时空日报 | scRNA-seq和scATAC-seq联合分析提供肾素细胞发育新见解

大家好，欢迎观看《时空日报》第6期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计8篇。以下是应用华大时空StereoCopilot生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、肾素细胞发育：染色质可及性和单细胞转录组学的见解

Renin cell development: Insights from chromatin accessibility and single-cell transcriptomics

Circulation Research; IF: 20.100; DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.123.322827

内容概要：从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞，并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析，描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化，确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集，并可能控制肾素细胞命运。

2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成

Human endogenous retrovirus K contributes to a stem cell niche in glioblastoma

The Journal of Clinical Investigation; IF: 15.900; DOI: 10.1172/JCI167929

内容概要：通过scRNA-seq和CRISPR干扰分析，证明人类内源性逆转录病毒K（HERV-K）在胶质母细胞瘤干性和肿瘤发生中起关键作用。抑制HERV-K表达可以减少肿瘤细胞的逆转录酶活性和多能性，因此HERV-K可能是胶质母细胞瘤独特的治疗靶点。

3、Hnf4激活模拟细胞增强子以重现胸腺内肠道和肝脏的发育

Hnf4 activates mimetic-cell enhancers to recapitulate gut and liver development within the thymus

The Journal of Experimental Medicine; IF: 15.300; DOI: 10.1084/jem.20230461

内容概要：表达肠道和肝脏相关的转录本的模拟细胞保留了胸腺特性，主要由转录因子Hnf4α和Hnf4γ调控。scRNA-seq分析揭示了Hnf4缺失在模拟细胞状态、命运和积累方面的3种不同影响。此外，该研究还发现了Hnf4在肠道微褶皱细胞和IgA反应中的作用。

4、单细胞分析揭示骨髓增生性肿瘤的白血病进化过程中的克隆动力学和拷贝数变异

Clonal dynamics and copy number variants by single-cell analysis in leukemic evolution of myeloproliferative neoplasms

American Journal of Hematology; IF: 12.800; DOI: 10.1002/ajh.27013

内容概要：利用单细胞测序技术分析10例骨髓增生性肿瘤（myeloproliferative neoplasms，MPN）患者慢性期（chronic phase，CP）和急性期（ blast phase，BP）的配对样本，揭示了MPN的克隆动力学和目标拷贝数变异，为研究MPN-BP的发病机制提供了新见解，并指出EZH2失调是一个潜在的治疗靶点。

5、多重标记细菌突变体的配对单细胞宿主分析揭示细胞内的毒力免疫网络

Paired single-cell host profiling with multiplex-tagged bacterial mutants reveals intracellular virulence-immune networks

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: 11.100; DOI: 10.1073/pnas.2218812120

内容概要：介绍了一种名为scPAIR-seq的单细胞方法，可以同时捕获感染宿主细胞和细菌突变体的条形码，并通过scRNA-seq分析突变体对宿主转录组的影响，从而揭示细菌毒力策略和宿主防御策略之间的复杂相互作用。将其应用于感染鼠伤寒沙门氏菌分泌系统效应突变体库的巨噬细胞，分析了效应蛋白和突变体特异性指纹之间的冗余性，并绘制了每个效应蛋白的全局毒力网络。

6、腺体和循环T细胞的单细胞克隆追踪鉴定出原发性干燥综合征中的CD9+CD8+T细胞群

Single-cell clonal tracing of glandular and circulating T cells identifies a population of CD9+CD8+T cells in primary Sjogren's syndrome

Journal of Leukocyte Biology; IF: 5.500; DOI: 10.1093/jleuko/qiad071

内容概要：通过scRNA-seq和免疫库测序技术对原发性干燥综合征（primary Sjogren's syndrome，pSS）患者外周血样本和唾液腺活检中的免疫细胞进行分析，发现pSS患者唾液腺中存在一组高度富集的组织驻留性CD9+CD8+T细胞群，这些细胞可能在介导pSS和其他自身免疫性疾病的腺体和全身效应中发挥作用。

7、scRNA-seq鉴定差异表达基因的稳健性

Robustness of single-cell RNA-seq for identifying differentially expressed genes

BMC Genomics; IF: 4.400; DOI: 10.1186/s12864-023-09487-y

内容概要：通过对人诱导多能干细胞分化出的血管内皮细胞和平滑肌细胞进行scRNA-seq和poly(A)-依赖性bulk RNA-seq实验，发现细胞簇中至少需要有2,000个细胞才能鉴定出大部分差异表达基因，而只有50~100个细胞的簇足以鉴定出具有极小p值或转录本丰度大于几百个每百万转录本的大部分差异表达基因。

8、癌症相关成纤维细胞表达谷氨酰胺果糖-6-磷酸转氨酶2（GFPT2）是胃癌的预后标志物

Cancer-associated fibroblast expression of glutamine fructose-6-phosphate aminotransferase 2 (GFPT2) is a prognostic marker in gastric cancer

The Journal of Pathology. Clinical Research; IF: 4.100; DOI: 10.1002/cjp2.333

内容概要：通过对哈尔滨医科大学（HMU）-胃癌队列和癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据集的转录组测序数据进行分析，结合HMU-TCGA训练队列，发现谷氨酰胺果糖-6-磷酸氨基转移酶2（GFPT2）在胃癌肿瘤细胞中表达水平较高，与肿瘤浸润、病理分期和预后密切相关。此外，GFPT2与免疫细胞浸润和肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞有关，可作为评估胃癌预后和免疫浸润的生物标志物。

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