实测数据—CytAssist V2.0开启FFPE空转高效时代
FFPE样本空间转录组
FFPE处理是目前长期保存病理样本的标准化方法，保存了大量的临床上患病和正常组织的样本资源，该样本代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料，据统计世界上大约有数十亿份组织样品保存在医院或者组织样品库中，其中绝大多数是FFPE样品。但是由于FFPE样本通常珍贵且保存时间长，存在RNA/DNA量少和高度降解的问题，因此如何获得FFPE样本所蕴藏的生物信息，如何利用分子生物学方法对FFPE 样本进行检测，进而针对FFPE样本进行高通量组学分析就变得越来越重要。
伯豪生物FFPE样本时空组学解决方案一经推出即得到客户的广泛关注，尤其是基于Visium CytAssist的空间转录组解决方案，以其便捷的操作和强大的技术优势，成为当下FFPE样本空间转录组学研究的热门之选。
Visium CytAssist 实验流程
首先将FFPE组织切片贴放在标准载玻片上，继而在标准载玻片上进行FFPE组织切片的脱蜡、染色和成像(H&E用于形态学分析,或IF用于蛋白共检测)，然后根据组织形态学或免疫荧光标记选取自己感兴趣的样本，随后进行组织切片的mRNA解交联和探针隔夜杂交。然后将最多两张标准载玻片和一张含两个捕获区域（6.5 mm x 6.5 mm 或者 11 mm x 11 mm）的Visium玻片放入CytAssist仪器中,让标准载玻片上选取的组织区域与两个Visium捕获区域进行对齐。仪器内置的成像系统将捕获明场图像，以确定空间方向，并用于下游比对和数据分析, 然后将转录组和蛋白质分析物转移到Visium玻片表面，与Visium玻片对应Spots位置的高密度核酸探针进行杂交，然后通过探针延伸加上空间条形码序列，接下来就可以将带有空间序列的分析物从玻片上洗脱下来，制备测序文库，并进行后续的空间转录组和蛋白质组的空间分析了。
伯豪生物技术专家亲测
Visium CytAssist数据优异
伯豪对Visium CytAssist平台的FFPE空转进行了测试，测试样本的RNA DV200值在45左右，相应得到的spot的平均中位基因数7218个。同样地，10x官方数据显示：FFPE样本的平均每个spot的中位基因数7448个，平均DV200值为57.75。伯豪测试数据结果与10X官方结果一致。
Visium CytAssist
FFPE空间多组学技术优势
1.样本兼容性高
FFPE空间转录组实验不再局限于石蜡块，预贴片、预H&E染色的组织切片都可以通过Visium CytAssist系统将分析物从载玻片转移到Visium玻片的捕获区域。
2.捕获面积大
Visium CytAssist能够同时兼容6.5mm*6.5mm和11mm*11mm样本。
3.质控要求低
Visium CytAssist对样本的DV200要求仅为30%，允许检测更多长期保存的高度降解的样本。
4.基因检出率高
Visium CytAssist使用10x Genomics全新设计的捕获探针，除少部分高表达基因外，90%以上基因设计了3个探针对，基因检出率及特异性更高。
