日本战国家族史：细川家
东军主将细川胜元
在室町幕府时代，幕府的长官是足利家家督出任的“征夷大将军”，而幕府内部的次官，则是由足利氏一族出任的“管领”。
最早在室町幕府的初代将军足利尊氏出任征夷大将军期间，足利家的家宰高氏一族的高师直便出任幕府的“执事”，协助将军处理政务。后来，“执事”被改称为“管领”，并且这一职位被足利氏庶流细川京兆家、畠山金吾家、斯波武卫家三家大名垄断，这三家也被称为“三管领”。当日本进入战国时代时，幕府的管领正是由“三管领”之一的细川胜元出任。
细川胜元出生于永享二年（1430年），其父细川持之为细川京兆家家督，身兼摄津国、丹波国、赞岐国、土佐国四国守护，母亲则是侍所所司、出云国、隐岐国、飞騨国三国守护京极高光之女。从出身来看的话，说细川胜元是含着金钥匙出生的也不为过。
细川胜元的小名为“聪明丸”，这是细川京兆家嫡流代代相传的小名。嘉吉元年（1441年）时，室町幕府的六代将军足利义教在宴会上被家臣赤松满祐、赤松教康父子刺杀，细川胜元的父亲细川持之因为陪同将军赴宴，因而也负了伤。将军死后，细川持之主导幕政，拥戴足利义教之子千也茶丸为主，将赤松家讨伐。可惜的是，细川持之在次年就因为伤重引发并发症去世，年仅四十三岁。
细川胜元在十一岁时元服，从将军足利义胜（千也茶丸）处获赐偏讳，取名细川胜元。父亲去世时细川胜元年仅十三岁，好在细川氏一族在当时的日本声势显赫，除了细川氏的一门总领细川京兆家外，还有庶流阿波守护家、淡路守护家、和泉上守护家、和泉下守护家、备中守护家等等庶流拱卫，是当时日本最强势的家族。除此以外，细川胜元的叔叔细川持贤没有像其他守护家族那样，欺侮侄子年少谋求家督之位，而是作为细川胜元的后见人支持着他。此后，细川持贤一族便开创了“细川典厩家”的家业，成为细川京兆家的世代宿老。
文安二年（1445年）十六岁的细川胜元出任幕府管领，两年之后，细川胜元迎娶了山名宗全的养女，与山名家缔结了姻亲关系。山名家同细川胜元母亲出身的京极家一样，也是具有出任侍所所司资格的家族，尤其是在讨伐赤松家以后，山名氏一族更是占据了赤松家旧领，成为实力仅次于细川氏的家族。两家的结盟，让细川胜元成为日本仅次于幕府将军的最年轻又最有权势的武士。
出任幕府管领的细川胜元一点都不好惹，为了打压另外一个“三管领”畠山金吾家家督畠山持国的势力，细川胜元本“着两个凡是”的精神——凡是畠山持国支持的细川家就反对，凡是畠山持国反对的细川家就支持，在各地掀起了战乱。例如畠山持国支持大和国的越智家荣，细川胜元就转而支持越智家荣的对手成身院光宣；畠山持国早年曾立弟弟畠山持富为继承人，儿子出生后又转而立儿子畠山义就为继承人，细川胜元便转而支持畠山持富及其后裔。
畠山持国死后，畠山持国之子畠山义就与畠山持富之子畠山弥三郎、畠山政长展开了争夺家督的内战，细川胜元自然乐得见到畠山家内斗，在背后推波助澜，将畠山义就流放。除了畠山家内斗外，“三管领”中家格最高的斯波武卫家也因为家督绝嗣而出现分裂，武卫家庶流大野斯波家出身的斯波义敏入继宗家，但是因为与家臣不和、得罪将军被流放，改由足利氏另外一支庶流涉川氏出身的斯波义廉出任家督。不过这样一来，大野斯波家以及陆奥国的大崎氏、出羽国的最上氏（都是斯波氏出身）就不干了，凭什么让外姓的人骑在自己的头上？“三管领”家中武卫家、金吾家的分裂，使得细川京兆家事实上独占了管领的权势。
