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每日科研进展l2022.08.07l比较转录组分析显示WSSV IE1蛋白在DNA复制控制起关键作用

2023-08-31 12:13 作者:RNA生物农药  | 我要投稿


比较转录组分析显示WSSV IE1蛋白在DNA复制控制中起着关键作用

对于DNA病毒,早期(IE)蛋白通常是操纵宿主机制以支持病毒复制的重要调节因子。最近,由白斑综合征病毒(WSSV)编码的IE蛋白IE1被证明是一种转录因子。

然而,在病毒感染期间IE1的靶基因仍然知之甚少。在这里,我们利用RNAi结合转录组测序分析探索了IE1的宿主靶基因。

图 1. RNAi抑制IE1基因及后续转录组测序样本准备

从对虾中共鉴定出429个差异表达基因(DEG),其中284个基因在IE1敲除后上调,145个基因下调。

图 2. qPCR验证差异基因

GO和KEGG途径富集分析显示,已鉴定的DEG在微染色体维持(MCM)复合物和DNA复制中显著富集,表明IE1在DNA复制控制中起着关键作用。

图 3. GO、KEGG对差异基因的聚类分析

此外,研究发现,凡纳滨对虾MCM复合基因在WSSV感染后显著上调,而RNAi介导的PvMCM2敲除降低了感染早期的病毒基因表达和病毒载量。

图 4. WSSV感染后凡纳滨对虾MCM复合基因上调

最后,我们证明了IE1的过度表达促进了昆虫High Five细胞中MCM复合基因的表达以及细胞DNA的合成。

图 5. RNAi干扰PvMCM2基因抑制早期感染阶段的WSSV复制


图 6. IE1的过度表达促进了MCM复合基因的表达和High Five细胞中的细胞DNA合成

总的来说,目前的数据表明WSSV IE1蛋白是一种病毒效应子,调节宿主DNA复制机制以进行病毒复制。


原文链接:

https://doi.org/10.3390/ijms2315817

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