分子生物学与进化，第 37 卷，第 5 期，2020 年 5 月，第 1462–1469 页，https: //doi.org/10.1093/molbev/msz311

澳大利亚野狗和太平洋狗的祖先家园被认为在中国华南地区。然而，它们传播的地点和时间以及与狗驯化的关系尚不清楚。在这里，我们对来自黄河和长江流域 (YYRB)  7,000 至 2,000 年前的 27 只古代犬科动物（一只灰狼和 26 只家犬）的完整线粒体 DNA (mtDNA) 基因组进行了测序。这是来自中国早期文明摇篮的第一个完整的中国狗的古代mtDNA。我们发现大多数古代犬（18/26）属于单倍群 A1b 谱系，在当今的澳大利亚野狗和前殖民太平洋岛犬中发现的频率很高，但在当今中国的频率较低。特别是一个来自浙江省田螺山遗址的 7 000 年前的狗拥有整个单倍群 A1b 谱系的基础单倍型。我们猜测 A1b 血统的狗曾经广泛分布在黄河和长江流域 地区。随着它们散布到华南，然后进入东南亚、新几内亚和偏远的大洋洲，在过去的 2000 年里，它们在今天的中国，尤其是华北大部分被其他血统的狗所取代。

介绍

狗在人类历史中发挥了核心作用，既因为它们是第一个被驯化的动物，也因为它们伴随着人类散布在世界各地（Clutton-Brock 1995）。科学家们提出了几个狗的起源地，包括欧洲 ( Thalmann et al. 2013 )、中东 ( Vonholdt et al., 2010 ) 和东亚南部 ( Wang et al. 2016 )。古代线粒体 DNA (mtDNA) 表明，狗可能在欧亚大陆西部被独立驯化，但在 14,000 至 6,400 年前被东方血统取代（Frantz 等人，2016 年）。然而，古代核基因组没有显示出大规模种群替代的证据（Botigue et al. 2017）。“江南亚洲”（ASY）模型描述了早在 14,000 年前的长江以南的驯化中心（Pang et al. 2009）。然而，中国南方驯养犬的考古学和形态学证据只能追溯到 7000 年前（Liu and Chen 2012），主要是因为该地区炎热潮湿，古代遗存难以保存。

古代有丝分裂基因组为理解狗的进化提供了一种强有力的方式（Thalmann et al. 2013）。到目前为止，古代 DNA (aDNA) 研究已经对 mtDNA 的部分区域进行了测序（Peng et al. 2015），但它们无法提供在更精细的地理和时间尺度上解决与考古研究问题相适应的问题所需的分化水平（Paijmans等人，2013 年）。从中国采集完整的线粒体基因组将为这一领域提供更强有力的证据，而此前对狗的 aDNA 研究几乎没有对这一领域进行采样。

结果和讨论

在这项研究中，我们使用了 aDNA 捕获技术 ( Fu et al. 2013 )，并成功获得了 27 个高质量的完整有丝分裂基因组，这些样本来自 7,000 至 2,000 年前被鉴定为狗或狼的标本。它们来自黄河流域和长江流域的一个重要时期（YYRB，图 1A和补充表 S1，在线补充材料）。对于本研究中使用的完整 mtDNA 序列，我们获得了 9.0 到 288.6 倍（平均 104.5 倍）的覆盖率（补充表 S1，在线补充材料）。来自中国浙江省天螺山考古遗址的 7000 年前的古代样本是长江以南发现的最古老的狗样本。我们修改了 DNA 提取方案 ( Dabney et al. 2013 ) 以从样本中提取 aDNA，然后将其用于制作双链文库。在 aDNA 捕获 ( Fu et al. 2013 ) 和鸟枪文库修复后，我们在 Illumina Miseq 的一个泳道上对文库进行了测序。原始序列读数使用管道将读数映射到狗线粒体参考 (NC_002008) ( Kim et al. 1998 )）。为了比较，我们从国家生物技术信息中心 (NCBI) 收集了 1,029 个完整或几乎完整的线粒体序列。该数据集包括 4 只郊狼、61 只狼或类似狼的物种、964 只狗或类似狗的物种、来自先前发布的全基因组数据集（10 只野狗、2 只新几内亚歌唱犬 [NGSD] 和 3来自印度尼西亚的狗）（Zhang et al. 2018），以及来自西伯利亚和北美的 72 只古代狗（Leathlobhair et al. 2018）（补充表 S2 ,在线补充材料）。