不过，这期间细川胜元与岳父山名宗全的关系却出现了裂痕，缘由是赤松家的庶流想要复兴家族，也就是夺回细川胜元岳父山名宗全麾下的赤松家旧领，而细川氏庶流阿波守护家的家督细川成之则站在了赤松家的一边，引起了山名宗全的不满。
这其实并不能怪细川胜元，由于细川京兆家和山名家结盟后的势力过于强大，引起了将军足利义政的警惕，足利义政便通过抬高阿波守护家的地位来制衡细川京兆家，导致阿波守护家经常与总领对立，听调不听宣。除此以外，将军足利义政和政所执事伊势贞亲为了打压守护家族的势力，无视斯波家重臣以及山名家（山名家与斯波义廉有婚约）的抗议，废掉了斯波义廉的家督之位，召回了被流放的斯波义敏回归武卫家。同时，足利义政和伊势贞亲还赦免了与细川胜元争夺伊予国霸权的大内政弘，表明了态度就是要打压细川家与山名家。
文正元年（1466年）九月，细川胜元与山名宗全一同发动政变，拥戴足利义政的弟弟足利义视为主，流放了伊势贞亲。与通说中不一样的是，山名宗全从始至终都是足利义视的坚定支持者，他迫切地希望足利义视能够出任幕府将军，抬高山名家的地位，可是细川胜元在流放伊势贞亲以后却让将军足利义政复权，与山名宗全的计划背道而驰，引起了山名家的不满。
十二月，山名宗全与称霸了大和国、河内国的畠山义就结盟，号召畠山义就上洛。次年（文正二年，应仁元年，1467年）正月，畠山义就与时任管领的畠山政长在京都的御灵神社展开合战，足利义政知道畠山义就与畠山政长背后的支持者分别是山名宗全与细川胜元，为了避免守护大名卷入内乱，幕府下令任何大名不得插手畠山家的战争。
细川胜元非常老实地遵守了幕府的命令，而山名宗全就不一样了，他派遣女婿斯波义廉麾下大将朝仓孝景前往御灵神社支援畠山义就。尽管在援军到来以前，畠山义就就击败了畠山政长，但是山名宗全不惜违背幕府命令也要支援盟友的做法与细川胜元的见死不救形成了鲜明的对比，导致御灵合战以后细川胜元被世人们嘲笑为“背弃盟友的胆小鬼”。前文有提到过，细川胜元是含着金钥匙出生的贵公子，在叔父的庇佑下，从小到大一路顺风顺水，哪里受过这样的委屈，他自然忍受不了骂名，决定要发起报复。
三月，朝廷认为“文正”这个年号又是政变又是内战的，不大吉利，便下旨改元“应仁”，结果仅仅在改元的两个月后，日本发生了更大的战乱——被后人称为日本战国时代开端的“应仁·文明之乱”。
五月，细川胜元与畠山政长、斯波义敏、赤松政则等大名组成同盟，发兵包围了将军的御所“花之御所”，将天皇迁移至御所中，控制了幕府将军与天皇，随后对山名宗全、畠山义就、斯波义廉发起反击，应仁之乱爆发。由于细川胜元的本阵在京都东边，而山名宗全的本阵在西边，所以两军也被称为东军与西军。
应仁之乱早期，山名宗全猝不及防，被东军打得节节败退。好在进入八月以后，与细川京兆家对立的大内政弘率军上洛加入西军，一举扭转了战局。大内家拥有周防国、长门国、丰前国、筑前国四国守护职役，在北九州、濑户内海西部拥有强大的势力，长年与细川京兆家争夺着与明朝的“勘合贸易权”以及濑户内海霸权，大内军的抵达，使得“应仁之乱”陷入了僵局，变成了一场旷日持久的大战乱。
