“干湿结合”已成生信发文大趋势，验证实验该如何设计？超级干货整理，快快收藏！

2023-06-06 19:00 作者:尔云间 0人读过 | 我要投稿

p 小云：主编大大，我看了这么多生信文献，发现做干湿结合的文章越来越来了，之前只是高分文章会加实验，现在很多3-5分文章都在加实验了！

p 主编大大：确实是这样的，现在生信发文已经形成了“干湿结合”的趋势，有些杂志都已经明确表示不接受纯生信文章，要求添加验证实验，这就是内卷啊~ ~

p 小云：既然“干湿结合”已经成为了生信发文大趋势，刚好也有粉丝朋友私信咨询“干湿结合类文章中验证实验该怎么设计？”，主编大大是不是得给粉丝朋友们分享一下呢？

p 主编大大：有粉丝咨询，我肯定得来分享一下呀！

p 小云：有干货出现，我就洗耳恭听啦~ ~

p 主编大大：首先要确定自己的文章需不需要做成干湿结合类的，如果能用纯生信直接达到发文要求，那何必再去加实验呢？在能满足发文需求的前提下，我们肯定要做性价比最高的思路设计嘛！

p 小云：也是哦，咱们也推荐过很多高分纯生信思路，那什么时候做纯生信？什么时候又需要做成干湿结合呢？

p 主编大大：那就要看文章选题方向、分析思路的创新性如何了？如果创新性很高，那完全可以利用纯生信发高分；如果创新性一般，还是建议加一些验证实验的。如果投稿时间不紧急的，也可以考虑先用纯生信试投，审稿人要求补实验了，再去按审稿意见补充验证实验，只是这样投稿时间会拉长，粉丝小伙伴们可以根据自己的文章创新性和发文需求来综合评估选择。

p 小云：明白了，选题创新性一般就做干湿结合，具体该怎么设计呢？

p 主编大大：验证实验主要分为3大版块：表达验证、功能验证、机制探索。

p 小云：最简单的应该就是表达验证了吧，我看文献里做表达验证的是最多的。那表达验证都需要做哪些实验呢？

p 主编大大：表达验证是最基础的验证实验，其中最简单也是最常用就是qPCR验证基因的mRNA表达水平。可以在临床样本或细胞样本上进行验证，如果能收集到临床样本的话，优先推荐使用临床样本验证，收集不到再考虑用细胞样本或动物模型（一般用于非肿瘤疾病）。

p 小云：除了mRNA表达水平验证，应该还有蛋白水平验证吧？

p 主编大大：是的，蛋白水平验证多用临床病理切片IHC染色检测某个蛋白的表达（有少数会做免疫荧光染色IF，与IHC类似），临床病理切片可以自己收集，也可以购买组织芯片，有些非肿瘤疾病会用动物模型组织切片。此外，还可以用WB检测组织或细胞中的蛋白表达。

p 小云：表达验证完，再进一步就得做功能验证了吧？

p 主编大大：对，看来我们小记者读的文献不少呀，也能总结出来一套设计方案了。下一步就是细胞功能验证了，干扰或过表达目标基因，检测细胞功能变化。

p 小云：嘿嘿，看的文献多了就知道一些···那细胞实验都需要做哪些呢？用什么实验方法？

p 主编大大：肿瘤中细胞功能实验一般会做细胞活力（增殖）、细胞凋亡、细胞迁移和侵袭等。除了以上常规实验，有些文章会针对特定方向设计验证实验，比如干细胞方向会设计球体形成、干细胞标志物检测等。非肿瘤疾病的细胞实验需要建立细胞模型，再根据不同疾病特征设计功能实验。我就分享一些肿瘤常规实验的方法吧！细胞活力一般用CCK8或MTT实验，CCK8使用频率更高。细胞增殖可以用细胞活力实验，也可以做EdU、克隆形成实验。细胞凋亡实验一般用 Annexin V-FITC/PI染色后流式细胞仪检测凋亡细胞比例。细胞迁移一般用细胞划痕或transwell实验检测，细胞侵袭一般用transwell实验检测。

p小云：这么多干货，已经拿小本本记下来啦！上面说的都是细胞实验，还需要用动物模型来检测基因功能吗？

p 主编大大：动物模型实验不是必须做的实验，有些文章做的深入一些就会在动物模型中再验证一下，多见于非肿瘤疾病。也是需要在动物模型中干扰或过表达目标基因，然后检测动物中的功能指标变化。动物模型中的检测方法多用组织染色，比如增殖用Ki67染色，凋亡用Tunel染色，转移表型用EMT标记物检测等等。

p 小云：我看大多数文献中做到功能实验就结束了，还需要继续延伸做机制探索吗？

p 主编大大：机制实验属于拔高阶段，更多出现于高分文章中，一般3-5分文章做机制的还比较少见。并且，生信+验证这类干湿结合思路，并不是以验证实验为主体，所以一般也不会做的很深入，即使涉及到一些机制也更多是简单的通路验证。比如前面生信筛选来一些感兴趣的富集通路，那么就可以用实验验证通路中关键蛋白的表达；也可以在功能实验中，目标基因干扰或过表达后，检测通路中关键蛋白的表达变化以评估目标对通路的调控作用。以上基本上就是常见的验证实验啦，有问题还可以继续沟通讨论哦！