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生信人R语言学习必备

立刻拥有一个Rstudio账号

开启升级模式吧

（56线程，256G内存，个人存储1T）

• 还在对着实验室上古大佬留下脚本发愁吗？还在头疼大shell套小shell的屎山吗?还在为找不到问题步骤的shell而烦恼吗？快跟着小果把snakemake学起来吧。
  

Snakemake的安装

首先当然是创建一个snakemake的文件夹啦，文件管理还是很重要滴。

mkdir snakemake

cd snakemake

然后下载解压官方的示例文档

看到那个environment.yaml了吗，那就是教员佛祖真主赐予我等菜鸡救赎，

Snakemake连运行环境都帮我们配置好了，github下载的大神pipeline直接运行mamba(不要慌，mamba是conda的强力替代品)

官方示例文件结构如下图所示

接下来就到了激动人心的流程搭建了

当然，实际项目怎么可能只有一个样本，我们就不能直接写样本名了，snakemake支持使用通配符来批量运行命令，修改一下上面的代码,当然，sample可以做个yaml文件，或者在shell里写个for，这里容小果偷个懒

流程流程，当然不能只有一个规则啦。接下来再写个sort规则，在头文件把sample定义了,小样本测试可以这样偷懒，大样本还是要yaml文件哦

现在，见证奇迹的时刻

这才是snakemake的精髓有木有，直接生成可视化的流程图，妈妈再也不怕小果看流程shell一脸懵了，天下就没有我小果看不懂的流程。

好啦，不多说了，今天的内容就到这里了，你学会了吗！

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