与猛将山名宗全相比，细川胜元更长于调略与诡计。为了打击西军的力量，细川胜元重用侍所所司代多贺高忠麾下的泼皮无赖骨皮道贤，任命他为足轻大将，率领一批由流氓、市民组成的足轻在西军阵地附近骚扰作战。文明元年（1469年），细川胜元以备后国、安艺国、山城国守护职收买了山名宗全的次子山名是丰，命其夺取摄津国切断大内军的补给路线，随后又不断地调略山名氏一族的家臣，企图瓦解山名氏的领国。随后细川胜元又煽动大内氏一族的大内教幸在大内家的领国掀起内战，搅乱了大内军的根据地。
不仅如此，文明三年（1471年）时细川胜元以越前国守护职位条件调略了西军猛将朝仓孝景，命其返回越前国作战。摄津国的兵库津与越前国的若狭湾都是西军补给线的命根子所在，这两处地域落入东军手中，让东军在应仁之乱中占据上风，最终取胜。
然而，长年的战事与阴谋逐渐拖垮了细川胜元的身体。文明五年（1473年）三月，年迈的山名宗全在内忧外患的情况下病故，两个月后细川胜元也追随着岳父的后尘去世，年仅四十四岁。虽然细川胜元去世时应仁之乱仍在继续，但是靠着细川胜元的计谋，东军已经奠定了胜局。
细川胜元去世后，细川京兆家家督由细川胜元的嫡子聪明丸（细川政元）继承，那么在细川政元的领导下，应仁之乱的走向以及细川京兆家的未来又将走向何方呢？
“半将军”细川政元
细川政元出生于文正元年（1466年），父亲是“三管领”之一细川胜元，母亲则是山名熙贵之女、山名宗全的养女。因为这层关系，细川政元出生后就被冠以“聪明丸”小名，这是细川京兆家家督代代相传的名字，宣示着细川政元的继承人身份。
细川政元出生的第二年，也就是应仁元年（1467年），应仁·文明之乱爆发。细川政元的外祖父山名宗全组建了西军与其父亲细川胜元组建的东军在京都展开激战，由于细川家与山名家陷入战争的缘故，细川胜元废掉了细川政元的继承人之位，迎接了细川野州家的细川胜之为犹子，准备将其立为继承人。
不过，随着应仁之乱的推进，原本是盟友的山名家与细川家逐渐厌恶了战争。为了与西军主力山名家议和，细川政元再度被立为了细川家的继承人，向山名家示好，山名家随即也开始准备与细川家和谈，山名宗全退位隐居，将家督让给孙子山名政丰。
文明五年（1473年），山名宗全与细川胜元相继去世，细川政元正式继承了家督之位，年仅八岁而已。按照前例，由细川典厩家的家督细川政国辅佐他处理政务。次年，山名家与细川家达成和睦，西军的主将摇身一变加入了东军，此后西军的主力便变成了畠山义就与大内政弘。
文明十年（1478年），十三岁的细川政元元服，八代将军足利义政亲自下赐偏讳，这才开始使用细川政元的名字。细川政元的父亲细川胜元长于调略，细川政元与父亲比起来则是有过之而无不及。
此时应仁之乱虽已结束，但是地方上畠山义就、畠山政长的战争仍旧在继续。畠山政长是父亲细川胜元的盟友，但是其军事能力却比畠山义就差了几个档次，导致畠山政长方虽然占据着大义名分，却始终无法消灭“朝敌”畠山义就。两畠山的战场逐渐由大和国、河内国转向了京都所在的山城国，为了征集民夫与兵粮，两畠山不断地侵犯山城国的村落与庄园，给当地的住民带来了巨大的灾祸。
文明十七年（1485年）十二月，山城国的民众们终于忍受不了两畠山的战争，缔结了“国人一揆”，驱逐了畠山政长与畠山义就。此后，国一揆不再接受守护的统辖，自己制定了《国中掟法》推行山城国的自治。不过，这次“山城国一揆”表面上看起来是国人众不堪重负发起的“起义”，实际上国一揆的主要成员“国中三十六人众”里的大部分人都是细川京兆家的家臣出身。也就是说，细川政元在幕后操纵着国人们，最终成功地将三管领之一的畠山家的势力驱逐出了山城国。
