关于做PLS-DA分析

这里分析一个做pls-da的R包，多一种选择。了解相关内容可以查阅下边链接，这里不多介绍。

资料：https://mixomicsteam.github.io/Bookdown/plsda.html

#需要数据包

library(mixOmics)

library(dplyr)

library(tidyverse)

以下数据，仅参考。

#数据

 head(data.plsda)

# 选择分析数据

VOC.soil.C = subset(data.plsda, Treatment=="C")

VOC.soil.C.plsda<- as.matrix(VOC.soil.C[,13:46])

#运行

VOC.soil.C.plsda1 <- splsda(VOC.soil.C.plsda, VOC.soil.C$Season)

#数据点图

plotIndiv(VOC.soil.C.plsda1)

#变量图

plotVar(VOC.soil.C.plsda1)

#

plotIndiv(VOC.soil.C.plsda1, ind.names = FALSE, legend=T,

          ellipse = TRUE, star = TRUE, title = 'Treatment: C',

          X.label = 'Component 1 (30%)', Y.label = 'Component 2 (18%)')