( A ) 不同考古遗址的位置。红点描绘了我们从中检索到古代序列的所有位点，其中具有 mtDNA 结果的样本数量列在位置之后。插图显示了样本在中国的位置。( B ) 中国、东南亚和太平洋岛屿的地图显示了属于单倍群 A 的标本和相关亚单倍群的位置。前殖民时期的太平洋岛屿样本来自新西兰、新几内亚和偏远的大洋洲等。颜色代表亚单倍群，橙色是A1a；红色是 A1b；绿色是 A2a/A2b；蓝色是A3；棕色是A5；紫色是A6。( C) 狗线粒体基因组的单倍群 A1b 的中值连接网络。单倍型由大小与个体数量成比例的圆圈表示。该网络由 117 个狗样本构成。黑点代表迄今为止尚未采样的假设序列。浙江田螺山古犬（TLS_6957）位于中心，表明它具有基础A1b单倍群。( D ) 简化树基于本研究中的所有古代样本。A1b 子树从补充图S3，在线补充材料。本研究的古样以斜体、粗体和红色标注，其他古样以粗体标注，每个古样后的数字为现在的平均日期。可以看到整棵树补充图S3，在线补充材料和缩写补充表 S1，在线补充材料。( E ) 贝叶斯天际线图，显示了两次扩张，一次大约在 7,500 年前，另一次在大约 1,500 年前。该分析使用相同的数据集补充图S3，在线补充材料。

YYRB的种群历史

单倍群 A 占全球家犬母系单倍群的 75%（补充图 S1 ,在线补充材料和补充表 S2 ,在线补充材料）。在单倍群 A 中，亚洲的母系亚单倍群多样性最高（图 1B）。我们古代犬类中单倍群 A 的比例（96%）与东南亚（泰国）犬类（100%）、澳大利亚野狗（100%）和前殖民太平洋岛犬（100%）相似；补充表 S2 ,在线补充材料和补充图 S1 ,在线补充材料）。我们 7,000 到 2,000 年前的狗中的大多数属于亚单倍群 A1b（69.2%，补充表 S1，在线补充材料）。A1b 的最高频率出现在当今的澳大利亚野狗（100% 属于单倍群 A1b4）和前殖民太平洋岛犬（95%，42 只中的 40 只属于单倍群 A1b2）。此外，我们的古代浙江样本是来自亚洲和大洋洲的 117 只狗的整个 A1b 单倍群网络的星状扩张中的中心单倍型和基础（图 1C和补充图 S2 ,在线补充材料）。因此，古代浙江样本可能代表了与 A1b 单倍群祖先有关的群体。我们发现遗传模式与使用 AMOVA 的地理显着相关。在所有调查组合中，人群之间的最高方差（ F ct  = 52.54%， P值 < 0.001）由以下组解释：古代中国 (A_China)、现代大陆亚洲 (MMA)、印度尼西亚 (IN)、新几内亚(NG)、偏远大洋洲 (RO)、西北澳洲野犬 (DG_NW) 和东南澳洲野犬 (DG_SE) (补充表 S3，在线补充材料）。结果还显示了古代中国犬和前殖民时代太平洋岛犬之间的密切关系（详见支持信息结果和讨论，在线补充材料）。

在 7,000 到 2,000 年前，YYRB 犬显示出至少四个 A 亚单倍群（A1b、A5、A6 和一个未分配的 A，图 1D和补充图 S3 ,在线补充材料）。只有一个来自青海金蟾口（约 4,000 BP）的个体属于单倍群 C，主要存在于欧洲犬类中，这表明与它们有联系（图 1D和补充图 S1 ,在线补充材料）（ Frantz et al. 2016 ; Ollivier et al. 2018）。我们来自中国的古代狗都不属于 A1a 单倍群，它占当今世界驯养狗中发现的 A 单倍群谱系的 62%。然而，现在长江以北发现的狗大多属于A1a单倍群，很少属于A1b单倍群。为了解释这种模式，我们提出了过去 2000 年中 A1b 单倍群被其他单倍群“替代”的假设。

