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如果我想突变氨基酸残基，我应该遵循什么程序？

您可以通过右键单击工作区中的残基并选择 Mutate Residue → new-residue （在 2016-4 版本之前突变 → new-residue）来突变氨基酸残基。如果要保留原始结构，可以在项目表中复制它，然后对复制的结构进行变异。要在工作区中查找残基，键入 CTRL+F 以显示查找工具栏，从选项菜单中选择残基编号，然后在文本框中键入残基编号（例如 A:167），然后单击 N（下一步）按钮.

您还可以使用 3D Builder 面板来改变残基：选择 Other Edits → Mutate Residue → new-residue。（在 2016-4 版本之前，在“构建”面板中，从“片段”选项菜单中选择“氨基酸”，选择“突变”，然后选择突变体并单击要在工作区中突变的残基。）

如果您想将残基突变为非标准残基，您可以通过突变为相应的标准残基，然后将额外的片段构建到突变的标准残基上来实现。Fragments 面板（2016-4 之前的 Build 面板的 Fragments 选项卡）中有一些修改的残基可用，您可以使用上述方法对其进行变异。从片段选项菜单中选择非标准氨基酸（2016-4 之前的修饰氨基酸）以使用这些残基。

完成突变后，您应该检查侧链是否处于合适的构象中。如果不是，您可以右键单击残基并选择 Select Rotamer (Rotamers before 2016-4)，从常见的侧链旋转异构体中进行选择。或者，您可以手动调整侧链。

要放松突变周围的结构，请选择突变残基及其邻居，然后按 CTRL+M 进行短暂的最小化。

如果您已经使用蛋白质制备向导制备了原始结构，则可能没有必要再次这样做；然而，优化氢键网络和运行受限最小化可能很重要。

如果原始残基和新残基之间的大小差异很大，或者侧链的方向不正确，您可能需要使用 Prime 侧链预测来为新残基及其邻居找到良好的构象。

如果您预计突变后受体或配体位姿会发生更大的变化，您可能需要运行 IFD 以生成一些替代的受体构象和配体结合模式。

我们的Biologics Suite提供了多种工具用于突变残基和分析突变结构。