【20230715】Bonsai分析瞳孔尺寸

软件版本：Bonsai 2.7.2

下载地址：https://wwxr.lanzoum.com/b04e7vugd 密码：ayuu

更多内容详见官网：http://bonsai-rx.org/

特别鸣谢：

安装并运行Bonsai，根据图示打开Pupillometry.bonsai。

首次运行软件时需安装指定功能包，往后启动无需再次操作。

模块概述：

序号

0：运行流程

1：导入视频

2：裁剪画面（可选）

3：BGR色彩模式转黑白模式（可选）

4：黑白转回BGR（可选）

5：BGR转HSV

6：设置HSV阈值范围

7：查找符合阈值范围的区域

8：分析这些区域的大小

9：选取其中最大的一个区域（应为孔径）

10：逐帧分析该区域的最长径和最短径

11：导出孔径数据。

模块1、11：

选择模块1导入需要分析的视频；选择模块11预设结果导出路径。

模块1：

运行流程前双击模块1可导入视频，运行后双击可播放视频，播放完毕流程会自动停止。

为了能有充分的时间设置参数，默认开启loop功能，设置完参数后建议关闭loop。

模块2、3、4：

默认不启用，视情况手动选择是否开启。

模块2：

用于在固定位置裁剪视频。

在运行状态下双击模块2，按图示选取要截取的区域。四个数值分别代表：（红色截取区域与窗口左边界的距离、与上边界的距离、区域长、区域宽）。

为便于后续回头检查，若有裁剪视频，建议记下对应的四个数值。

模块3、4（需同时开启/关闭）：

个别视频拍到的瞳孔边界不够清晰，可通过模块3将原视频画面从BGR色彩模式转为Gray模式，再通过模块4令Gray模式重新转为BGR模式，此时瞳孔边界也许能清晰一些。

但这种方法不一定有用，且会造成画面色彩丢失降低分析效果。拍摄清晰的原始视频对后期的数据分析非常重要。

模块5：

用于将画面从BGR色彩模式转为HSV模式，可以查看视频画面的HSV色值（图中省略了模块2、3、4，不影响运行）。

模块6：

用于设置瞳孔所在区域的HSV数值范围，不同视频的HSV阈值不同，此处仅为举例。

由于该值会影响最终结果，且数值的确定受分析者的主观影响较大，建议记下每个视频分析使用的HSV阈值范围。

模块7、8、9、10：

这四个模块无需额外操作，功能参考第四页。确认捕捉到良好的瞳孔画面后重启流程，运行结束即可在模块11的预设目录查看孔径数据。

若没开loop，软件会在后台播放完一轮视频便自动停止，并生成该轮视频中孔径变化数据的csv文件；若打开loop，则需手动停止，并生成与实际循环播放时间相同的孔径变化数据。

最终获得的数据参见图：

第1列为LargestBinaryRegion视频中蓝色线条（MajorAxisLength）的长度，单位为像素（pixel）；

第2列为LargestBinaryRegion视频中红色线条（MinorAxisLength）的长度，单位为像素（pixel）；

行数为FileCapture视频中画面的帧数（Frame）。

若需使用Moving Average Filter平滑数据，可参考PPT内的模板。只需修改第1/2列的原始数据，即可在第4/5列自动计算平滑后的结果，周期暂设为30 Frames。