长享元年（1487年），由于近江国守护六角高赖侵蚀了幕府的“御料所”（直辖领），九代将军足利义尚决心出阵近江国，讨伐六角家。幕府军的主力由幕府将军的直辖军队“奉公众”以及细川政元、斯波义宽、富樫政亲等守护大名组成。
足利义尚与文化人父亲足利义政不一样，是一个武德充沛幕府的将军。大概由于以前足利义政处置地方守护软绵绵的态度，六角高赖一直都不重视幕府的警告，直到幕府组建了讨伐军以后，六角高赖才慌忙地派出使者前往管领细川政元阵中请求调解。细川政元也不想兴起战事，但是幕府将军的意愿也不是自己能够左右的，因而只能回复六角家到：“先前多次劝说，你也不听，如今是自作孽不可活。”
在幕府的攻击之下，六角高赖很快就放弃了抵抗，流亡甲贺郡。不过，足利义尚为了摆脱父亲足利义政、管领细川政元的影响，一直停留在近江国而没有返回京都，足利义尚所在的“钩之阵”，也成为了当时室町幕府实际上的行政中心。不过，由于长期出阵在外负担过重，斯波义宽很快就率领军队返回了尾张国，富樫政亲也因为领国闹起一向一揆而撤军，再加上足利义尚本人沉迷酒色，没多久就在钩之阵暴毙而死。
足利义尚去世时只有二十五岁，没有留下子嗣，室町幕府的将军之位便空了出来。此时有权继承幕府将军位置的，分别是足利义政的两个侄子——应仁之乱时西军之主足利义视之子足利义材、堀越公方足利政知之子香严院清晃。
细川政元自然是不喜欢曾经细川家的敌人足利义视一系，支持香严院清晃继承将军之位，但是足利义尚的母亲日野富子却不这么看。足利义材的母亲日野良子是日野富子的亲妹妹，日野家代代与足利家联姻，靠着这层关系成为公卿阶层中的一霸，如果让没有日野家血统的香严院清晃继承将军之位的话，就将改变这个传统。因此，在日野富子的支持下，幕府最终立足利义材为新任幕府将军。
可惜的是，足利义视、足利义材父子根本就不买日野富子的账，日益骄横，丝毫不把日野富子放在眼里。为了打击足利义材父子，日野富子将已故的足利义尚的住所小川御所让渡给了香严院清晃，在京都引起了轩然大波——日野富子是不是想改立香严院清晃为幕府将军？得知这件事之后的足利义材立即收买了京都的一批地痞无赖，将小川御所砸毁，与日野富子产生了对立。
延德三年（1491年）四月，为了要宣誓自己幕府将军继承人的身份，足利义材下令再次出阵近江国，此次响应幕府号召前来的大名多达十余家，人数远超前将军足利义尚时代。足利义材任命细川政元为幕府军前锋，又命赤松政则、武田元信为“军奉行”，负责指挥军队。可是，作为前锋的细川军在这次出阵中由于孤军深入一度被六角军打得大败，最终靠着赤松政则等人的援军才挽回败势。细川军的失利让足利义材产生了“细川政元也不过如此”的错觉，开始轻视细川京兆家。
明应二年（1493年）二月十五日，尝到了出征讨伐逆臣甜头的足利义材决定讨伐畠山义就之子畠山基家，率领幕府军出阵河内国。幕府军的组成与前次六角征伐时几乎没有两样，说是几乎，其实就是少了细川政元为首的细川京兆家。
就在足利义材离京后的四月二十二日夜里，细川政元、日野富子以及伊势贞宗联手发动了政变，将香严院清晃接到了细川京兆家的宅邸之中，下令废掉足利义材的将军之位，拥立香严院清晃为新任幕府将军，也就是足利义澄。
“明应政变”发生以后，许多在河内国参阵的大名、奉公众纷纷离开，返回京都归降足利义澄与细川政元。足利义材与畠山政长笼城抵抗一番以后，畠山政长自尽而死，足利义材则放下武器投降。
