小果三分钟教会你什么是空间转录组学

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小果又和大家见面啦！今天给大家分享一下空间转录组的知识。

空间转录组是当前单细胞组学研究的热点之一，而Nature Methods也将空间转录组学评为2020年度技术，那我们也要跟上时代浪潮，学会空间转录组学。

那什么是空间转录组学？

单细胞转录组学（scRNA-seq）在过去十年中已成为生物医学研究的必要手段，特别是在发育生物学、癌症、免疫学和神经科学方面。大多数商业上可用的scRNA-seq方案都要求从组织中完整地恢复细胞并使其存活。这已经排除了许多细胞类型的研究，并在很大程度上破坏了空间背景，否则可以为细胞身份和功能的分析提供信息。越来越多的商业平台现在促进了对基因转录的空间解析、高维评估，被称为“空间转录组学”。

空间转录组学具有单细胞转录组不可比拟的优势：

1.空间转录组可以提供基因表达的“组织空间位置”信息。这就弥补了单细胞转录组的最大缺点。

2.空间转录组实验只需要提供“组织切片“，但是单细胞转录组需要制备“原生质体”，而原生质体的获得并不是那么简单的，尤其是在特定的物种和组织，比如植物

3.空间转录组的空间位置信息可以作为细胞类群判定的一种注释信息，同时结合组织解剖学等先验知识，就可以更快更好地判断出细胞所属类群。

这种“空间转录组学”的新方法，开创性促进了在不同领域的新发现，包括神经科学、发展和癌症，为深入了解组织组织提供了一个可扩展的框架，在研究、诊断和治疗环境中提高了我们对人体组织的理解，迈出了生命科学领域发展的一大步。

空间转录组学技术：

空间转录组学技术主要分为(1)基于下一代测序（NGS），在下一代测序之前将位置信息编码到转录本上；(2)基于成像的方法，包括基于原位测序（ISS）的方法，即在组织中扩增和测序；以及基于ISH的方法，成像探针在组织中顺序杂交。这种分类并不总是明确的，方法可以包含来自这两个类别的元素。这些不同的技术可以被看作是汇聚在一个基因表达矩阵（图1d）上，该矩阵捕获了每个点（即一个像素，即一个细胞或一组细胞）的转录组。

到这里，小果的介绍就结束了，大家有没有学会呢？

这里给大家推荐一个可以在线运行空间转录组分析的小工具：MIA(multimodal-intersection-analysis)算法整合单细胞及空间转录组（http://www.biocloudservice.com/801/801.php），运行速度快，大家用起来哦。

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