用好突变这把剑，高分文章随便选！自有队列+公共数据，仅靠预后分析，4张图发到6分+！

小伙伴们有没有发现大多数生信是在“转录组”里转圈圈，有些做多组学分析的才会加一点基因组或表观组数据···

那既然现在常规生信卷起来了，小云推荐大家跳出惯性思维，不一定非要在转录组数据里找思路呀，基因组方向（突变、拷贝数变异等等）或表观组方向（甲基化、泛素化、组蛋白修饰等等）也可以用起来嘛！没有常规方向内卷，发文空间还大，何乐不为呢？

这次小云要分享的方向是“突变”，突变方向是基因组相关分析中的一个大头，也是肿瘤临床中比较关注的一个点（常见于癌基因的突变）。所以这个方向的热度还是可以的，虽然不及细胞死亡等生信大热点，但发文竞争压力也比较小呀，并且更加贴近临床，也是一个可以深耕的方向哦（ps：小云之前也分享过小众生信分析方向，感兴趣的小伙伴可以点击文末链接或公众号主页搜索观看哦）。 

 还是用实例说话！分享一篇研究KRAS突变对预后影响的文章，利用自有队列靶向测序数据和公共数据集，只做了最简单的预后分析，就用4张图拿下了6分+的文章，这创新性是不是很绝？想走这条路的小伙伴，快码住这个思路换个癌种去复刻吧！

l 题目：KRAS G12C突变与手术切除的ⅰ期肺腺癌疾病复发的风险

l 杂志：Lung Cancer

l 影响因子：IF=6.081

l 发表时间：2023年5月

研究背景

KRAS基因是实体瘤中最常突变的癌基因之一，在大约33%的肺腺癌(LUAD)样本中发现了KRAS突变，在大约12-15%的LUAD样本中发现了KRAS-G12C突变。目前还不清楚它们是否与切除的I期LUAD患者更差的生存结果有关。由于KRAS-G12C抑制剂在KRAS-G12C突变的晚期非小细胞肺癌中显示的功效，确定KRAS-G12C突变是否影响符合手术切除的患者的疾病复发是至关重要的。

数据来源

研究思路

在一个切除的I期LUAD队列(IRE队列)中利用KM曲线和Cox回归分析评估了KRAS-G12C突变肿瘤与KRAS-non12C突变肿瘤和KRAS野生型肿瘤间的DFS预后差异。然后作者再利用公共数据集(TCGA-LUAD，MSK-LUAD)在外部队列中进一步检验该假设。

主要结果

1. IRE队列中I期LUAD的KRAS突变和生存结果分析

IRE队列中104例手术切除的I期LUAD的NGS靶向测序结果显示，在47%的样本中发现了KRAS突变，KRAS-G12C突变和KRAS-non 12C突变分别在24%和23%的样本中发现。在7%的样本中发现了EGFR突变，并且与KRAS突变相互排斥（表1）。在不同突变组中进行KM生存分析以评估预后差异，发现有KRAS突变和无突变的患者在DFS上没有显著差异（图1a），与KRAS野生型或具有KRAS-non 12C突变的肿瘤相比，病理I期KRAS-G12C突变肿瘤具有相似的DFS（图1b）。多变量Cox分析发现，KRAS-G12C突变与较差DFS独立相关，HR为2.47(95% CI 1.09–5.59)（图1c）。（ps：cox回归分析、KM曲线绘制也可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现，云生信分析工具平台包含超多零代码分析和绘图小工具，上传数据一键出图，感兴趣的小伙伴欢迎来尝试哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。

表1 患者基线特征

图1 IRE队列中I期LUAD的KRAS突变和生存结果

2. TCGA队列中I期LUAD的KRAS突变和预后分析

在TCGA LUAD队列中确定了192名符合条件的I期患者，在不同突变组中进行KM生存分析以评估预后差异，结果显示具有KRAS突变的I期肿瘤患者和没有KRAS突变的I期肿瘤患者之间的DFS没有显著差异（图2a），与KRAS野生型或具有KRAS-non 12C突变的肿瘤相比，病理I期KRAS-G12C突变肿瘤具有相似的DFS（图2b）。多变量分析显示，KRAS-G12C突变与较差的DFS无关(HR 1.81，95% CI 0.78–4.2)（图2c）。

图2 TCGA队列中I期LUAD的KRAS突变和预后分析

3. MSK-LUAD队列中I期LUAD的KRAS突变和预后分析

在MSK- LUAD队列中中确定了447名符合条件的I期患者，在不同突变组中进行KM生存分析以评估预后差异，结果显示具有KRAS突变的肿瘤患者和没有KRAS突变的肿瘤患者之间的RFS没有显著差异（图3a），与具有KRAS-non 12C突变的肿瘤相比，病理I期KRAS-G12C突变肿瘤具有更差的RFS（图3b）。多变量分析显示，KRAS-G12C突变与较差的RFS无关，而KRAS-non G12C突变与较好的RFS相关(HR 0.29，95% CI 0.10–0.87)（图3c）。

图3 MSK-LUAD队列中I期LUAD的KRAS突变和预后分析

4. 三个队列的汇总分析

作者最后对三个队列进行了汇总分析，KM曲线显示，与具有KRAS突变的I期肿瘤患者和没有KRAS突变的I期肿瘤患者相比，具有KRAS-G12C突变的肿瘤具有更差的DFS（图4a）。多变量分析显示，KRAS-G12C突变与较差的DFS相关（HR 1.61, 95% CI 1.01–2.56）（图4b）。

图4 三个队列的汇总分析

小结

这篇文章聚焦于KRAS突变，集合了自有大队列靶向测序数据和公共数据集进行了简单的生存预后分析，选题方向虽不是生信大热点，分析方法也非常简单，但达到的效果相当不错，仅用4张图就发到了6分+的文章！突变方向的选择和自有大队列数据的应用是主要提分点，想用这个方向发文的朋友们，趁着现在发文竞争比较小、空间大，尽快上车哦！