细川政元发动政变的理由之一，便是足利义材穷兵黩武，这也从侧面反映了当时大名们普遍的厌战情绪。除了已经讨伐成功的六角家、正在讨伐的畠山总州家外，足利义材还准备出征越前国，讨伐朝仓家。讨伐六角家是因为六角家侵占幕府、寺社的领地，这无话可说，可是讨伐畠山总州家、朝仓家均是足利义材擅自答应畠山政长、斯波义宽的，这两家大名在当时实力强劲，即便能被顺利讨伐，真正获利的也只有畠山政长和斯波义宽，其余参阵的大名能够分到的蛋糕则非常有限，所以大家都不想再打仗了。
政变之后的细川政元成为日本炙手可热的人物，甚至被人称为“幕府的半将军”，可是就在细川京兆家如日中天的时候，却开始出现了不稳定的现象。
两细川之乱
细川京兆家的内讧，主要原因是因为家臣们的分裂。在细川胜元时代，细川京兆家的家臣们主要由药师寺氏、内藤氏、安富氏等谱代家臣组成，可是到了细川政元时期，为了更好地掌握幕政，细川政元吸纳了许多幕府奉行人、奉公众出身的武士为新晋家臣，这些新晋家臣与原本的家臣因为利益不同而出现对立，导致细川京兆家分裂。
除此以外，细川政元长年沉迷于“修验道”，这是一种结合了日本人对山岳的信仰以及佛教教义的本土宗教，提倡人们在山里修行。细川政元为了修行，长年不近女色，导致他一直都没有子嗣。在延德三年（1491年）时，细川政元曾前往修验道的圣地陆奥国白河参拜，出行前由于担心意外，细川政元迎接公卿九条政基之子为养子，也就是细川澄之。
不过，公卿出身的细川澄之并不被家臣们看好，细川氏一族也不愿意让没有细川家血统的人继承家业。恰好这时候阿波守护家与细川京兆家貌合神离，细川政元便决定迎接阿波守护家出身的人来继承细川京兆家，以维护细川氏一族的统一。文龟三年（1503年），细川政元迎接阿波守护细川义春之子细川六郎为养子，同年为其举办元服礼，从将军足利义澄处拜领一字，取名细川澄元。
这下麻烦大了。
众所周知，细川澄元出身阿波守护家，细川政元之所以选择他做继承人就是想利用阿波守护家的影响力制衡日益骄横的内众们。反之，对内众们来说，一旦细川澄元继承细川京兆家的家督之位，他必然会重用诸如阿波三好氏等阿波守护家家臣，让这些阿波国众的势力渗透进畿内，影响内众们的利益。
永正四年（1507年）六月二十四日，内众药师寺长忠、香西元长指使细川政元的近侍福井四郎、竹田孙七，趁细川政元入浴之时将其刺杀，年仅四十二岁。杀死主君后的药师寺长忠、香西元长立即拥戴细川澄之为主，同时派兵攻打细川澄元与三好之长。
七月八日，细川澄之从幕府将军足利义澄处获得了继承细川京兆家的许可，但是细川氏一族对此却并不买账。前文提到细川氏一族本就不满细川澄之的公卿血缘，再加上弑主、弑父等被武士所不齿的行为，因而细川氏一族便拥戴细川野州家出身的细川高国为主将，率军突然包围了细川澄之在京都的府邸，杀死了细川澄之以及香西元长、药师寺长忠等有力内众，随着支撑细川京兆家的内众们的衰弱，细川京兆家的政治体制也逐渐走向瓦解。
永正五年（1508年）正月，前将军足利义尹（即足利义材）在大内军的拥戴下率军上洛。此时的细川京兆家虽然解决了细川澄之等人，但是畿内系家臣与阿波系家臣的矛盾依旧存在，细川氏的诸多分家也不满阿波守护家凌驾于自家之上，便秘密结成了反澄元的派系。