在估计贝叶斯系统发育树后，我们发现 A1b 的主要亚单倍群可能出现在大约 9,500（95% HPD，10,852–8,173 年前）至 8,500（95% HPD，9,725–7,463 年前）年前（图 1D和补充图 S3 ,在线补充材料）。从贝叶斯天际线图中，我们观察到大约 7500 年前狗的种群规模迅速扩大（图 1E），这与 A1b 单倍群主要分支的出现是一致的。从 7,000 到 2,000 年前，YYRB 中的大部分狗属于 A1b 单倍群（69.2%，补充表 S1，在线补充材料）。此外，在俄罗斯楚科奇西部发现的两个古代样本（~1,750 BP）（ Leathlobhair et al. 2018）位于 A1b4 单倍群的底部（图 1D）。它们与中值连接网络分析中的田螺山样本有直接联系（图 1C），这表明它们代表了 1750 年前到达极地的狗的一个世系。阿明等人。(2019)发现在从阿拉斯加到格陵兰的地区也发现了 A1b 单倍群，这表明这种狗血统可能在五个世纪前分散得更远并到达格陵兰。在过去的 2000 年中，可能发生了一次重大的替代，几乎取代了 YYRB 的本地狗，特别是在北部地区。例如，现在北方地区的陕西犬中只有一个个体属于 A1b 单倍群（n  = 11）。YYRB中没有2000年后的古mtDNA，更换时间不确定。

A1b 单倍群主要分支的出现与大约 10,000-8,000 年前中国粮食生产的转变以及农业群落在该地区的迅速传播相吻合（Lu et al. 2009 ; Yang et al. 2012）。大约 7,500 年前狗的数量增加（图 1E）可能是由于食物供应的增长。随着食物供应的改善，不仅人口规模增加（Zheng et al. 2011），而且与人类一起生活的动物的人口规模也在增加。小米（C 4植物）驯化起源于中国北方（Lu et al. 2009 ; Yang et al. 2012），小米是唯一的C 4植物在陕西、甘肃、青海等地广为栽培。在 5000 年前，它是这些地区古人类的主要食物来源。我们来自陕西、甘肃和青海的样品具有较强的 C 4信号（补充表 S1，在线补充材料），表明这些狗以小米副产品、人类剩菜和/或垃圾为食。浙江样本的食物来源主要是C 3类食物，更符合实行水稻农业社会的情况。

澳大利亚野狗和太平洋犬的扩张

许多研究得出结论，澳大利亚野狗、新几内亚歌唱犬（NGSD） 和古代波利尼西亚犬是东亚犬的后裔（Savolainen 等人 2004；Oskarsson 等人 2012；Freedman 等人 2014；Greig 等人 2015；Greig, Boocock, Allen,等人 2018 年；Greig、Gosling、Collins 等人 2018 年）。Piper (2017)声称，“至少有两种犬类显然被引入东南亚岛屿地区 (ISEA)，即野狗和乡村犬，它们的起源和穿越该地区的易位路线仍然未知”（Piper 2017，p. 264)。假设从本研究中包括的狗的完整 mtDNA 估计的替代率（8.1941 × 10-8替换每个站点每年，补充表 S4，在线补充材料和支持信息结果和讨论，在线补充材料），A1b 单倍群的最近共同祖先（TMRCA）估计可以追溯到 10,000 年前（图 1D和补充图 S3 ,在线补充材料）。属于 A1b 的所有亚单倍群的 TMRCA 可追溯到大约 8,000-6,500 年前（图 1D和补充图 S3 ,在线补充材料）。亚单倍群 A1b2 包括大约 7,200 年前与古代 YYRB 狗分离的太平洋狗，以及大约 6,000 年前的东南亚 (SEA) 狗。YYRB 中的古犬与约 5,500 岁的种群与东南亚狗的祖先有关，约 3,300 岁的种群与来自库克岛和其他太平洋岛屿的狗的祖先有关，以及约2,700 岁的人口与新西兰和夏威夷的狗的祖先有关（在图1D和2中用橙色标记）。每个分支的发散时间早于考古记录（从 ∼4,000 BP 开始在 东南亚地区 中出现驯养狗）（ Larson et al. 2012 ; Jones et al. 2019）。太平洋岛屿上最早有狗证据的考古遗址之一可以追溯到 3000 年前（Gonzalez 等人，2013 年），这与我们的结果一致。

