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R|SSR分子标记位点数(N)统计

2023-05-03 09:35 作者:伏见锁骨上的印记_  | 我要投稿

目的:统计SSR分子标记位点数。(比较鸡肋,一般进行分子标记遗传多样性分析,位点数就会在其中统计。)适用于单倍体、二倍体或多倍体二倍化处理的样本(后续以二倍体数据为介绍)。

方法:跟去年写的差不多是同系列。读取数据→以“/”切割数据→切割后数据合并为一列→过滤、删除重复值、排序→计数

一、加载需要用到的R包

二、原始数据读取(二倍体数据演示)

处理数据格式:每一行为一个个体的单倍型,每一列为同一分子标记在不同个体中的等位变异。其中包含缺失数据"?/?"(不是?/?),或者使用空值""表示。

二倍体数据或多倍体二倍化后的数据
单倍体数据

三、切割数据、合并为一列、过滤、统计等

*运行后会出现红色提醒,但是查看了统计后结果是正确的,所以没管这个提醒

四、统计每个引物变异位点数据

df_a1的结果

五、整合结果

最后的输出结果:

输出的最后结果

PS:自夸时间。我这个创建一个list然后去收集每次输出结果的这个代码写的好好啊,我真厉害!(叉腰

【最复杂的代码,做最简单的事。】 

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