯玛认为，过去对褐色海藻的种系分类是不正确的，（进化树）几乎应该完全颠倒过来。他的这一发现已得到很多海藻学家的支持。

       根据他的研究发现，人们对现有的褐色海藻各类间的关系上的认识几乎都是错的。比如说，根据基因分析，可能会推出简单物种甚至比复杂物种出现的还要晚。[3]

       在生物学家的植物分类中，海藻是最低等的植物。它们生长很简单，不管海水中，还是淡水里，都可以见到它们的踪影。褐色海藻属多细胞藻类，常见于温带。它的种类很多，小的细如丝；大如在加州海岸水下森林的则长至50余米。在分类时，科学家们除了研究褐色海藻的外部特征以外，还分析它的DNA成分。

       根据德斯玛教授新的种系分类，生物学家可以重新整理褐色海藻的详细分类。与旧的分类相比，新的分类方法更详尽，也更自然一些。比如，以往只有13种，新的分类则认为有20种。

       其实，这种物种间分类相左已经不是什么罕见的事情了。矛盾之多已经让许多科学家对进化论产生了怀疑。一般说来，根据不同物种间蛋白质或DNA的差异能得出物种间比较树状图，这也就是科学家们一般认为的进化论的证据，同时用它来进行生物研究。但事实上，用不同方式比较出来的结果经常是互相矛盾的，甚至经常得到啼笑皆非的结果。

       比如，最广泛使用的进化树状图是以细胞色素C （Cytochrome C）为基点建立起来的。但是，根据细胞色素C来比较的话，海龟与鸟类的亲缘关系程度要比海龟与其它的一些爬行动物比如蛇更相近。不仅如此，鸡鸭的相近程度还没有鸡与企鹅的相近程度大，人与袋鼠的相近程度比人与黑猩猩的更大。（一些研究只选取了35%的氨基酸来对比，而不是选取细胞色素C的全部氨基酸，得出人与黑猩猩100%相似，这一结论是不科学的。）[4] [5]

       应该说明的是，在已经研究过的四十余种树状图中，以细胞色素C为基准的树状图还算是与进化论最符合的。那么，其它树状图中的漏洞就可想而知了。[6]

       如果从基因学和分子层面找不到一致的物种进化树状图，那么就不能验证进化论对物种进化的假想。这完全让过去所建立的“物种间的进化假想”陷入困惑和绝望。

 

 “生命之树”的倒塌

       20世纪90年代，对生物遗传密码（DNA）的研究加剧了进化论在这方面面临的困境。在这些实验中，不是包含蛋白质序列的比较，还有“核糖体RNA”（RRNA）序列的比较。从这些发现中，进化论科学家试图建立一棵“进化树”。然而，他们对结果感到失望。根据法国生物学家埃尔韦·菲利普和帕特里克·福特雷1999年的一篇文章，“随着可用的序列越来越多，事实证明，大多数蛋白质进化树相互矛盾，就像RNA树一样。”[7]

       除了RNA比较，科学家还比较了生物基因中的DNA密码，但结果与进化预设的“生命树”相反。分子生物学家詹姆斯•莱克、拉维•贾恩和玛丽亚•C•里维拉在1999年的一篇文章中详细阐述了这一点：

       科学家们开始分析来自不同生物体的各种基因，发现它们彼此之间的关系与仅通过RNA分析得出的生命进化树相矛盾。[8]

       对蛋白质、RNA或基因的比较都不能证实进化论。伊利诺伊大学享有盛誉的生物学家卡尔·沃斯承认，面对分子发现，“系统进化树”的概念已经失去了意义。迄今为止产生的许多个体蛋白质生命树还没有出现一致的生物进化树。在宇宙树中到处可以看到树结构的不协调，从它的根到不同群内和群之间的主要分支，再到初级种群本身的组成。[9]

       分子比较的结果不支持而是反对进化论的事实也在1999年发表在《科学》杂志上的一篇题为《是时候拔出生命之树了吗？》的文章中得到了承认。这篇由伊丽莎白·彭尼西撰写的文章指出，达尔文主义生物学家为阐明“生命之树”而进行的遗传分析和比较实际上产生了截然相反的结果，并继续说“新数据正在搅乱进化图景”：

       一年前，生物学家查看了十几种微生物的新测序基因组，认为这些数据可能支持公认的生命早期历史的情节线。但他们所看到的让他们感到困惑。当时可用的基因组比较不仅没有澄清生命主要类群如何进化的图景，反而还混淆了这一图景。现在，有了额外的8个微生物序列，情况变得更加令人困惑……

       许多进化生物学家曾认为他们可以大致看到生命三大王国的起源。当全DNA序列开启了比较其他类型基因的道路时，研究人员预计他们会简单地为这棵树增加细节。但马里兰州罗克维尔基因组研究所（TIGR）的负责人克莱尔·弗雷泽说，“没有什么比这更离谱了。”相反，这些比较产生了许多不同于RNA树的生命树版本，也相互冲突……

       简而言之，随着分子生物学的进步，同源概念失去了更多的基础。对蛋白质、RNA和基因进行的比较表明，根据进化论据称是近亲的生物实际上彼此完全不同。1996年的一项研究使用了88种蛋白质序列，将兔子与灵长类动物而不是啮齿类动物分到了一组；1998年的一项对19个动物物种的13个基因的分析将海胆归入脊索动物；1998年的另一项基于12种蛋白质的研究显示奶牛更接近鲸鱼，而不是马。分子生物学家乔纳森·威尔斯这样总结了2000年的情况：

       基于不同分子的树之间的不一致，以及一些分子分析产生的奇怪树，现在已使分子系统学陷入危机。[10]

       “分子系统学”正面临危机——这意味着进化论也面临危机。（进化论是指各种生物之间所谓的“共同关系”，是进化论的假设基础。）科学再一次削弱了生物由彼此进化而来的论点，各种生命群体更像是被分开创造的。

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[1]  The New Animal Phylogeny: Reliability And Implications, Proc. of Nat. Aca. of Sci., 25April 2000, vol 97, No 9, pp. 4453-4456.

[2]  Ibid.

[3] http://www.sciencedaily.com/releases/2002/06/020627010513.htm

[4] http://www.icr.org/pubs/imp/imp-114.htm

[5] Ayala, F., "The Mechanisms of Evolution." Scientific American, V. 239, No. 3,1978, p. 56.

[6] Fitch, W., and E. Margoliash, "Construction of Phylogenetic Trees." Science, V. 155, 1967, p. p. 281.

[7]  Hervé Philippe and Patrick Forterre, «The Rooting of the Universal Tree of Life is Not Reliable», Journal of Molecular Evolution, vol 49, 1999, p. 510.

[8] 5 James Lake, Ravi Jain ve Maria Rivera, «Mix and Match in the Tree of Life», Science, vol.283, 1999, p. 2027.

[9]  Carl Woese, «The Universel Ancestor», Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 95, (1998) p. 6854.

[10]  Jonathan Wells, Icons of Evolution, Regnery Publishing, 2000, p. 51.