BAMM 分析系统发生物种多样化率 入门学习

BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一种根据系统发生树对物种形成、灭绝和性状进化的复杂动力学建模的程序。

官网：http://bamm-project.org/

BAMM下载页面：http://bamm-project.org/download.html

下载需要魔法

win版本下载后只包含了.exe和.dll，需要放置在同一目录下使用。为了学习需要示例数据，下载源文件或仅下载文件列表里的example。https://github.com/macroevolution/bamm（这个不需要魔法也可以访问，推荐使用bing浏览器）

首先将以下文件放在同一目录下：

        1.分子钟估算后带时间标记的系统发生树

        2.control文件（参数设置）

        3.BAMM程序

前期用R的ape包检查树是否符合分析条件

树的枝长以百万年为单位

然后是control文件，类似于一个脚本，里面是对参数的设置，在example文件夹里有diversification和 trait，在diversification里找divcontrol.txt文件，打开可以看到里面的参数设定，每行都有注释解说。默认的设定对大多是百万年级别的树有用，根据情况需要调整来获取理想结果。先复制一份到BAMM所在目录下，这里也放出来看看，主要需要修改的是前面几个。

其中，先验概率模块可以用R的BAMMtools包自动生成

运行后会生成一个叫做 myPriors.txt 的文本问件在工作目录下【输入getwd（）查询R目前的工作路径】

需要注意的是，这个生成的数据是一套对多个数据有效的设定根据树的时间枝长尺度进行缩放的结果，并不一定适用于所有数据。作者对于先验概率对数据的影响有较大篇幅的解说，看了一遍啥都没看懂，数学能力强的可以进一步了解。

将myPriors.txt 里的内容复制，替换control文件里的 # PRIORS 部分，检查一下后最好重命名一下control文件，如命名为 ‘ testcontrol ’。

这里用BioGeobears包里的Psychotria_5.2.newick树文件从头试一遍。

树文件放在BAMM所在目录下，将工作目录转过来比较方便。

打开Rstudio，输入

得到myPriors.txt 内容如下，复制替换control文件，开头的树文件名称更改，保存关闭后重命名为 testcontrol.txt

（2023.3.3补：我看到有的文章先验设置了多个，1、2、3、4、5、10，都跑了一遍，结果一致。在不太好解释的情况下这样设置可能是比较好的选择，就怕不同的先验算出不同后验结果）

打开win系统的命令提示符

再回到Rstudio里实行可视化

画出来的图如下