澳大利亚野狗、新几内亚歌唱犬 (NGSD) 和前殖民时期太平洋犬的可能原产地（红色区域）。用不同颜色标记的区域表示对几只狗进行采样的位置。橙色箭头表示将狗（亚单倍群 A1b2）引入太平洋岛屿的建议路线。方框中是单倍群 A1b 的简化系统发育树（基于图 1D），其中红色分支包括来自长江和黄河流域 (AYYRB) 的古代样本，节点处的红色星表示后验 >0.90。其他缩写包括：TLS_6957，天螺山；SC，华南地区；东南亚，东南亚；CK，库克群岛；W_楚科奇，西楚科奇；Dingo_SE，东南部的野狗群；Dingo_NW，西北部的野狗群。

亚单倍群 A1b2 具有广泛的地理分布，对应于具有南岛相关血统的人群。人类扩散的时间似乎在 6000 年前就开始在台湾或附近的大陆（Blust 1995 ; White 2000 ; Gray 等人 2009 ; Ko 等人 2014），人类的存在可以在偏远的波利尼西亚发现Lapita 文化综合体（出现于 3,300 年前）（Summerhayes 等人 2010；Skoglund 等人 2016；Lipson 等人 2018；Posth 等人 2018）。这表明原始南岛人可能起源于中国大陆，他们可能同时产生了今天的南岛语使用者和拉皮塔人。这些原始南岛人随后迁移到台湾、菲律宾、美拉尼西亚西部，最终迁移到遥远的大洋洲。这与最近在太平洋散布的亚单倍群 A1b2 狗的散布路线一致（图1D和2，补充图 S3 ,在线补充材料）。先前的研究还表明，狗在太平洋上的传播与狗与人之间的关系密不可分（ Savolainen 等人 2004； Oskarsson 等人 2012； Freedman 等人 2014； Greig 等人 2015； Greig, Boocock , Allen, et al. 2018 ; Greig, Gosling, Collins, et al. 2018 )。

综合所有证据，我们认为前殖民时期的太平洋犬可能起源于 YYRB，通过东南亚大陆散布，然后与拉皮塔文化综合体相关的人通过印度尼西亚到达太平洋岛屿。大多数澳大利亚野狗（亚单倍群 A1b4）的 TMRCA 可追溯到 6,844 年前（95% HPD，8,048-5,609 年前）。我们发现了一个强大的贝叶斯后验值（图 1D），支持将澳大利亚野狗分为两组，这也在网络（图 1C）和 AMOVA 分析中发现（图 1C）。补充表 S3，在线补充材料）。一个是东南组，与三只NGSD和一只湖南狗聚集在一起，而另一个是西北组，与一只来自台湾的古代狗聚集在一起。由于我们缺乏与澳大利亚野狗聚集的古代样本，两个野狗群的传播途径仍然不确定。澳大利亚野狗最古老的直接日期是距大陆南端约 3,250 BP，建议殖民时间为约 500-1,500 年以分散到整个大陆（ Balme 等人，2018 年）。这表明，在拉皮塔人迁移到偏远大洋洲之前，澳大利亚野狗从东南亚岛屿区域迁移到了澳大利亚。

结论

中国拥有世界上最早的农业中心之一，小米（C 4植物）的驯化起源于 8000 年前的中国北方（Barton et al. 2009 ; Bettinger et al. 2010）。我们发现大约 7,500 年前狗的种群数量扩张（图 1E）与中国粮食生产的这种转变和人口扩张相吻合（Zheng et al. 2011）。这可能表明A1b单倍群狗随着农业群落的扩散迅速分散在整个YYRB，并且随着农业人口的扩大而进一步扩大。A1b 单倍群存在于 YYRB 的古代犬类中，但在过去的 2000 年内，它们似乎已在很大程度上被 A1a 单倍群犬类所取代。

在中国发生种群更替之前，至少有一些携带 A1b 单倍群的狗成功地传播到了澳大利亚和太平洋岛屿。我们的分析表明，澳大利亚野狗和前殖民时期的太平洋狗的祖先可以追溯到大约 10,000 年前的 YYRB，这表明澳大利亚野狗可能在拉皮塔种群之前就已经越过 东南亚岛屿（ISEA ）迁移到澳大利亚（Ko et al. 2014 ; Skoglund et al. 2016；Lipson 等人，2018 年；Posth 等人，2018 年）。然而，前殖民时期的太平洋犬类从 黄河和长江流域（YYRB） 通过东南亚大陆和印度尼西亚分散到太平洋岛屿，可能与祖先或与南岛语使用者密切相关的人一起（Ko et al. 2014；斯科格伦德等人。2016 年；利普森等人。2018 年；波思等人。2018 年）。未来，更多来自东亚及邻近地区，特别是东亚南部地区的古代样本和核基因组数据，将有助于阐明狗的种群历史和起源。

