个人学习记录：LeafNet网页版试用，叶表数据自动分析

微信推送前几天看到了这个工具，刚好年前导师画饼有提到让我去整叶表皮数据，于是前来试用学习。

这个工具可以自动识别气孔和划分表皮细胞，只要照片里细胞边界清晰应该都能用，由武大周宇教授研究组和朱玉贤教授研究组合作，1月26日发表在 The Plant Cell上。（Shaopeng Li, Linmao Li, Weiliang Fan, Suping Ma, Cheng Zhang, Jang Chol Kim, Kun Wang, Eugenia Russinova, Yuxian Zhu, Yu Zhou, LeafNet: a tool for segmenting and quantifying stomata and pavement cells, The Plant Cell, 2022;, koac021, https://doi.org/10.1093/plcell/koac021）

工具所在页面是   https://leafnet.whu.edu.cn/

直接跳转，界面如下

这里先试试网页版，直接来吧（点击 Use it now！）

跳转到操作页面，先不急，点击上面的examples搞点素材

给了4个例子，3个白的1个黑的，下载。黑的文件名字也叫example3.png，那就不下3了……

直接拿黑的这个来试试

名字随便起，文件选择黑的那个（无法多个文件同时选择），填写邮箱用来接收结果。基础设置里面第一个是分辨率，单位px/μm，根据自己拍的照片调整，默认2.17，背景改为Dark。进阶设置，如果拍的图像清晰不需要降噪、表皮细胞形状和气孔形状能够识别，就直接默认选项就行了。

几分钟后就可以收到邮件，点击给的连接就可以下载结果了

给你的结果压缩包里面有三个东西

图用来检查分析是不是有问题，数据在txt文件里。

打开就可以看到，明显数据分析有问题，气孔没有很好的识别出来，这时候就需要去调进阶参数了(分辨率参数可能也有影响）。这里就不花时间调了，换第一张清楚地试试。

example1得到的结果里面可以看到两张图中气孔被蓝点标识，看来是识别出来了。

结果也没问题。

网页版还算方便，不过没办法上传多个文件，且只能识别限定的图片格式，压缩包无法上传，意味着你要是想批量处理的话只能去下载工具包。

下载后运行总是无响应，得换个电脑试试，等摸明白了看情况可以考虑录个视屏