古基因组学揭示了日本特有的两种形态不同的狼谱系的独立和杂交起源
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(22)00603-0
随着古DNA拼图的不断完善，对于狗的起源问题逐渐明了，之前的已经（https://www.nature.com/articles/s41586-022-04824-9 ）明确了现代家犬更接近欧亚大陆东部的狼群。西方狗混有欧亚大陆西部狼（特别是中东灰狼）的成分，这种成分预示着两种可能：1.单一起源说：狗在亚洲东部起源，传入欧亚大陆西部后与当地狼发生了混血2.双重起源假说：东西方人群独自驯化了不同的狼群，然后这两种成分发生了混合。不管是哪种情况，都表明现代家犬的遗传成分不止来自于一个狼群，在漫长的历史进程中，人们有意（在培育新品种中的时候混入狼血）或无意（看管不当导致狗与狼交配）的让狗混入了不同遗传结构的狼血成分，同时，欧亚大陆的各地灰狼种群也在发生着迁徙和混合乃至局部灭绝，这导致为现代家犬贡献了遗传成分的灰狼种群很可能已灭绝或者由于迁徙混合而变得同质化，正因为如此，需要古DNA来判断为现代家犬基因贡献最大的狼群/原始种群曾生活在哪里。根据现有的考古学证据，人类大约在4万年前到达今天的亚洲东部地区，大约在1万5千年前带着狗跨过白令海峡到达美洲，因此狗在亚洲东部出现的时间大约处在4万年到1.5万年之间。在亚洲的某处找到4万年至1.5万年的最接近现代家犬的古狼将是狗起源这一问题的最终答案。虽然在中低纬度的地区，受限于气候，想要成功提取古DNA的难度较大，但是也不乏一些成功提取万年以上古DNA的案例（蒙自人/奇和洞人/隆林人）。这篇文章就成功提取到了3.5万年前的更新世狼的DNA片段，经过分析，日本狼相比于现代欧亚狼要更接近此前在西伯利亚发现的更新世古狼。大致经历了两个阶段，第一阶段：“通过分析样本PJ35K（3.5万年前）并结合时间和14C测年表明，在谱系上与西伯利亚更新世古狼接近的狼种群之一在5.7万年至3.5 万年之间迁移到了日本群岛；第二阶段：在3.7万年至1.4万年前第二波移民（接近西伯利亚古狼yana的个体）迁移到了日本诸岛，并且与第一阶段的古狼发生了混合；第二波移民群体中有现代欧亚灰狼群体的遗传贡献，
不过目前尚不清楚是多个大陆种群（更新世西伯利亚狼和现代狼）反复迁徙到群岛，还是已经混合的大陆种群殖民了日本。无论哪种情况，结果都表明，日本狼的多层遗传结构反映了复杂的杂交历史。相比之下，在全新世期间的欧亚大陆和北美大陆，西伯利亚更新世狼被现代狼种群所取代，然而，很难解释为什么HJ19C（19世纪样本）中灭绝的西伯利亚更新世狼的混合比例高于古代标本HJ5K（5千年前样本）。解释这一问题的一种可能是，日本狼种群在全新世早期高度结构化，每个亚种群都有来自不同大陆种群的不同混合成分。这一假设意味着，具有更大遗传部分的亚群的后代来自更新世西伯利亚狼，从而产生了日本狼种群。另一种可能是来自狼或狗的额外渗入，这些狼或狗继承了西伯利亚更新世狼的一些遗传特征，这种渗入可能发生在数百至数千年前。然而，最近灭绝的日本狼的基因流动历史细节仍不确定，需要对历史和史前时期的更多个体进行深入分析，以解决这一时间悖论。
