01 遇到问题

Cytoscape是一款常用的网络可视化软件，广泛应用于生物研究中。本次用此软件做mRNA-lncRNA的网络构建，将输入文件导入后，发现大量标签重叠，网络杂乱无章，如下图所示

而sci论文上的网络图多采用同心圆排列，简洁美观

DOI:10.1186/s12935-020-01315-7

因此开始对网络图进行排版，达到同心圆的样式。

02 解决方法

（1）修改标签

首先我们注意到network这一栏显示我们本次有61个节点356个路径，是相对较多的，画板也被标签填满，路径被标签所遮挡，因此首先考虑缩小标签大小

我们点进style栏——label front size——修改数值，调整标签字体大小

同样选择style一栏的Height，修改标签高度

根据需要也可选择style一栏的weight，修改标签宽度

现在修改完毕，起码路径能稍微看到了。

（2）构建同心圆

首先我们添加注释信息，这里我是标注了每个RNA的类型，分为lncRNA、mRNA两类

导入后我们发现note table这里新加了type一栏，并且是有数据的，说明注释信息成功导入

我们进入layout一栏，选择Group Attributes Layout选定type，即新添加的注释信息，便可得到一个初步的圆形网络图

完成设定后可得到下图

现在我们得到了两个圆，但并非同心圆，我们只需选中右边的圆套进左边的圆，为此我们需要通过ctrl键选中右边的所有节点拖到左边圆当中，至此我们得到了一个比较看的过去的网络图

同时记得对不同的分组使用不同的颜色进行区分，上图的黄色只是说明它被选中了，操作如下

将mRNA标为橙色，lncRNA标为蓝色，最终得到如下图

03 收获感受

想要图看得过去，参数就是要多调，跑不了