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2022年度盘点

2023-01-02 09:54 作者:生信小院  | 我要投稿


一年底盘点

又到了一年一度的年终盘点了,公众号(B站开始较晚)从2021年的5月4日至今,已然过去了607天,公众号的关注人数也从一开始的0升到了如今1734,公众号发的推文也累计到了106篇(竟然每隔一个星期一篇,没想到自己更新的还可以)。在此过程中也认识了各位读者,相同领域的公众号。我也从一个懵懵懂懂的学生走向了职场,成为了一名合格的科研民工。

虽然,公众号(B站)粉丝的数量远比不上那些大V,阅读量也不是特别的多(从几千到几百不等)。但是,能与公众号的号的1734位读者分享笔者对于这个世界的所看,所想以及各种技术贴,这种意义远远大于粉丝的数量和阅读数。能够将自己的所学通过公众号传播出去,能够将自己对于技术发展的理解分享给大家,这才是经营公众号(B站)的最大幸事。虽然,笔者对于技术的解读与发展并不一定是最专业的,最准确的,但是,这些观点都是来源笔者本人的亲身理解(全宇宙独一份)。虽然,这些内容仅仅也像天边的流星一样,不会在任何的生命里留下痕迹,但是假如哪一天有人抬头望向星空的时候,能够驻足一秒,何尝不是笔者创办公众号的意义所在呢。如果,即使是微小的可能,能够帮助部分读者在数据分析以及未来的职业选择中发挥一点点的作用,对于本公众号(B站)而言,也已经是弥足珍贵了。

虽然,能够通过公众号(B站)认识到大家,是一种幸事,但是,距离这一年目标仍然是有缺憾的。想想这一年,科研方面似乎没啥成果,众多项目也仅仅是推进积累中,距离发表仍有一段距离要走。工作方面,又到一年一度的求职季。文章数较少,找工作仍然十分艰难,想要找到一份诚心如意的工作更是难上加难。看看身边的朋友圈,大家都是在憋着劲的发各种大文章,申请各种大项目,而自己,目前才处于初见眉目的状态,距离一名合格的独立的科研工作者还有很长的一段时间要走。

那么接下来的一年,需要的就是继续努力,多发文章(两到三篇),多申请项目(申请国基)。

PS:既然是年终盘点,那么还是可以把去年一整年自己觉得还不错的推文整理一下供大家取用。
二推文盘点

今年的推文涉及到形式比较多样化,所以简单的做一个归类,希望能够帮助大家快速做到技术检索(大家可以从公众号的推文直接点击文字,即可跳转到对应的推文,有没有很贴心)。

2.1 流程技术贴

转录组分析<六>之问题解读(无root权限)

如何使用最小的存储空间跑完转录组数据分析(超500G的测序数据)

GWAS分析<一>之原理介绍

GWAS分析<二>之数据质控的原理

GWAS分析<三>之数据质控

GWAS分析<四>之数据质控最终章

GWAS分析<五>之群体结构分析一


2.2 自研软件贴

可视化绘图软件Multi-omics Visual之韦恩图绘制

可视化绘图软件Multi-omics Visual之组合图绘制

可视化绘图软件Multi-omics Visual之热图绘制

可视化绘图软件Multi-omics Visual之PCA图3D绘制

可视化绘图软件Multi-omics Visual之3D热图绘制


2.3 轮子(各种安装包)技术贴

R包介绍:使用ggalluvial绘制共线性图(alluvial)

R包介绍:使用circlize包绘制和弦图

python包介绍:使用seaborn绘制密度图(kdeplot函数)

如何不污染服务器的python的包环境

精美网络图绘制《一》之python包: Networkx----补充


2.4 算法系列

算法其实还是有意思的,后面应该会考虑持续更新这一系列。这样既能锻炼自己,也能传播知识,何乐而不为?

算法浅谈之KNN算法


2.5 书籍推荐系列

其实,越是当今这个技术快速更新的时代,越是需要以书为准,尽力提升自己

生信入门书籍推荐系列一

生信入门书籍推荐系列2


2.6 杂谈技术贴

这部分内容的话其实主要也是自己在工作中遇到的一些需求与需要解决的问题,正好整理成相应的技术贴与大家分享交流

docker初探

docker镜像之alphafold运用

docker镜像之RoseTTAFold运用

在pypi上快速发布你的python包

在pypi上快速发布你的python包-修正版

docker版ubtuntu的使用

3060Ti驱动的安装(文末附工作链接)

GPU版docker之多用户使用

Github超超超超简单教程!!!

Github超超超超简单教程!!!--------之FAQ

一次失败的服务器搭建体验

Tensorflow使用指南


2.7 人工智能与编程

其实,从AlphaCode更新开始,我就意识到编程的低阶部分很有可能会被快速取代,后续的Copilot和ChatGPT无疑更是加重了这一趋势。因此,对于想要进入生信流程的各位读者而言,我觉得算法可能才是我们目前最最最重要的护城河之一了。

编程自动化之Copilot

在VScode上使用Copilot辅助python编程

编程自动化之AlphaCode

ChatGPT: 会打破生信程序员的饭碗吗?

与ChatGPT的科研对话


2.8 放松一下

愿大家都是劳逸结合

闲聊工作之效率提升

科研真相

图一乐:如何使用机器学习成为具有艺术天分的画家

数据分析之经验教训

数据分析之经验教训二

一年一度考研季

求职季

科研休假之喘口气


三 惯例小结

过去的一年,有幸认识大家。新的一年,祝愿大家学习进步,工作顺利,文章一直发。也祝自己在新的一年,完成既定的博后任务,找到一份诚心如意的工作。

本公众号开发的相关软件,Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户,也欢迎大家关注并多提意见。

Multi-omics Hammer软件下载地址:

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual软件下载地址:https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS:因为本软件是用python脚本撰写,调用了部分依赖包,用户首次使用需要安装python以及对应的包,安装之后便可永久使用。

本公众号开发的相关软件,Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户,也欢迎大家关注并多提意见。

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公众号:生信小院

博客园:生信小院

最后,也欢迎各位大佬能够在本平台上:1传播和讲解自己发表的论文;2:发表对某一科研领域的看法;3:想要达成的合作或者相应的招聘信息;4:展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会,都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时,能够成为生信分析者的交流平台,能够实现相应的利益互补和双赢(不一定能实现,但是梦想总得是有的吧)。

另外,怎么说呢,投币也可,不强求,但奢求。

四 每日一图(这一次不用Stable-diffuse创作,而是来源于生活)

大雾中的梧桐山

纵然美景就在眼前,仍需等待迷雾散去,方能一睹风采



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