此时细川京兆家内，让细川高国继承家督的呼声非常高，从血缘来说细川高国是细川野州家出身，与细川政元血缘最近，从功绩上来说，细川高国又是讨伐了弑父、弑主的细川澄之的功臣。在这样的情况下，细川高国被细川氏一门众拥戴为一门总领，随后他驱逐了幕府将军足利义澄与细川澄元，再与上洛的大内义兴结盟，迎接足利义尹返回京都复任将军。足利义尹对此也非常高兴，下令让细川高国以细川政元养子的形式继承细川京兆家。
永正八年（1511年）六月，返回阿波国的细川澄元拉拢了细川典厩家、和泉上守护家、淡路守护家等细川氏庶流以及播磨、备前、美作三国守护赤松义村、畠山总州家家督畠山义英（畠山义就之孙），宣布举兵上洛，拥戴前将军足利义澄讨伐足利义尹为首的逆臣。在澄元军的攻击之下，摄津国、和泉国的高国军节节败退，河内国的畠山尚顺（总州家，畠山政长之子）也被畠山义英击败，足利义尹、大内义兴、细川高国不得不率领军队暂避锋芒，放弃京都退入丹波国。
然而就在形式对细川澄元一片大好之际，前将军足利义澄却突然暴毙，导致澄元军失去了大义旗帜，士气低落，在船冈山合战一战中被高国军击败，主将细川典厩家家督细川政贤战死，足利义尹、细川高国等人再度夺回了京都。不过，足利义尹一派也并非是铁板一块，例如细川京兆家与周防大内家历来都因为勘合贸易、濑户内海霸权闹得不可开交，足利义尹上洛后细川高国虽与大内义兴结盟，但是两家的矛盾依旧存在。
永正十五年（1518年），大内义兴率领军队返回领国，自永正五年上洛以来，大内军在京长达十年，错过了在地方上发展势力的黄金时期。在这期间出云国的尼子经久、安艺国的武田元繁等战国大名纷纷崛起，威胁到了大内家在西国的霸主地位，因而大内义兴才决定要返回领国经营大内家的领地。
次年，得知大内义兴返回领国后，细川澄元决定再度派遣重臣三好之长率领军势上洛。失去大内军支持的细川高国自认为无法抵御澄元军，便决定退往近江国投靠六角家，然而将军足利义稙（足利义尹改名）却拒绝退往近江国，而是暗地里偷偷与细川澄元结盟，迎接澄元军上洛。
然而，这一次上洛的澄元军遇到了和“船冈山合战”时的澄元军一样的困境，那就是原本应该是主将的细川澄元居然仍然宅在阿波国。不出意外的，三好之长上洛时得到各方支援，军势达到两万人，但是由于细川澄元纹丝不动，导致京畿的国众们认为澄元军没有长期留在京都的打算，纷纷带着部队开了小差。
不久之后，细川高国在六角定赖的支援下率军反攻，总势达到了四、五万人，而三好之长这边却只剩下约五千人左右的军势，根本就不是高国军的对手。澄元军战败后，三好之长因为年迈再加上过于肥胖无法突围，便躲进了足利义稙妹妹所在的昙花院之中，高国军随后率军包围了昙花院，杀死了三好之长以及他的两个儿子芥川长光、三好长则。
很多人或许对细川澄元的举动感到不解，但是说句公道话，这一次细川澄元没有上洛并不是因为他宅，而是因为他快不行了。细川澄元的身体一直都不大好，在三好之长上洛后，细川澄元就一直卧病在床，得知三好之长战败身死以后，病入膏肓的细川澄元急火攻心，一命呜呼，年仅三十二岁。
另外一边，返回京都的细川高国与幕府将军足利义稙的关系变得十分微妙。虽然足利义稙在三好之长上洛时背叛过自己，但是足利义稙没有子嗣，眼下除了足利义稙以外，有权继承幕府将军之位的只有在阿波守护家庇护下的足利义维以及在播磨赤松家庇护下的足利义晴。这两个家族都站在细川高国的对立面，自然不可能将将军继承人送到高国手中，因而细川高国能够拥戴的主公，除了足利义稙外别无他选。
