如何产生多组元材料候选结构？

       合理的结构建模是关键的，因为在成熟的密度泛函计算软件中，用户根据确定结构计算性质是相对容易的。对于晶体结构，可以通过相关的数据库网站（如AFLOW等）下载文件；对于分子结构，可以通过Avogadro免费软件得到xyz文件。但对于一些特殊的问题，比如在给定分子中，把部分原子替换成其他原子或者基团，如何生成可能的同分异构体？对于给定的体材料，如何生成不同形状、体积的超胞？把其中一类元素替换成其他元素时，如何得到不同浓度下对应可能的结构？类似问题都可以在以下网站中得到解决（点击对应位置的submit即可）：

      http://sagar.compphys.cn/sagar

      相应的论文链接：https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0927025621001117

       以包含8个Si原子的惯用晶胞为例，我们将结构文件（这里是VASP对应的格式）贴入对话框，就可以产生不同数目、元素种类的原子替换的可能结构，做到不重不漏；可以将惯用晶胞转成原胞，生成不同体积、形状可能的超胞。

      模块A是结构基本信息分析：

        A1返回结构对应的空间群；A2可以将多倍晶胞（惯用晶胞）转成原胞；A3是找到对应倒空间特征线的路径；A4返回对称操作表（在可能的对称操作下，不同位置之间的轮换关系），A5是判断有多少类互相等价的原子。其中A4和A5有晶体（crystal）和分子（molecule）可选；此外， precision是控制精度，因为坐标有舍入误差，precision太小容易把一些等价的位置误判为不等价。

       模块B是产生特定体积、形状的晶胞和指定晶向的表面：

       B1是产生指定体积的晶胞，维度可以选择是2或者3，这里枚举和去重的方法来自文献

Phys. Rev. B 77, 224115(2008)。如果选择是2维材料，默认c轴是真空。

       B2是产生指定晶向（在indices中输入）的表面结构；通过Vaccum控制真空层厚度（程序把结构居中，上下都加了真空），设置5对应真空厚度有10；通过Layers（1，5表示厚度从1层到5层）生成一系列厚度不同的表面结构。

       B3是生成特定的晶胞结构，因为晶胞的三个基矢都可以用原胞的基矢线性展开，而且系数都是整数，因此9个整数就确定一个特定的晶胞，修改这9个位置的数字即可。

       C1是针对体材料结构，比如要把结构的Si替换成B，insert和remove位置分别输入B和Si，下面输入原子个数，缺省则默认从0替换所有可能的Si原子；如果要把Si替换成不同数目的B和P，可以在insert输入B，P，在remove位置输入Si，在下面分别输入B和P的个数。如果要产生空位，就在insert位置输入Vac即可。

        C2是针对分子和团簇结构，参数含义和C1基本相同。

        C3是产生四面体填隙位的结构，比如我们在金属材料的四面体填隙位可以加入H原子，由于四面体中心距离不能太近，可以通过距离最小值来控制。

        C4是产生可能的磁构型，我们可以选择结构文件中出现磁矩的原子，可以设置初始的局域磁矩，选择是否只生成AFM结构。

D1是生成特定体积以内的合金结构，包括晶胞的遍历、同一晶胞下不同浓度的结构生成。

D2是对给定的结构按照维科夫位点数目分类。