计算机辅助药物设计备忘录（二）

本文摘录IUPAC白皮书第4章第1部分核苷酸及其组成部分的名称、三位字母简写和一位字母简写。

碱基的三位字母简写一般为英文习惯命名的前三个字母，具体如下：

腺嘌呤    adenine    Ade

胸腺嘧啶    thymine    Thy

鸟嘌呤    guanine    Gua

胞嘧啶    cytosine    Cyt

尿嘧啶    uracil    Ura

黄嘌呤    xanthine    Xan

次黄嘌呤    hypoxanthine    Hyp

orotate    Oro

thiouracil    Sur

thiohypoxanthine（6-mercaptopurine）    Shy

unknown purine    Pur

unknown pyrimidine    Pyr

白皮书指出，用简写表示一个碱基时，应该用上述三位字母，而不是形如A、T、G、C、U这样的一位字母简写。

核糖核苷的三位字母简写与碱基的三位字母简写类似，含嘌呤的核糖核苷三位字母简写最后一位是o，含嘧啶的核糖核苷三位字母简写最后一位是d。

腺嘌呤核糖核苷    adenosine    Ado

胸腺嘧啶核糖核苷    ribosylthymine    Thd

鸟嘌呤核糖核苷    guanosine    Guo

胞嘧啶核糖核苷    cytidine    Cyd

尿嘧啶核糖核苷    uridine    Urd

假尿嘧啶核糖核苷    pseudouridine    Ψrd

黄嘌呤核糖核苷    xanthosine    Xao

inosine    Ino

orotidine    Ord

thiouridine    Srd

thioinosine（mercaptopurine ribonucleoside）    Sno

a purine nucleoside    Puo

a pyrimidine nucleoside    Pyd

a nucleoside    Nuc

在上述的三位字母简写前添加d，就是相应的2'-脱氧核苷简写。与碱基类似，用简写表示一个核糖核苷时，应该用上述三位字母。

核糖核苷还有一位字母简写，具体如下：

A    adenosine

T    ribosylthymine

G    guanosine

C    cytidine

I    inosine

U    uridine

X    xanthosine

Ψ    pseudouridine

R    unspecified purine nucleoside

Y    unspecified pyrimidine nucleoside

N    unspecified or unknown nucleoside

D    5,6-dihydrouridine

B    5-bromouridine

S    thiouridine

O    orotidine

在程序设计中，可以用Q代替Ψ。在上述的一位字母简写前添加d，就是相应的2'-脱氧核苷简写。

白皮书第4章第1部分PDF文件（访问日期：2023/2/22）

https://www.degruyter.com/document/doi/10.1351/pac197440030277/html