材料和方法

DNA 分析的样本收集

从新石器时代中期到铁器时代（约 7,000-2,000 BP）共获得 28 个古代样品，从青海（金禅口（金禅口遗址位于青海互助土族自治县加定镇加塘村，属于齐家文化中晚期），n  = 3；羊曲（羊曲古城位于海南藏族自治州兴海县河卡乡羊曲村东的黄河岸边），n  = 1）、甘肃（山那树扎（山那树扎遗址位于岷县县城北10公里茶埠镇洮河西岸的一级台地上），n  = 4）、陕西（泉护村（泉护村遗址，位于陕西省华县柳枝镇泉护村、安堡村，为新石器时代（约公元前4000年－前2000年）遗址。），n  = 8；杨官寨（杨官寨遗址位于西安市高陵区姬家街道杨官寨村四组东侧泾河左岸的一级阶地上，杨官寨遗址属仰韶文化范围）， n  = 3；新街，n  = 8）和浙江（田螺山（田螺山遗址位于浙江省宁波市余姚三七市镇相岙村的田螺山周围，是浙江省新近发现和发掘的又一处重要的河姆渡文化遗址，约为5500--7000年前。），n  = 1）

放射性碳测年和稳定同位素生物化学

在美国迈阿密的 BetA 实验室选择了代表所有时间段的 13 个样本进行加速器质谱 (AMS) 放射性碳测年（补充表 S1，在线补充材料）。我们确保至少选择来自同一考古遗址的最古老和最年轻的样本进行测年。我们还测试了 δN 和 δC 同位素值，以评估采样狗消耗的食物来源类型（补充表 S1，在线补充材料）。

DNA 提取和扩增

使用 Dremel 工具和一次性钻头从每个样本中获取骨粉。所有样本均在中国北京中国科学院脊椎动物古生物学与古人类学研究所 (IVPP) 的专门 aDNA 实验室进行处理。我们使用了从Dabney 等人修改的 DNA 提取方案。（2013 年）。所有样品均制备为双链文库。

mtDNA的捕获和测序

mtDNA 通过将文库与 Agilent Technologies (California, USA) 合成的寡核苷酸探针杂交来捕获，如在Fu等人的补充信息3.2（2013 年）。在中国北京 IVPP 的 Illumina Miseq 上的一条通道上对修复后的猎枪文库进行测序。

aDNA的真实性标准

在 DNA 提取（每 10 个样本）和所有 PCR 反应中使用阴性对照。使用的所有试剂均为分子生物学级，工作区域和设备均使用漂白剂和/或紫外线照射进行了净化。分析中仅包括重复提取和扩增一致的样品。原始序列读数使用管道将读数映射到狗线粒体参考 (NC_002008) ( Kim et al. 1998 )）。我们获得了 28 个完整 mtDNA 序列的平均 104.5 倍（范围：9.0-288.6）覆盖率。损伤模式是 aDNA 的一个突出特征，除了用半 UDG（尿嘧啶-DNA-糖基化酶）处理的文库外，所有样品在片段的 5' 端都显示出高 C>T 频率。我们使用了一种基于可能性的方法，该方法以前曾用于估计古代 mtDNA 中的当今污染（Fu et al. 2013）。基于可能性的方法通过将测序的 mtDNA 与在 644 只现代狗中发现的 mtDNA 进行比较，同时估计污染和错误，这些狗的 mtDNA 单倍型被视为污染种群。除 L3665 的估计污染率（平均 7.3%）外，所有样品的估计污染率均 <5%。为了排除图书馆 L3665 中现代污染的可能性，我们仅使用脱氨基片段进行进一步分析，仍然获得了 66.84 倍的覆盖率（补充表 S1，在线补充材料）。一个序列包含 77.98% 的未知位点，因此我们丢弃该序列进行后续分析（补充表 S1，在线补充材料）。本研究中的完整 mtDNA 序列已保存在 GenBank 中（登录号： MN699608 – MN699634）。

