使用GAPIT进行GWAS

GAPIT的主页：https://zzlab.net/GAPIT/index.html

主页有官方详细的使用手册。

一、安装前置包与GAPIT

首次使用需要运行安装前置包的部分，之后每次使用只需要运行调用GAPIT的部分即可。

二、使用

方便起见可以将文件都存放在同一文件目录下。

运行过程中会输出正在进行的步骤，需要长时间加载的步骤应该是正在进行时语句。如果卡在其他语句（如kinship created）说明输入文件或参数设置有误，等待是没用的，重启吧。

基因型文件为hmp格式，表型文件为txt格式，读入数据结构如下。