铜死亡8分+非肿瘤生信思路被成功复刻— —同一疾病，还是诊断模型+疾病分型，换个分析

小云作为一个兢兢业业的科研民工，每天的日常工作就是阅文上百篇，就是想发现点新东西、挖掘点新思路···

这不，今天在看文献的时候，还真就发现了一点有意思的东西——有篇非肿瘤生信文章给我一种似曾相识的感觉，总感觉之前分享过这种思路，但文章的分析方向又没推荐过，到底怎么回事呢？（ps：就喜欢这种探案的感觉，想想都有点小兴奋，小云要去自己公众号里查明真相了）

那就翻翻自己以前推荐过的思路吧，一翻吓一跳啊，小云在去年12月份分享过一篇8分+铜死亡非肿瘤诊断模型+疾病分型的思路，新发现的这篇文章就是铜死亡思路的完美复刻！（ps：对铜死亡思路感兴趣的朋友可以移步公众号搜索或点击文末链接观看哦）

同一疾病（克罗恩病），用的还是同一分析思路（诊断模型+疾病分型），只是换了个分析方向（把铜死亡换成了NLRP3炎症小体），并且还能发到8分+，惊呆了，就说厉害不厉害？

下面跟云来一起看看这篇8分+ NLRP3炎症小体方向纯生信文章，只能说在非肿瘤疾病中运用诊断模型+疾病分型思路发文章，效果非常哇塞！懂得朋友赶紧拼手速啦！

l 题目：克罗恩病中NLRP3炎症小体特征的调控模式及其与免疫微环境的关系

l 杂志：Frontiers in immunology

l 影响因子：IF=8.786

l 发表时间：2023年1月

研究背景

克罗恩病（CD）的特征是炎症和免疫反应失调。据报道，NLRP3炎症小体参与克罗恩病的发病机制、进展和治疗反应。然而，缺乏对克罗恩病中NLRP3炎症小体及其相关分子的全面研究。

数据来源

研究流程

首先分析NLRP3炎症体相关基因在GSE100833 和 GSE16879中的差异表达。NLRP3炎症体相关差异基因进行单因素logistic回归分析和LASSO回归分析以建立诊断模型，并利用ROC曲线验证其诊断性能。随后，分析了诊断模型与免疫浸润细胞的相关性及其富集通路。根据14个NLRP3炎症体相关基因的表达模式将CD患者聚类为两个亚组，进行免疫浸润分析，筛选差异基因并进一步分析两组间富集通路差异，构建PPI网络并预测关键基因与药物的相互作用。

主要结果

1. NLRP3炎症体相关基因差异表达分析和诊断模型构建

在GSE100833数据集中使用Wilcoxon检验来分析NLRP3炎症体相关基因在患病样本和正常组织之间的差异表达（图1A）。差异基因通过单变量logistic回归和LASSO回归分析以建立基于14个基因的诊断模型（图1B, D），比较两组间的评分差异（图1E），并利用ROC曲线验证其诊断性能（图1F）。

图1差异表达的NLRP3炎症体相关基因的鉴定和诊断模型构建

2. NLRP3炎症体相关基因与免疫浸润的相关性分析

利用ssGSEA分析比较CD患者和正常组间的免疫细胞浸润水平（图2A）。此外，分析了NLRP3炎症体相关基因和免疫细胞浸润之间的相关性（图2B）。利用ssGSEA分析两组间免疫相关通路的富集，并分析NLRP3炎症体相关基因和免疫相关途径之间的相关性（图2C, D）。分析两组间人类白细胞抗原(HLA)相关基因表达，以及NLRP3炎症体相关基因和HLA相关基因之间的相关性（图2E, F）。

图2 免疫浸润分析

3. 基于NLRP3炎症体相关基因的疾病分型及分析

基于14个NLRP3炎症体相关基因进行无监督聚类，确定了克罗恩病的两种亚型（图3A，C），比较了两亚型间NLRP3炎症体相关基因的表达（图3D）。利用ssGSEA分析两亚型间的免疫浸润情况（图4A），通过GSVA分析两个亚型中富集的途径（图4B）。识别两亚型间的差异基因，进行PPI网络构建，获得hub基因（图5A）。使用DGIdb数据库，分析hub基因中的4个关键NLRP3炎症体相关基因与药物的相互作用（图5B）。

图3疾病分型分析

文章小结

这个文章的亮点一个是分析方向的选择（炎症中的NLRP3，此方向研究的较少，创新性比较高，文中所用基因集小云也整理好了，私信小云获取哦），另一个就是分析思路的设计——诊断模型+疾病分型。模型构建和分型放在肿瘤中都比较常规，但是挪到非肿瘤疾病领域还是相当够用的，尤其是疾病分型在非肿瘤疾病中做的比较少，再加上本身的诊断模型，数据量和创新性都有所提高。这个思路赶快学起来哟，别人已经验证成功了，脚步慢可就赶不上发文红利啦！