时空日报 | 单细胞和空间组学绘制人类乳腺细胞图谱
大家好，欢迎查看《时空日报》第3期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计10篇。以下是应用华大时空StereoCopilot生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1：人类乳腺单细胞空间基因组图谱
A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast
Nature; IF: 69.504; DOI: 10.1038/s41586-023-06252-9
内容概要：构建了单细胞和空间分辨率的综合人类乳腺细胞图谱（Human Breast Cell Atlas，HBCA），包含来自126名女性的714,331个细胞和来自20名女性的117,346个细胞核。同时，使用四种不同技术的空间测绘揭示了一个意想不到的丰富的组织驻留免疫细胞生态系统，以及导管和小叶区域之间明显的分子差异。HBCA为研究乳腺生物学、发育及乳腺癌等疾病提供了全面的参考。
2：平滑肌α-肌动蛋白错义变异通过调节平滑肌细胞内的胆固醇促进动脉粥样硬化
Smooth muscle α-actin missense variant promotes atherosclerosis through modulation of intracellular cholesterol in smooth muscle cells
European Heart Journal; IF: 35.855; DOI: 10.1093/eurheartj/ehad373
内容概要：携带和不携带p.Arg149Cys变异体的Apoe-/-小鼠均被喂食高脂肪饮食12周，然后评估动脉粥样硬化斑块的形成并进行scRNA-seq分析，确定了突变型R149C α-肌动蛋白触发动脉粥样硬化负担增加的机制，并进一步强调了胆固醇诱导的平滑肌细胞表型调节在驱动动脉粥样硬化斑块形成中的作用。
3：发育过程中两性二肽性果蝇前腿及其感觉器官的单细胞图谱
A single-cell atlas of the sexually dimorphic Drosophila foreleg and its sensory organs during development
PLoS Biology; IF: 9.593; DOI: 10.1371/journal.pbio.3002148
内容概要：使用scRNA-seq分析雄性果蝇前腿在蛹发育过程中的第一跗节，描述了感觉器官所在的细胞景观，识别了一种有助于神经层构建的新型细胞类型，并解决了感觉器官内部和之间支持细胞之间的转录组差异，为研究感觉器官的发育和功能提供了丰富的注释资源。
4：通过YAP/TAZ和TEAD机械控制哺乳动物昼夜节律
Mechanical control of the mammalian circadian clock via YAP/TAZ and TEAD
The Journal of Cell Biology; IF: 8.077; DOI: 10.1083/jcb.202209120
内容概要：使用单细胞昼夜节律的高通量分析，并应用受控制的机械、生化和遗传扰动来研究哺乳动物细胞内时钟基因Rev-erbα的表达，发现成纤维细胞生物钟通过YAP/TAZ核水平进行机械调节。这种机制可以解释当YAP/TAZ活性上调时观察到的昼夜节律受损，例如在癌症和衰老中。
5：单细胞多组学分析揭示人类胎儿发育过程中造血细胞的特定类群和胎儿特征
Single-cell multiomics of human fetal hematopoiesis defines a developmental specific population and a fetal signature
Blood Advances; IF: 7.637; DOI: 10.1182/bloodadvances.2023009808
内容概要：提出了妊娠早期原始血液发育的组合单细胞免疫表型和转录图谱，结合CITE-seq（转录组和表位测序细胞索引）对胎儿肝脏中已建立的免疫表型门控祖细胞的分子谱进行分析，揭示了胎儿造血系统的发育过程和细胞分化轨迹。强调了胎儿和成人血细胞之间的分子和免疫表型差异，这对于儿童白血病和一般血液发育的未来研究具有重要意义。
6：单细胞分辨率定义的人内耳类器官中前感觉细胞的发育轨迹
Defining developmental trajectories of prosensory cells in human inner ear organoids at single-cell resolution
Development(Cambridge, England); IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.201071
内容概要：使用CRISPR/Cas9技术建立SOX2-2A-ntdTomato人胚胎干细胞系，并在分化第 20~60天之间的不同时间点对从内耳类器官中分离的SOX2阳性细胞进行scRNA-seq分析，发现前庭II型毛细胞主要来自支持细胞，而不是类器官中的双向分化的前感受细胞。
7：急性缺血性中风中周细胞的转录景观
The transcriptional landscape of pericytes in acute ischemic stroke
Translational Stroke Research; IF: 6.800; DOI: 10.1007/s12975-023-01169-x
内容概要：利用永久性大脑中动脉闭塞小鼠模型，结合scRNA-seq研究卒中后1、12和24 h周细胞转录组特征的时间差异，发现发现卒中后12、24小时存在一种与细胞因子信号和免疫反应相关的亚群，这可能是潜在治疗靶点。
8：工蜂觅食行为过程中蜕皮激素受体靶基因的鉴定
Identification of ecdysone receptor target genes in the worker honey bee brains during foraging behavior
Scientific Reports; IF: 4.996; DOI: 10.1038/s41598-023-37001-7
内容概要：利用染色质免疫沉淀测序分析看护蜂和觅食蜂大脑中的蜕皮激素受体（ecdysone receptor，EcR）信号表达情况，并通过scRNA-seq和功能实验验证，发现除在发育过程中发挥作用外，EcR转录抑制了成年工蜂大脑觅食行为中的代谢过程。
9：铜凋亡关键基因MTF1在泛癌中的生物学意义及其对ROS介导的肝癌细胞死亡的抑制作用
The biological significance of cuproptosis-key gene MTF1 in pan-cancer and its inhibitory effects on ROS-mediated cell death of liver hepatocellular carcinoma
Discover. Oncology; IF: 4.667; DOI: 10.1007/s12672-023-00738-8
内容概要：通过综合分析来评估金属调节转录因子1（metal regulatory transcription factor 1 ，MTF1）在泛癌中的特征，发现MTF1在铜诱导的细胞死亡中发挥重要作用，并且MTF1的缺失会导致肿瘤细胞的免疫逃逸和代谢异常，揭示了MTF1在各种人类癌症的发生和发展中发挥重要作用。
10：基于单细胞和bulk RNA测序的癌症相关成纤维细胞亚型的鉴定和验证以及前列腺癌生化复发的预后模型
Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing
Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: 3.600; DOI: 10.1007/s00432-023-05011-7
内容概要：结合bulk和单细胞转录组数据，确认了癌症相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblasts，CAFs）在前列腺癌中具有重要作用，同时，建立的与生化复发（biochemical recurrence，BCR）相关的CAFs特征准确预测了前列腺癌患者的预后和免疫治疗反应，为癌症治疗提供了新方法。
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