与现代犬类和种群水平分析的比较

我们从 NCBI ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ )下载了 1,029 个完整或几乎完整的线粒体序列，包括 4 只土狼、61 只狼或类狼物种、964 只狗或类狗物种，以及 15来自整个基因组数据集的完整线粒体基因组，该数据集由来自印度尼西亚的 10 只野狗、2 只 NGSD 和 3 只澳洲野狗组成（Zhang et al. 2018）。我们还检索了 72 只古代狗的 mtDNA 数据（Leathlobhair 等人，2018 年）。大多数品种的狗的原产国是在补充表 S2 ,在线补充材料。欧洲狗在太平洋的到来导致欧洲狗和太平洋狗之间的广泛杂交。结果，太平洋狗不再是当今狗群中的一个独特品种。因此，我们没有使用当今的太平洋狗数据，而仅使用从太平洋考古遗址采样的太平洋狗的 mtDNA。

使用 MUSCLE (v3.8.31) ( Edgar 2004 )将所有序列与狗 mtDNA 参考 (NC_002008) ( Kim et al. 1998 ) 进行比对。Haplogroups 是使用 mitotoolpy-seq.py 调用的，mitotoolpy-seq.py 是 Dometree ( http://www.dometree.org/trees/dog.htm ) 提供的一个 python 脚本 ( Peng et al. 2015 )。在Peng 等人中都发现了几个进化枝。(2015)和Ameen 等人。(2019)，尽管使用了不同的命名法。我们遵循了Ameen 等人。(2019)命名法，我们将 A1 ( Peng et al. 2015 ) 更改为 A1a ( Ameen et al. 2019 )，A2 ( Peng et al. 2015 ) 更改为 A1b ( Ameen et al. 2019 )) 和 A4 ( Peng et al. 2015 ) 到 A2a/A2b ( Ameen et al. 2019 )。否则，我们使用类似于Peng 等人的命名法。（2015 年）。我们还将 A1b 单倍群分为 A1b1、A1b2、A1b3 和 A1b4，以更好地对应地理分组（图 1C 和 D）。我们通过在 PopART (v1.7.1) ( Leigh and Bryant 2015 ) 中构建中值连接网络来研究所选狗的遗传种群结构，并在 Arlequin 3.5 中进行分子方差分析 (AMOVA) 以计算和之间的遗传变异在每组中，使用基于 10, 000 个排列的显着性检验（Excoffier 和 Lischer 2010）（补充表 S3，在线补充材料）。

我们在本研究中使用校准的放射性碳日期和来自Thalmann 等人的数据集。(2013)（不包括三个低质量序列）以及 mtDNA 数据来推断狗的新替代率。我们将 BEAST 1.8.4 ( Drummond et al. 2012 ) 用于不同的分区：几乎完整（16,039 bp，大量下载的序列缺少重复和难以对齐的区域），蛋白质编码区域（11,409 bp )、控制区 (581 bp)、tRNA (1,520 bp) 和 rRNA (2,534 bp) (补充表 S4，在线补充材料）。使用 jModelTest 2 ( Darriba et al. 2012 )中的贝叶斯信息准则 (BIC) 选择最佳替代模型。贝叶斯系统发育树由 BEAST 1.8.4 ( Drummond et al. 2012 ) 使用带有分段线性树模型的贝叶斯天际线生成 5000 万次迭代，每 5000 次迭代采样一次（图 1D和补充图 S3 ,在线补充材料）。Tracer (v1.6.0) 中的所有有效样本量均超过 300（ Rambaut 等人，2014 年）。系统发育树在 FigTree (v1.4.0) 中可视化，其中 20% 的树被丢弃为老化（图 1D和补充图 S3 ,在线补充材料）。

补充材料

补充数据可在分子生物学和进化在线获得。

本文中的数据提供为在线补充材料。线粒体序列可在 GenBank 上以登录号MN699608 – MN699634 获得。

致谢

我们感谢 Greger Larson、Laurent Frantz 和 Minsheng Peng 的评论。本工作得到国家重点研发计划（2016YFE0203700）、中科院战略性先导计划（B）（XDB26000000）、国家自然科学基金（41925009、91731303、41672021、41630102）、中国科学院（ XDB13000000、QYZDBSSW-DQC003、XDA19050102）、腾讯基金会通过 XPLORER PRIZE 和霍华德休斯医学研究所（授权号 55008731）。G.-DW得到国家青年英才支持计划和云南省创新研究团队计划的支持。GD得到第二次青藏高原科学考察研究计划（STEP）（批准号2019QZKK0601）的支持。HY得到中国国家社会科学基金（19BKG038）的支持。