宏基因组学习日志—2022.7.3
宏基因组学习日志—2022.7.3
常用命令—cut
cut:按指定条件从文件的每一行提取字符、字段
-d：自定义分隔符（默认制表符）
-f:与-d一起使用，指定显示区域
eg:$cut -f 2 test.txt(提取该文件的第二列信息）
$cut -f 3 -d ‘_’ test.txt（以“_”为分隔符，查看第三列信息）
常用命令—特殊符号
|：管道符，将左边命令的标准输出传递给右边命令作为其标准输入
>：重定向（把左边所有内容输出给右边）
&：后台符，将一个命令直接放到后台运行
nohup:不挂断的运行命令，与&配合使用，运行程序可以在终端关闭后继续运行
所有输出重定向到nohup.out文件中
>>:表示往现有文件中追加内容
eg:$cut -f 2 test.txt | head >a.txt(若a.txt为新文件，则左边内容加到a.txt中，若a.txt之前已存在，则a.txt原有内容会被左边覆盖）
$cut -f 2 test.txt | head >> a.txt
$cat stat.txt snpEff_genes.txt >b.txt(合并文件）
$less b.txt
常用命令—sort
sort：将文本文件内容进行排序
-n:按照数值大小进行排序（从小到大）
-r:按相反的顺序排序
-t:指定分隔符
-k：指定区域
eg:$sort -k 2 test.txt（对该文件的第二列进行排序）
$sort -k 2 test.txt |head(显示前10行）
$sort -k 2 test.txt | head -n 20（显示前20行）
$sort -nk 2 test.txt | head -n 20（前20行按从小到大排序）
$sort -rnk 2 test.txt | head -n 20（前20行按从大到小排序）
常用字符—uniq
uniq:处理重复行（去重）
不加任何参数，去除重复行
-c:显示每行连续出现的次数
-d:仅显示连续重复出现的行
-u:仅显示没有连续出现的行
常用命令—awk
AWK是一种用于处理文本的编辑语言工具
awk [F] ‘(condition){operete}’<filename>
-F:指定分隔符
awk默认域分隔符：空格或Tab;$0表示所有域（整行内容）；$1表示第一个域，$n表示第n个域（第n列）
if(条件）{print“1”}else{print“2”}
if(3<2){print“1”}
eg:$awk ‘($2>1000){print$0}’ test.txt（$2>1000时，输出整行）
$awk ‘{if($2>1000){print$0}else{print$1}}’ test.txt
$sort -nk 2 test.txt | awk ‘{if($2>1000){print$0}else{print$1}}’（右边因为文件名与左边一致，故不需要加）
常用命令—sed
sed:可依照指令来处理、编辑文本文件
sed [i] ‘{command}’ <filename>
参数：-i 直接在原文件中修改
sed -n ‘1,5p’ text（显示1-5行）
sed ‘2,5d’ test.txt #（删除文件中的第二行到第五行）
sed ‘s/_//g’ test.txt #（删除文件中的下划线）
sed ‘s/bmk/biomarker/g’ test.txt（将该文件中的bmk替换为biomarker）
$nohup sleep +10 &(运行10秒）
2858（代表pid）
Jobs（查看命令运行状态）
&kill -2 2858（结束进程，非强制），等同于$^c
$kill -9 2858（强制结束）
$kill -15 2858（正常结束）
常用命令—进程控制
top:
Top -u user:只显示某一账号的进程
ps:
ps -ef:显示所有账号的进程详细列表
bg/fg 将正在运行的命令转后台或前台
常用命令—统计命令
wc 统计文件的行数、字数、字节数 wc-l 统计行数
df 磁盘空间统计
df -h
du 文件大小统计
du -sh dir
常用命令—其它命令
find [path] [expression]
-name 按文件名查找
-mtime 按文件更改时间查找，-n表示更改时间距现在n天以内，+10表示距现在n天以外
In [source] [file or dir]
-s 对源文件建立符号连接（软链接）
-i 覆盖既有文件之前先询问用户
$find /share/home/guoyy -name test.txt
$find /share/home/guoyy -mtime +10
$In -s /share/home/guoyy/stat.txt