大永元年（1521年）三月七日，足利义稙与细川高国再次对立，带着侧进们离开京都前往淡路国。足利义稙认为细川高国没有选择，一定会向自己妥协，宣誓效忠，结果没想到细川高国早就在背地里通过赤松家重臣浦上村宗的关系与赤松家修好，随后细川高国将足利义晴从赤松家接到京都，拥立其为新任幕府将军。
此后的细川高国借助六角家、赤松家的支持，在京畿权势滔天，大有复兴细川京兆家的迹象。不过，让细川高国没有想到的是，战败后一直韬光养晦的阿波守护家，很快就要再次卷土重来了。
细川家的衰亡
细川澄元、三好之长死去时，澄元之子晴元只有六岁，继承三好家的三好之长的孙子三好元长只有十九岁，尽管足利义稙前去投靠他们，但是阿波守护家的势力暂时还是难以与细川高国抗衡。
大永六年（1526年），细川高国突然杀死了重臣香西元盛，自毁长城的细川高国给了阿波守护家一个介入京畿局势的好机会。劳苦功高的香西元盛蒙受不白之冤而死，让丹波国的国众们对细川高国感到心寒，便纷纷向阿波国的细川晴元表示忠心。香西元盛的义兄波多野元清、弟弟柳本贤治更是在丹波国的八上城、神尾山城举兵，要与细川高国决一死战。
十二月十三日，细川晴元、三好元长响应丹波国众的请求，派遣三好胜长、三好政长率军渡海，于堺港登陆，没多久丹波国、摄津国就都落入了细川晴元的手中。为此，细川高国不得不亲自出战，他向播磨赤松家、若狭武田家、越前朝仓家与近江六角家派去了使者，请求盟友派遣援军。然而除了若狭武田家派出两千援军以外，其余三家均不想与势头正盛的晴元军交战，便都作壁上观。
大永七年（1527年）二月十三日，高国军与晴元军在桂川交战，双方都押上了全部底牌，最终失去大部分家臣支持的细川高国战败，逃回了京都。次日，细川高国带着幕府将军足利义晴流亡近江国，许多幕府的奉行人、评定众也随着将军一起离开，室町幕府实质上停止了运作。
二月二十二日，细川晴元、三好元长拥戴足利义稙养子足利义维渡海进入堺港，由于细川晴元方的势力在瓜分细川高国领地时侵占了不少寺院的领地，导致朝廷对他们有些不满，刚继位不久的后奈良天皇一度拒绝了足利义维的任官申请。不过，最终朝廷还是让足利义维叙任从五位下左马头，授予其开设阵仪的许可，让他成为事实上的将军继承人。
九月中旬，细川高国终于说服了朝仓家与六角家，三家组成了一支共五万四千人的军势反攻上洛，晴元军一方的人数则比高国军少得要多，主力分别是三好元长与畠山总州家家督畠山义尧二人率领的军势。高国军先是击败了畠山义尧的军势，但是另外一边三好元长率领的阿波国众却击败了朝仓军，扭转了败势，两方在京都陷入了对峙的局面。在此期间六角军、朝仓军不愿长期在京纷纷退却，细川高国也只能返回了近江国，而晴元军一方，由于柳本贤治的谗言，三好元长也率军离开了阵地。
此后的细川高国依旧在为重返京都而四处奔波，他先与伊贺国守护仁木氏以及伊势国国司北畠氏交涉，希望两家派出军队支援自己，在被两家拒绝以后，细川高国又渡海前往出云国，想说服当时如日中天的尼子经久率军上洛，不过也被尼子经久给拒绝了。最终，细川高国流落到了备前国，依靠备前国守护代浦上村宗。浦上家虽是赤松家家臣，但是早已有了下克上的倾向，浦上村宗正好也想借这个机会统一赤松家内的各个派系，便同意了细川高国的上洛请求。
