肿瘤微环境单细胞分析神器— —TISCH数据库！/SCI论文/科研/研究生/生信分析热点思路

生信分析想关联一下单细胞，蹭个热点，但又不想再去重新分析单细胞数据？

小编来给你支个招— —只需1个数据库就可以搞定哦！

它就是肿瘤微环境单细胞数据库-TISCH，在单细胞水平提供了详细的细胞类型注释和基因表达情况，分析图可直接放在文章里（ps:已经有很多免疫相关生信文章用TISCH数据库做TME单细胞分析了，需要的小伙伴快去尝试一下吧）

1. 数据库信息

TISCH收集了来自GEO和ArrayExpress的共76套高质量肿瘤单细胞转录组数据以及相应的病人信息，数据涵盖了27种癌症类型。此外，TISCH还收集了3套健康人群的外周血单核细胞（PBMC）数据，方便用户对照了解正常免疫细胞的基因表达水平。目前更新TISCH2数据库已经收录190个数据集的6297320个细胞。网址：http://tisch.comp-genomics.org，开源网站、可免费使用。

2. 网站主页

TISCH主要提供了两个功能模块，数据集模块和基因模块。

3. 基因模块

Ø 对于单个基因，TISCH2支持探索其在不同数据集或癌症类型中的表达水平、共表达基因和临床效果。

Ø 检索结果包括基因在不同数据不同细胞类型中的表达水平（热图和小提琴图，点击某一数据集会显示小提琴图），TCGA生存分析和共表达基因。

4. 数据集模块

Ø 对于单个数据集，TISCH2提供细胞类型注释、表达可视化、差异基因表达、GSEA结果、转录调节子分析结果和细胞-细胞相互作用结果。对于多个数据集，TISCH2提供基因表达比较。

Ø 点击某一数据集，下方会显示该数据集中包含的细胞类型注释、差异基因表达、GSEA结果、转录调节子分析结果和细胞-细胞相互作用结果；

Ø 选择多个数据集，输入感兴趣的基因（最多6个）或上传基因特征，可显示各数据集中基因的分布；

结语

本次数据库的介绍和操作演示就分享到这里了，作为一个开放的单细胞数据库，TISCH凭一己之力帮你解决“想蹭单细胞的热点但又不想再去重新分析单细胞数据”的难题，关注肿瘤微环境或免疫相关生信的小伙伴快去数据库试试吧!

参考文献

Sun, Dongqing et al. “TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment.” Nucleic acids research vol. 49,D1 (2021): D1420-D1430.