享禄三年（1530年）六月，浦上村宗与细川高国一同侵入了播磨国，由于晴元军派来的主将柳本贤治被二人派出的刺客刺杀，播磨国落入浦上村宗与细川高国手中，二人随后立即侵入了摄津国，夺取了多座晴元方的城池。
此时的细川晴元没有选择，他一边与三好元长交涉，解释先前的事情都是柳本贤治的谗言，请求三好元长不计前嫌派出军队，而后又与赤松家的家督赤松政村联络，希望赤松政村能够号召赤松家家臣起兵讨伐浦上村宗。
三好元长收到细川晴元书信时已经在阿波国，见主君言辞恳切，他便立即率军渡海抵达摄津国，果然在此地阻挡住了浦上·高国军的攻势。恰好在这个时候，赤松政村加入了晴元军的消息传到了浦上·高国军的阵地之中，得知后路被抄的浦上·高国军士兵士气大跌，三好元长随后下令发起总攻，浦上村宗不知所踪，细川高国则战败自尽。
随着细川高国之死，持续了数十年的“两细川之乱”才算告一段落。然而在这个时候，由于细川高国、细川澄元等人的内讧，使得无论是细川京兆家还是室町幕府，都开始出现了崩坏的局面，室町幕府的真正衰弱时期，其实正是这段时期而不是战国时代前期。
另外一方面，此时的细川晴元虽然统一了细川京兆家，但是畿内的对峙依旧存在，足利义维所在的“堺幕府”与足利义晴所在的近江国形成了对立的局面，而“堺幕府”内部也出现了许多矛盾。当然，“堺幕府”内部的最主要矛盾还是老生常谈的阿波众与畿内众的对立，只是这一次，进入京畿后的细川晴元以细川京兆家家督的立场站在了畿内众的一方。
在这期间，由于被称为“堺大树”的足利义维支持阿波众，细川晴元便决定与近江国的足利义晴和谈，改为拥立足利义晴为主。与足利义维相比，当时足利义晴是各地大名普遍认可的正统的幕府将军，而足利义晴的政权在细川高国死后，“管领”一职也出现了空缺，因此各有所需的双方一拍即合，缔结了盟约。
为了对付阿波众的主力三好元长，细川晴元不惜煽动一向一揆攻击三好军，逼迫三好元长自尽。可是在三好元长死后，一向一揆逐渐失控，细川晴元又开始煽动法华宗、天台宗、临济宗等宗派攻击一向宗，等到法华宗崛起以后，细川晴元又与天台宗一同镇压法华宗的势力。细川晴元这种通过引发更大的麻烦来解决眼下麻烦的做法，让京畿陷入了一片混乱之中，从此以后法华宗、一向宗、天台宗等宗教势力开始左右京畿的武家斗争，直到织田信长时期方才被平定。
除此以外，被细川晴元害死的三好元长之子三好长庆也在暗处蓄势待发，三好长庆有着阿波守护家的支持，以细川晴元家臣的身份在畿内不断地扩张着势力。到了天文十七年（1548年）时，拥有足够力量的三好长庆终于对细川晴元举起反旗，奉细川高国的养子细川氏纲为主，将细川晴元驱逐出了京都。
此后，细川晴元虽然一直与三好长庆交战，但是三好长庆与父亲三好元长不同，他将三好家的根据地从阿波国迁到了摄津国，做好了在京畿扎根的打算，因而细川晴元根本没有能力能够阻挡日益崛起的三好家。
永禄四年（1561年），由于三好长庆的弟弟三好元长去世，细川晴元与畠山高政（尾州家）、六角义贤一同举兵与三好长庆敌对，但是晴元军很快就被三好军击败，细川晴元也被迫前往摄津国的普门寺隐居，于两年后去世。曾经在京畿只手遮天的细川京兆家，自细川政元死后就开始内乱不断，到细川晴元时代，更是被阿波三好家取代，细川京兆家也逐渐被历史的潮流给吞没了。
值得一提的是，在战国时代后期活跃于安土·桃山政权中的细川藤孝一系的细川家，出自细川京兆家的庶流和泉上守护家，在他们的努力下，细川一族的传奇仍旧在继续。
